PDB-2oe0: Crystal Structure of Mitochondrial Thioredoxin 3 from Saccharomyc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2oe0

タイトル

Crystal Structure of Mitochondrial Thioredoxin 3 from Saccharomyces cerevisiae

要素

Thioredoxin-3

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / alpha/beta sandwich / dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

TP53 Regulates Metabolic Genes / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / The NLRP3 inflammasome / Detoxification of Reactive Oxygen Species / disulfide oxidoreductase activity / Oxidative Stress Induced Senescence / cellular response to oxidative stress / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Bao, R. / Zhang, Y.R. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.X.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2009
タイトル: Structural and mechanistic analyses of yeast mitochondrial thioredoxin Trx3 reveal putative function of its additional cysteine residues
著者: Bao, R. / Zhang, Y.R. / Zhou, C.-Z. / Chen, Y.X.

履歴

登録	2006年12月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2oe0.cif.gz	56.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2oe0.ent.gz	41.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2oe0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/2oe0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oe/2oe0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oe1C 2oe3C 1eruS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5exq-d 2oe1-d 2fch-11 2vlt-d 2b44-d 4ltu-d 4tn5-d 3o2i-2 1kwa-5 5o10-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (3) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Thioredoxin-3

B: Thioredoxin-3

25.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.569, 49.569, 94.423
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Thioredoxin-3 分子量: 12868.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: S288C / 遺伝子: TRX3 / プラスミド: pET28a(modified) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P25372
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.71 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, 8% PEG 4000, 15% glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→25.38 Å / Num. obs: 17467 / % possible obs: 99.66 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / R_merge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CrystalClear		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ERU

1eru

解像度: 2→25.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19986	882	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17266	-	-	-
obs	0.1741	16573	99.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.811 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	-0.02 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→25.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1656	0	0	170	1826

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.453	1.991	2284
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.464	5	210
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.124	25.938	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.245	15	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.192	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	776
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.213	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.131	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.271	1.5	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.077	2	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.668	3	627
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.508	4.5	554
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	65	-
R_work	0.187	1227	-
obs	-	-	98.7 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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