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- PDB-2odv: Crystal structure of a fragment of the plakin domain of plectin, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2odv
タイトルCrystal structure of a fragment of the plakin domain of plectin, Cys to Ala mutant.
要素Plectin 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / PLAKIN DOMAIN / SPECTRIN REPEAT / CYTOSKELETON / HEMIDESMOSOMES / EPIDERMOLYSIS BULLOSA
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-containing complex organization / actomyosin contractile ring assembly actin filament organization / skeletal myofibril assembly / tight junction organization / Type I hemidesmosome assembly / hemidesmosome assembly / hemidesmosome / leukocyte migration involved in immune response / intermediate filament organization / : ...protein-containing complex organization / actomyosin contractile ring assembly actin filament organization / skeletal myofibril assembly / tight junction organization / Type I hemidesmosome assembly / hemidesmosome assembly / hemidesmosome / leukocyte migration involved in immune response / intermediate filament organization / : / intermediate filament cytoskeleton organization / regulation of vascular permeability / dystroglycan binding / cellular response to hydrostatic pressure / fibroblast migration / costamere / T cell chemotaxis / cellular response to fluid shear stress / peripheral nervous system myelin maintenance / cardiac muscle cell development / adherens junction organization / myoblast differentiation / intermediate filament cytoskeleton / response to food / structural constituent of muscle / ankyrin binding / intermediate filament / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / sarcomere organization / nucleus organization / keratinocyte development / transmission of nerve impulse / brush border / sarcoplasm / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / establishment of skin barrier / skeletal muscle fiber development / respiratory electron transport chain / mitochondrion organization / wound healing / cell morphogenesis / protein localization / multicellular organism growth / structural constituent of cytoskeleton / sarcolemma / Z disc / cellular response to mechanical stimulus / : / actin filament binding / myelin sheath / gene expression / mitochondrial outer membrane / cadherin binding / axon / focal adhesion / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Spectrin-like repeat / Spectrin repeat / Spectrin-like repeat / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Desmoplakin, spectrin-like domain / Spectrin like domain / Plectin repeat / Plectin repeat / Plakin repeat superfamily ...: / Spectrin-like repeat / Spectrin repeat / Spectrin-like repeat / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Desmoplakin, spectrin-like domain / Spectrin like domain / Plectin repeat / Plectin repeat / Plakin repeat superfamily / Desmoplakin, SH3 domain / SH3 domain / Plectin repeat / Plakin / Spectrin/alpha-actinin / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Spectrin repeats / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
S-1,2-PROPANEDIOL / Plectin / Plectin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者de Pereda, J.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The structure of a tandem pair of spectrin repeats of plectin reveals a modular organization of the plakin domain.
著者: Sonnenberg, A. / Rojas, A.M. / de Pereda, J.M.
履歴
登録2006年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plectin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4972
ポリマ－27,4211
非ポリマー761
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)154.620, 26.510, 58.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is the monomeric molecule as presented in the coordinates

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要素

#1: タンパク質 Plectin 1 / HD1


分子量: 27420.512 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 300-530 / 変異: C420A, C435A, E506K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLEC1 / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6S383, UniProt: Q15149*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M Citrate Phosphate pH 4.6, 24% 1,2-propanediol, 6% PEG 3000, 3% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9785, 0.9185
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月5日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97851
20.91851
反射解像度: 2.05→39 Å / Num. obs: 15444 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 34.6 Å2 / Net I/σ(I): 31.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.15 Å / 冗長度: 14.2 % / Mean I/σ(I) obs: 6 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.05→38.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 10.227 / SU ML: 0.137 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25599 764 4.9 %RANDOM
Rwork0.21006 ---
obs0.21227 14679 97.7 %-
all-15443 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.265 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.84 Å20 Å20 Å2
2--1.83 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→38.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1793 0 5 52 1850
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5451.9712552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3715227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.62423.689103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.68615369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8881521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021453
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2886
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21303
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0891.51161
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59321792
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9163836
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4344.5760
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 49 -
Rwork0.213 1061 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
121.7198-13.682320.272216.6042-18.468634.9733-0.66060.27621.18180.0795-0.4949-0.8794-1.290.92951.15540.3999-0.11790.0621-0.07340.02790.212126.91226.594-3.807
22.6649-2.8554.97624.1895-6.711812.05610.2482-0.0657-0.0326-0.58910.0274-0.04150.5458-0.0984-0.27560.1704-0.00270.0287-0.1087-0.00880.105627.66516.5294.952
37.4568-5.35941.2035.21-0.66893.0777-0.4227-1.0821-0.19090.17460.5468-0.0770.25790.065-0.12410.04870.0271-0.00710.0040.02680.125959.241-11.85837.139
416.3113-16.723411.594120.506-12.690412.5668-0.3061-0.17841.27-0.3375-0.3428-1.7157-0.02610.4030.64890.1051-0.05610.0214-0.0269-0.03990.502764.655-7.00632.21
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA303 - 3318 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2AA333 - 42238 - 127
3X-RAY DIFFRACTION3AA423 - 489128 - 194
4X-RAY DIFFRACTION4AA490 - 520195 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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