PDB-2odu: Crystal structure of a fragment of the plakin domain of plectin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2odu

タイトル

Crystal structure of a fragment of the plakin domain of plectin

要素

Plectin 1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / PLAKIN DOMAIN / SPECTRIN REPEAT / CYTOSKELETON / HEMIDESMOSOMES / EPIDERMOLYSIS BULLOSA

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-containing complex organization / actomyosin contractile ring assembly actin filament organization / skeletal myofibril assembly / tight junction organization / Type I hemidesmosome assembly / hemidesmosome assembly / hemidesmosome / leukocyte migration involved in immune response / intermediate filament organization / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

de Pereda, J.M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The structure of a tandem pair of spectrin repeats of plectin reveals a modular organization of the plakin domain.
著者: Sonnenberg, A. / Rojas, A.M. / de Pereda, J.M.

履歴

登録	2006年12月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2odu.cif.gz	57.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2odu.ent.gz	42.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2odu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/2odu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/2odu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2odvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2odv-d 5ed9-d 2spc-d 4c46-d 4mt5-2 6ual-d 6wjk-d 6fhd-1 3vp9-d 2ztb-2 2ztb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Plectin 1

27.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.150, 26.340, 58.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

The biological assembly is the monomeric molecule as presented in the coordinates

#1: タンパク質	Plectin 1 / HD1 分子量: 27484.641 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 300-530 / 変異: E506K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLEC1 / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6S383, UniProt: Q15149*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Plectin 1 / HD1

分子量: 27484.641 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 300-530 / 変異: E506K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLEC1 / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6S383, UniProt: Q15149*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.2 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Citrate Phosphate pH 4.6, 10% 1,2-propanediol, 5% PEG 3000, 4% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.9785, 0.9185

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月5日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9785	1
2	0.9185	1

反射

解像度: 2.3→46.5 Å / Num. obs: 11241 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / B_iso Wilson estimate: 37.8 Å² / Net I/σ(I): 22.4

反射シェル

解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 8.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELX		モデル構築
REFMAC	5.2.0019	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→46.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 17.497 / SU ML: 0.202 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.381 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2693	533	4.7 %	RANDOM
R_work	0.21616	-	-	-
obs	0.21873	10704	99.94 %	-
all	-	11237	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.371 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1795	0	0	16	1811

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.564	1.972	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.44	5	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.551	23.564	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.161	15	369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.932	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	901
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.276	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.253	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.874	1.5	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.362	2	1783
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.374	3	825
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.677	4.5	749
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	42	-
R_work	0.208	769	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5023	-4.7606	10.9328	5.9224	-9.6767	22.7471	-0.3641	0.5668	0.5925	-0.1584	-0.446	-0.4853	-1.0718	1.0901	0.8101	0.1551	-0.0599	0.0373	-0.0475	0.045	-0.0663	30.347	22.55	3.354
2	3.2932	-3.3336	5.9498	5.3763	-8.0417	14.1236	0.344	-0.0221	-0.1574	-0.9098	0.1865	0.1593	0.8146	-0.5458	-0.5305	0.0511	-0.0384	-0.0012	-0.1108	0.0161	-0.2541	24.502	17.817	0.883
3	9.543	-6.1793	2.1134	5.5745	-1.2852	3.336	-0.2859	-0.7055	0.3634	-0.1112	0.256	-0.3864	0.1046	0.0058	0.0299	-0.192	-0.0068	-0.0195	-0.1549	-0.0251	-0.2339	57.616	-9.209	35.156
4	21.2422	-10.9361	9.1802	9.8051	-5.032	8.9247	-0.2319	0.3806	0.5127	-0.1021	-0.3747	-1.325	0.0135	0.7603	0.6066	-0.1756	-0.0523	0.0352	0.0417	-0.0146	0.2652	68.577	-11.844	36.146

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	303 - 346	8 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	347 - 417	52 - 122
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	418 - 499	123 - 204
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	500 - 520	205 - 225

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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