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- PDB-2odg: Complex of barrier-to-autointegration factor and LEM-domain of emerin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2odg
タイトルComplex of barrier-to-autointegration factor and LEM-domain of emerin
要素
  • Barrier-to-autointegration factor
  • Emerin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PROTEIN BINDING / INNER NUCLEAR MEMBRANE PROTEIN / LEM-DOMAIN BAF MULTIDIMENSIONAL NMR DIPOLAR COUPLINGS
機能・相同性
機能・相同性情報


TMEM240-body / nuclear membrane organization / negative regulation of protein ADP-ribosylation / Depolymerization of the Nuclear Lamina / Nuclear Envelope Breakdown / mitotic nuclear membrane reassembly / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / RHOD GTPase cycle / nuclear outer membrane ...TMEM240-body / nuclear membrane organization / negative regulation of protein ADP-ribosylation / Depolymerization of the Nuclear Lamina / Nuclear Envelope Breakdown / mitotic nuclear membrane reassembly / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / RHOD GTPase cycle / nuclear outer membrane / regulation of canonical Wnt signaling pathway / nuclear inner membrane / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / negative regulation of type I interferon production / negative regulation of viral genome replication / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / muscle organ development / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / beta-tubulin binding / skeletal muscle cell differentiation / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / RHOG GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / chromosome organization / RAC3 GTPase cycle / condensed chromosome / negative regulation of fibroblast proliferation / muscle contraction / negative regulation of innate immune response / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of protein export from nucleus / response to virus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cellular response to growth factor stimulus / DNA integration / spindle / nuclear envelope / chromatin organization / actin binding / double-stranded DNA binding / nuclear membrane / response to oxidative stress / microtubule / cadherin binding / chromatin / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Emerin, LEM domain / Emerin / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #40 / Barrier-to-autointegration factor, BAF / Barrier- to-autointegration factor, BAF / Barrier-to-autointegration factor, BAF superfamily / : / Barrier to autointegration factor / Barrier to autointegration factor / LEM domain ...Emerin, LEM domain / Emerin / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #40 / Barrier-to-autointegration factor, BAF / Barrier- to-autointegration factor, BAF / Barrier-to-autointegration factor, BAF superfamily / : / Barrier to autointegration factor / Barrier to autointegration factor / LEM domain / LEM domain / LEM domain profile. / in nuclear membrane-associated proteins / LEM/LEM-like domain superfamily / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Barrier-to-autointegration factor / Emerin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / CONJOINED RIGID BODY, TORSION ANGLE SIMULATED ANNEALING DYNAMICS
データ登録者Clore, G.M. / Cai, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Solution NMR Structure of the Barrier-to-Autointegration Factor-Emerin Complex.
著者: Cai, M. / Huang, Y. / Suh, J.Y. / Louis, J.M. / Ghirlando, R. / Craigie, R. / Clore, G.M.
履歴
登録2006年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 7 IN THIS ENTRY THE LAST COLUMN REPRESENTS THE AVERAGE RMS DIFFERENCE BETWEEN THE INDIVIDUAL ... IN THIS ENTRY THE LAST COLUMN REPRESENTS THE AVERAGE RMS DIFFERENCE BETWEEN THE INDIVIDUAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES AND THE MEAN COORDINATE POSITIONS. IT IS IMPORTANT TO NOTE THAT THE VALUES GIVEN FOR THE BACKBONE ATOMS AND NON-INTERFACIAL SIDECHAINS PROVIDE ONLY A MEASURE OF THE PRECISION WITH WHICH THE RELATIVE ORIENTATION OF THE TWO PROTEINS HAVE BEEN DETERMINED AND DOES NOT TAKE INTO ACCOUNT THE ERRORS IN THE NMR COORDINATES OF THE FREE BAF DIMER AND THE LEM-DOMAIN OF EMERIN. STRUCTURAL STATISTICS: --------------------------------------------------------- RMS DEVIATIONS FROM EXPT RESTRAINTS NOES (122) 0.016 A SIDE-CHAIN TORSION ANGLES (46) 0.025 DEG 1DNH DIPOLAR COUPLING R-FACTORS (CLORE AND GARRETT (1999) J. AM. CHEM. SOC. 121, 9008-9012): BAF (54x2) 15.2% LEM-DOMAIN: 14.8% -------------------------------------------------------- COORDINATE PRECISION BACKBONE: 0.13(+/-0.06) A INTERFACIAL SIDE-CHAIN HEAVY ATOMS: 1.02(+/-0.02) A

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Barrier-to-autointegration factor
B: Barrier-to-autointegration factor
C: Emerin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8683
ポリマ－25,8683
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 180RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE
代表モデルモデル #1restrained regularized mean coordinates

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要素

#1: タンパク質 Barrier-to-autointegration factor / Breakpoint cluster region protein 1


分子量: 10073.588 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-89 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: NUCLEUS / 遺伝子: BANF1, BAF, BCRG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75531
#2: タンパク質・ペプチド Emerin


分子量: 5720.397 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-47 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: NUCLEUS / 遺伝子: EMD, EDMD, STA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50402

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DOUBLE AND TRIPLE RESONANCE FOR ASSIGNMENT OF PROTEIN
121QUANTITATIVE J CORRELATION FOR COUPLING CONSTANTS
1313D HETREONUCLEAR-SEPARATED NOE EXPERIMENTS
1412D HETERONUCLEAR FOR DIPOLAR COUPLING MEASUREMENTS IN LIQUID CRYSTALLINE MEDIUM OF PHAGE PF1

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試料調製

試料状態イオン強度: 50 mM POTASSIUM PHOSPHATE 200 mM NACL / pH: 6.5 / 温度: 303.00 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DRXBrukerDRX7503
Bruker DRXBrukerDRX7504

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSCHWIETERS, KUSZEWSKI, CLORE精密化
XPLOR-NIH構造決定
精密化手法: CONJOINED RIGID BODY, TORSION ANGLE SIMULATED ANNEALING DYNAMICS
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED BY CONJOINED RIGID BODY/TORSION ANGLE DYNAMICS (SCHWIETERS & CLORE (2001) J.MAGN.RESON 152, 288-302). THE TARGET FUNCTIONS COMPRISES TERMS FOR NOE RESTRAINTS, ...詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED BY CONJOINED RIGID BODY/TORSION ANGLE DYNAMICS (SCHWIETERS & CLORE (2001) J.MAGN.RESON 152, 288-302). THE TARGET FUNCTIONS COMPRISES TERMS FOR NOE RESTRAINTS, SIDECHAIN TORSION ANGLE RESTRAINTS, RESIDUAL DIPOLAR COUPLING RESTRAINTS (CLORE ET AL. J.MAGN.RESON. 131, 159-162 (1998); J.MAGN.RESON.133, 216-221(1998)), A RADIUS OF GYRATION TERM (KUSZEWSKI ET AL. J.AM.CHEM.SOC. 121, 2337-2338 (1999)), A QUARTIC VAN DER WAALS REPULSION TERM (NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129-136), AND A TORSION ANGLE CONFORMATIONAL DATABASE POTENTIAL OF MEAN FORCE (CLORE AND KUSZEWSKI 2002) J.AM.CHEM.SOC 124, 2866-2867). THE STARTING COORDINATE COME FROM THE NMR STRUCTURE OF THE BAF DIMER (1QCK; KUSZEWSKI ET AL. J.AM.CHEM.SOC.121, 2337-2338(1999)) AND THE LEM-DOMAIN OF EMERIN (PDB ID 2ODC; CAI ET AL) THE BACKBONE COORDINATES AND NON-INTERFACIAL SIDECHAINS ARE TREATED AS RIGID BODIES THROUGHOUT WITH THE BAF DIMER HELD FIXED, THE MOLECULES ALLOWED TO ROTATE AND TRANSLATE, AND THE AXIS OF THE SINGLE DIPOLAR COUPLING ALIGNMENT TENSOR FREE TO ROTATE. THE INTERFACIAL SIDECHAINS ARE GIVEN FULL TORSIONAL DEGREES OF FREEDOM.
代表構造選択基準: restrained regularized mean coordinates
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE
計算したコンフォーマーの数: 180 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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