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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2odf | ||||||
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タイトル | The crystal structure of gene product Atu2144 from Agrobacterium tumefaciens | ||||||
要素 | Hypothetical protein Atu2144 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Agrobacterium tumefaciens / PSI-2 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | Uncharacterised conserved protein UCP029730 / N-formylglutamate amidohydrolase / N-formylglutamate amidohydrolase / Zn-dependent exopeptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, R. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of gene product Atu2144 from Agrobacterium tumefaciens 著者: Zhang, R. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2odf.cif.gz | 413.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2odf.ent.gz | 338 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2odf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2odf_validation.pdf.gz | 487.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2odf_full_validation.pdf.gz | 511.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2odf_validation.xml.gz | 87.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2odf_validation.cif.gz | 127.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/2odf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/2odf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | This protein exists as monomer. There are 8 molecules (A,B,C,D,E,F,G,H) in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28099.748 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) 生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8UDI1, UniProt: A9CI91*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.66 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 5% Isopropanol, 2M Ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月12日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9798 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→120 Å / Num. all: 175032 / Num. obs: 173247 / % possible obs: 98.98 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 22 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.952 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 13470 / % possible all: 95.72 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→120 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 6.71 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.143 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.245 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→120 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 25.685 Å / Origin y: 51.935 Å / Origin z: 23.625 Å
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精密化 TLSグループ |
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