PDB-2od6: Crystal structure of a dimeric ferredoxin-like protein (jcvi_pep_...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2od6

タイトル

Crystal structure of a dimeric ferredoxin-like protein (jcvi_pep_1096682647733) from uncultured marine organism at 1.85 A resolution

要素

hypothetical protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Metagenomics target / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / 10-oxohexadecanoic acid

機能・相同性情報

生物種

uncultured marine organism (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein (JCVI_PEP_1096682647733) from an environmental metagenome (unidentified marine microbe), Sorcerer II Global Ocean Sampling experiment at 1.85 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 300

BIOMOLECULE: 1,2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 ...

Remark 999

SEQUENCE (1) THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2od6.ent.gz	90.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2od6_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2od6_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	2od6_validation.xml.gz	24.7 KB	表示
CIF形式データ	2od6_validation.cif.gz	34 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/2od6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/2od6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4o0o-d 5ckh-d 6fsb-2 2oz7-d 4lwx-d 5h6k-2 4htu-2 3sm3-d 3bfd-1 5vo4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 367441

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein

B: hypothetical protein

C: hypothetical protein

D: hypothetical protein

ヘテロ分子

53.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: hypothetical protein

B: hypothetical protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
26.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: hypothetical protein

D: hypothetical protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
26.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.433, 92.842, 144.927
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: OHA / End label comp-ID: OHA / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 3 - 300 / Label seq-ID: 4

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A - E
2	B	B - G
3	C	C - K
4	D	D - O

詳細

SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	hypothetical protein 分子量: 12978.046 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) uncultured marine organism (環境試料) 解説: SYNTHETIC GENE: The gene product was based on JCVI_PEP_1096682647733 from the Sorcerer II Global Ocean Sampling experiment 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-OHA / 10-oxohexadecanoic acid / 10-ケトパルミチン酸分子量: 270.408 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.89 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 9 詳細: 30.0% PEG-6000, 0.1M Bicine pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97944, 0.97972

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月19日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97944	1
3	0.97972	1

反射

解像度: 1.8→29.086 Å / Num. obs: 42961 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.072 / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 6.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.85-1.9	3.6	0.611	1.2	11297	3134	0.611	100
1.9-1.95	3.6	0.444	1.7	10997	3052	0.444	100
1.95-2.01	3.6	0.368	2	10751	2976	0.368	100
2.01-2.07	3.6	0.292	2.5	10395	2885	0.292	100
2.07-2.14	3.6	0.242	2.9	10152	2821	0.242	100
2.14-2.21	3.6	0.186	3.7	9725	2690	0.186	100
2.21-2.29	3.6	0.175	3.9	9419	2630	0.175	100
2.29-2.39	3.6	0.142	4.7	9153	2541	0.142	100
2.39-2.49	3.6	0.119	5.5	8722	2428	0.119	100
2.49-2.62	3.6	0.107	5.6	8422	2357	0.107	100
2.62-2.76	3.6	0.097	6.3	7899	2206	0.097	100
2.76-2.93	3.6	0.088	6	7475	2103	0.088	100
2.93-3.13	3.6	0.076	7.5	7113	2001	0.076	100
3.13-3.38	3.5	0.067	7.8	6556	1854	0.067	100
3.38-3.7	3.5	0.055	10.6	6111	1728	0.055	100
3.7-4.14	3.5	0.049	11.8	5464	1560	0.049	99.9
4.14-4.78	3.5	0.049	12.4	4814	1386	0.049	99.7
4.78-5.85	3.4	0.048	12.7	4095	1195	0.048	99.4
5.85-8.27	3.3	0.049	12.3	3087	932	0.049	98.8
8.27-29.09	2.9	0.042	14.9	1402	482	0.042	86.1

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.85→29.086 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 9.082 / SU ML: 0.132 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.137
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: (1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN RIDING POSITIONS. (2). ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. (3). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.231	2164	5 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.198	42910	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.009 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.05 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.086 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3468	0	120	301	3889

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	3833
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2645
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.681	1.964	5171
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.061	3	6445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.753	5	466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.353	23.879	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.267	15	647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.632	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.136	0.2	575
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4221
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	827
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	756
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	2737
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.19	0.2	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.031	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.164	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.184	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.212	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.465	3	2336
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.716	3	901
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.122	5	3731
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.681	8	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.948	11	1440

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1265 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	LOOSE POSITIONAL	0.73	5
2	B	LOOSE POSITIONAL	0.55	5
3	C	LOOSE POSITIONAL	0.67	5
4	D	LOOSE POSITIONAL	0.64	5
1	A	LOOSE THERMAL	5.08	10
2	B	LOOSE THERMAL	2.98	10
3	C	LOOSE THERMAL	4.36	10
4	D	LOOSE THERMAL	3.66	10

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	174	-
R_work	0.287	2956	-
obs	-	3130	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2499	-0.0787	-0.123	2.6544	-0.141	3.1537	-0.0939	-0.0135	0.0635	0.4552	0.072	0.3304	-0.0916	-0.2462	0.0219	-0.1434	-0.0039	-0.0011	-0.0225	-0.0142	-0.0349	18.1228	50.5084	22.0082
2	0.8985	-1.0984	-0.0114	2.248	0.6608	0.4623	-0.0856	-0.0481	-0.1305	0.223	0.0179	0.0879	0.1878	0.0617	0.0677	0.0332	-0.0201	0.0037	-0.092	0.013	-0.0634	26.3124	33.3641	14.1724
3	1.1097	0.0878	0.3839	4.1071	0.9425	2.4647	-0.0357	0.1026	-0.1055	-0.2843	0.0934	0.3463	0.4808	-0.0374	-0.0577	-0.1785	0.0202	-0.0342	-0.0337	-0.0065	-0.0199	31.003	33.2958	50.0967
4	0.6326	0.2556	0.1927	2.2127	0.6195	1.0826	-0.0674	0.0446	0.0174	-0.1848	0.031	0.0198	-0.2108	0.0752	0.0364	0.0198	-0.0053	0.0045	-0.0873	0.0206	-0.0907	36.9044	51.777	58.1371

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 109
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 109

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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