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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ocz | ||||||
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タイトル | The Structure of a Putative 3-Dehydroquinate Dehydratase from Streptococcus pyogenes. | ||||||
![]() | 3-dehydroquinate dehydratase | ||||||
![]() | LYASE / structural genomics / Type I 3-dehydroquinate dehydratase / DHQase / Streptococcus pyogenes / dehydroshikimate / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuff, M.E. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Structure of a Putative 3-Dehydroquinate Dehydratase from Streptococcus pyogenes. 著者: Cuff, M.E. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. THE DIMERIC ASSEMBLY SHOWN IN REMARK 350 IS PREDICTED BY THE ANALYSIS OF PROTEIN INTERFACES BASED ON THIS CRYSTAL STRUCTURE. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 48.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Most likely a dimer related by the crystallographic two fold. (x,y,z) and (1-y,1-x,1/2-z) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26865.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Streptococcus pyogenes / 株: M1 GAS / 遺伝子: aroD / プラスミド: pMCSG19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.57 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2M MgCl2, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月21日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.85→36.5 Å / Num. all: 23052 / Num. obs: 23052 / % possible obs: 96.05 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.8 % / Biso Wilson estimate: 30.3 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 9.1 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / % possible all: 77.96 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.837 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→36.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 28.4867 Å / Origin y: 21.8086 Å / Origin z: 21.0724 Å
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