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万見
- PDB-2ocy: Complex of the guanine exchange factor Sec2p and the Rab GTPase Sec4p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ocy
タイトルComplex of the guanine exchange factor Sec2p and the Rab GTPase Sec4p
要素
  • Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
  • Ras-related protein SEC4
キーワードENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / Rab / GEF / guanine exchange factor / coiled-coil / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ascospore-type prospore membrane formation / Golgi to plasma membrane transport vesicle / ascospore-type prospore assembly / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / membrane addition at site of cytokinesis / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / cell tip / incipient cellular bud site / vesicle fusion ...ascospore-type prospore membrane formation / Golgi to plasma membrane transport vesicle / ascospore-type prospore assembly / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / membrane addition at site of cytokinesis / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / cell tip / incipient cellular bud site / vesicle fusion / cellular bud tip / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / mating projection tip / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / sporulation resulting in formation of a cellular spore / transport vesicle membrane / exocytosis / protein secretion / transport vesicle / Neutrophil degranulation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / autophagy / protein transport / vesicle / mitochondrial outer membrane / endosome / GTPase activity / GTP binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #910 / GDP/GTP exchange factor Sec2, N-terminal / Guanine nucleotide exchange factor RAB3IL/RAB3IP/Sec2 / GDP/GTP exchange factor Sec2p / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Helix Hairpins / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases ...Helix Hairpins - #910 / GDP/GTP exchange factor Sec2, N-terminal / Guanine nucleotide exchange factor RAB3IL/RAB3IP/Sec2 / GDP/GTP exchange factor Sec2p / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Helix Hairpins / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Helix non-globular / Rab subfamily of small GTPases / Special / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras-related protein SEC4 / Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Reinisch, K.M. / Dong, G.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: A Catalytic Coiled Coil: Structural Insights into the Activation of the Rab GTPase Sec4p by Sec2p.
著者: Dong, G. / Medkova, M. / Novick, P. / Reinisch, K.M.
履歴
登録2006年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
B: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
C: Ras-related protein SEC4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3293
ポリマ－55,3293
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9450 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area28750 Å2
手法PISA
2
A: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
B: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
C: Ras-related protein SEC4

A: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
B: Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2
C: Ras-related protein SEC4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,6586
ポリマ－110,6586
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/61
Buried area25280 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area51120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.999, 92.999, 295.909
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細the coordinates reflect the biologically relevant assembly, which consists of two sec2 chains and one Sec4 chain.

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要素

#1: タンパク質 Rab guanine nucleotide exchange factor SEC2 / GDP-GTP exchange factor SEC2


分子量: 18018.746 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 17-167 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SEC2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P17065
#2: タンパク質 Ras-related protein SEC4 / Suppressor of RHO3 protein 6


分子量: 19291.531 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 18-187 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SEC4, SRO6 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07560

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100 mM sodium acetate (pH 5.0), 200 mM calcium acetate, 20% PEG 400, 10mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 160 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月10日
放射モノクロメーター: single crystal side bounce monochromator, Kohzu HLD8-24
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. all: 11817 / Num. obs: 11817 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1124 / Rsym value: 0.327 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.325 1114 -random
Rwork0.25 ---
obs0.25 11817 97.7 %-
all-12095 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3592 0 0 0 3592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.35 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.455 27
Rwork0.383 -
obs-349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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