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- PDB-2ocp: Crystal Structure of Human Deoxyguanosine Kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ocp
タイトルCrystal Structure of Human Deoxyguanosine Kinase
要素Deoxyguanosine kinase
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN-NUCLEOTIDE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


dGTP metabolic process / purine deoxyribonucleoside metabolic process / guanosine metabolic process / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Purine salvage / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport ...dGTP metabolic process / purine deoxyribonucleoside metabolic process / guanosine metabolic process / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Purine salvage / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / negative regulation of neuron projection development / mitochondrial matrix / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxynucleoside kinase / : / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / Deoxyguanosine kinase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Johansson, K. / Ramaswamy, S. / Ljungkrantz, C. / Knecht, W. / Piskur, J. / Munch-Petersen, B. / Eriksson, S. / Eklund, H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structural Basis for Substrate Specificities of Cellular Deoxyribonucleoside Kinases.
著者: Johansson, K. / Ramaswamy, S. / Ljungkrantz, C. / Knecht, W. / Piskur, J. / Munch-Petersen, B. / Eriksson, S. / Eklund, H.
履歴
登録2006年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年1月16日ID: 1JAG
改定 1.02007年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyguanosine kinase
B: Deoxyguanosine kinase
C: Deoxyguanosine kinase
D: Deoxyguanosine kinase
E: Deoxyguanosine kinase
F: Deoxyguanosine kinase
G: Deoxyguanosine kinase
H: Deoxyguanosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,48416
ポリマ－226,5558
非ポリマー3,9298
水3,603200
1
A: Deoxyguanosine kinase
B: Deoxyguanosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6214
ポリマ－56,6392
非ポリマー9822
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4300 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20330 Å2
手法PISA
2
C: Deoxyguanosine kinase
D: Deoxyguanosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6214
ポリマ－56,6392
非ポリマー9822
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA
3
E: Deoxyguanosine kinase
F: Deoxyguanosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6214
ポリマ－56,6392
非ポリマー9822
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20300 Å2
手法PISA
4
G: Deoxyguanosine kinase
H: Deoxyguanosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6214
ポリマ－56,6392
非ポリマー9822
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.180, 120.030, 154.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Deoxyguanosine kinase / dGK


分子量: 28319.338 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DGUOK, DGK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16854, deoxyguanosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.86 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, AMMONIUM ACETATE, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年5月11日
放射モノクロメーター: DIAMOND CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 61311 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1J90

1j90


解像度: 2.8→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: THE STRUCTURE IS REFINED WITH STRICT NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY. ONLY MOLECULE A WAS BUILT INTO AVERAGE MAPS AND THE OTHER SEVEN (B-H) MOLECULES WERE GENERATED ACCORDING TO THE NCS ...詳細: THE STRUCTURE IS REFINED WITH STRICT NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY. ONLY MOLECULE A WAS BUILT INTO AVERAGE MAPS AND THE OTHER SEVEN (B-H) MOLECULES WERE GENERATED ACCORDING TO THE NCS SYMMETRY AND ARE THUS IDENTICAL TO MOLECULE A.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 3013 5 %RANDOM
Rwork0.265 ---
obs0.265 59741 97.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 11.88 Å2 / ksol: 0.29 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.71 Å0.71 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15392 0 240 200 15832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.812.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: STRICT
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 488 5 %
Rwork0.379 9248 -
obs--95.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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