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- PDB-2oca: The crystal structure of T4 UvsW -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oca
タイトルThe crystal structure of T4 UvsW
要素ATP-dependent DNA helicase uvsW
キーワードHYDROLASE / ATP-dependant helicase / T4-bacteriophage / Recombination
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / DNA helicase / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Translation Initiation Factor Eif1 - #20 / UvsW.1 domain / DNA helicase UvsW superfamily / : / : / : / UvsW.1 domain / DNA helicase UvsW, N-terminal / Translation Initiation Factor Eif1 / Helicase/UvrB, N-terminal ...Translation Initiation Factor Eif1 - #20 / UvsW.1 domain / DNA helicase UvsW superfamily / : / : / : / UvsW.1 domain / DNA helicase UvsW, N-terminal / Translation Initiation Factor Eif1 / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent DNA helicase uvsW
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kerr, I.D. / White, S.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystallographic and NMR Analyses of UvsW and UvsW.1 from Bacteriophage T4.
著者: Kerr, I.D. / Sivakolundu, S. / Li, Z. / Buchsbaum, J.C. / Knox, L.A. / Kriwacki, R. / White, S.W.
履歴
登録2006年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月20日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999 SEQUENCE AUTHORS STATE THAT THE DIFFERENCE BETWEEN THEIR CLONED SEQUENCE AND THE DATABASE SEQUENCE ... SEQUENCE AUTHORS STATE THAT THE DIFFERENCE BETWEEN THEIR CLONED SEQUENCE AND THE DATABASE SEQUENCE AT POSITION 457 REPRESENTS VARIATION IN THE PHAGE SEQUENCE AND NOT A MUTATION INCORPORATED BY AMPLIFICATION OF THE GENE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent DNA helicase uvsW


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9561
ポリマ－58,9561
非ポリマー00
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.640, 155.200, 101.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent DNA helicase uvsW / Dar protein


分子量: 58955.855 Da / 分子数: 1 / 変異: K141R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: uvsW, dar / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Codon plus / 参照: UniProt: P20703, ATP diphosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.0 M Sodium Malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月8日
放射モノクロメーター: Si-220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 2003 / Num. obs: 25580 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 45.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 2.285 / Net I/σ(I): 35.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / Χ2: 1.629 / % possible all: 82.2

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.02 Å47.42 Å
Translation3.02 Å47.42 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RIF

1rif


解像度: 2.7→30 Å / FOM work R set: 0.821 / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Atoms at 0.00 occupancy have little or no electron density and were modelled stereochemically. Residues 287-295 are missing due to insufficient electron density
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1292 5 %Random
Rwork0.217 ---
obs-25425 97.5 %-
溶媒の処理Bsol: 50.771 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 69.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.783 Å20 Å20 Å2
2--30.546 Å20 Å2
3----15.762 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4017 0 0 106 4123
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.261
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.3441.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0182
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3312
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1262.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.7-2.740.393380.342756794
2.74-2.780.325570.319826883
2.78-2.820.362560.326862918
2.82-2.860.294510.308895946
2.86-2.910.291440.281914958
2.91-2.960.315500.2679771027
2.96-3.010.299400.2669691009
3.01-3.070.304600.2579911051
3.07-3.130.248540.2499831037
3.13-3.20.373560.2529751031
3.2-3.280.321620.2339741036
3.28-3.360.254630.2339571020
3.36-3.450.224590.2079751034
3.45-3.550.228680.1979701038
3.55-3.660.216410.1849861027
3.66-3.790.202530.18510021055
3.79-3.950.23560.1889811037
3.95-4.120.275440.1939991043
4.12-4.340.201620.1849761038
4.34-4.610.21580.16910001058
4.61-4.970.194430.17910061049
4.97-5.460.259460.19910141060
5.46-6.250.361490.26610201069
6.25-7.850.24410.24610401081
7.85-300.221410.22510851126
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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