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万見
- PDB-2oba: Pseudomonas aeruginosa 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oba
タイトルPseudomonas aeruginosa 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
要素Probable 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
キーワードLYASE (リアーゼ) / Tetrahydrobiopterin biosynthesis / PTP synthase / PTPS
機能・相同性
機能・相同性情報


6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ） / queuosine biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD family / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD superfamily / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase / Tetrahydropterin Synthase; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者McGrath, T.E. / Kisselman, G. / Battaile, K. / Romanov, V. / Wu-Brown, J. / Guthrie, J. / Virag, C. / Mansoury, K. / Edwards, A.M. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Pseudomonas aeruginosa 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
著者: McGrath, T.E. / Kisselman, G. / Battaile, K. / Romanov, V. / Wu-Brown, J. / Guthrie, J. / Virag, C. / Mansoury, K. / Edwards, A.M. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.
履歴
登録2006年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
Remark 999SEQUENCE Residue MSE 19 is a cloning artifact and a modified residue

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
B: Probable 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
C: Probable 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
D: Probable 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
E: Probable 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
F: Probable 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,84712
ポリマ－96,4556
非ポリマー3926
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14240 Å2
ΔGint-297 kcal/mol
Surface area29200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.082, 87.521, 124.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 118 / Label seq-ID: 21 - 138

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
詳細The biological assembly is the hexamer contained in the asymmetric unit

-
要素

#1: タンパク質
Probable 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase


分子量: 16075.805 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: 633 / 遺伝子: PA2666 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9I0H2, 6-pyruvoyltetrahydropterin synthase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.2M lithium sulphate, 0.1M Tris HCl, 30% PEG3000 frozen in 70%paratone/30% mineral oil, pH 9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月7日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→42.22 Å / Num. all: 35610 / Num. obs: 33806 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Χ2: 1.025 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.32-2.43.20.25133720.893194.8
2.4-2.53.30.21534750.878197.3
2.5-2.613.30.16135550.847199.9
2.61-2.753.30.1335670.914199.9
2.75-2.923.30.08335900.893199.9
2.92-3.153.30.05735870.983199.8
3.15-3.473.30.04335881.162199.6
3.47-3.973.30.03336151.283199.2
3.97-53.30.02536271.12198.9
5-503.20.02536341.268194.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
JDirectorデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B66

1b66


解像度: 2.33→42.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 14.375 / SU ML: 0.184 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.371 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1769 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.189 33806 97.7 %-
all-35610 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.765 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.14 Å20 Å20 Å2
2---1.47 Å20 Å2
3----2.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→42.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5950 0 6 259 6215
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0216157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4881.938347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3675722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.83423.292325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.421151019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.3641543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024823
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.22684
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.23949
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7231.53744
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16225859
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.91732776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0674.52486
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 960 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ALOOSE POSITIONAL0.445
2BLOOSE POSITIONAL0.455
3CLOOSE POSITIONAL0.435
4DLOOSE POSITIONAL0.445
5ELOOSE POSITIONAL0.485
6FLOOSE POSITIONAL0.595
1ALOOSE THERMAL2.3510
2BLOOSE THERMAL2.4410
3CLOOSE THERMAL2.1410
4DLOOSE THERMAL1.9210
5ELOOSE THERMAL1.9710
6FLOOSE THERMAL1.9810
LS精密化 シェル解像度: 2.327→2.387 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 110 -
Rwork0.211 2122 -
obs-2232 85.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.87070.5341-0.8684.8311-1.35323.79090.02420.17610.0251-0.0991-0.0176-0.219-0.22820.2494-0.0066-0.17290.04030.0032-0.2355-0.0137-0.19165.27711.917227.1761
23.17750.98152.09671.43030.84544.39850.05210.02810.2850.0051-0.1229-0.0193-0.50540.28260.0707-0.0355-0.06870.0758-0.08380.0235-0.091922.549314.06166.9805
31.403-1.6843-2.25862.7412.73624.9623-0.08890.235-0.0381-0.037-0.05820.18740.0501-0.31620.1471-0.0684-0.06730.0152-0.0892-0.02-0.11441.6998-2.79094.9119
41.9386-0.4878-0.85784.63161.37552.54440.00810.1354-0.0922-0.11270.0035-0.26920.03650.1959-0.0116-0.1830.0149-0.0069-0.2180.0214-0.153511.8557-15.754931.3406
55.37990.16951.9341.63180.1383.6927-0.23380.0783-0.0839-0.0990.066-0.31560.20810.4460.1678-0.01110.07770.1001-0.0939-0.0315-0.036426.5705-17.02468.9142
61.88781.9476-2.51993.0761-3.08645.5747-0.01980.091-0.26170.0911-0.1626-0.4603-0.12040.63290.1824-0.1442-0.0591-0.04290.0817-0.0079-0.032133.9427-0.622628.8266
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 1 - 118 / Label seq-ID: 21 - 138

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB
33CC
44DD
55EE
66FF

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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