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- PDB-2ob2: ppm1 in the absence of 1,8-ANS (cf 1JD) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ob2
タイトルppm1 in the absence of 1,8-ANS (cf 1JD)
要素Leucine carboxyl methyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / ppm1 without 1 / 8-ANS (as 1RJD)
機能・相同性
機能・相同性情報


Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / [phosphatase 2A protein]-leucine-carboxy methyltransferase / protein C-terminal leucine carboxyl O-methyltransferase activity / protein-containing complex assembly / methylation / regulation of autophagy
類似検索 - 分子機能
Leucine carboxyl methyltransferase 1 / Methyltransferase Ppm1/Ppm2/Tcmp / Leucine carboxyl methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Leucine carboxyl methyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Groves, M.R. / Mueller, I.B. / Kreplin, X. / Mueller-Dieckmann, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: A method for the general identification of protein crystals in crystallization experiments using a noncovalent fluorescent dye.
著者: Groves, M.R. / Muller, I.B. / Kreplin, X. / Muller-Dieckmann, J.
履歴
登録2006年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月5日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine carboxyl methyltransferase 1
B: Leucine carboxyl methyltransferase 1
C: Leucine carboxyl methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,2979
ポリマ－112,8643
非ポリマー1,4326
水11,241624
1
A: Leucine carboxyl methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2855
ポリマ－37,6211
非ポリマー6644
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Leucine carboxyl methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0062
ポリマ－37,6211
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Leucine carboxyl methyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0062
ポリマ－37,6211
非ポリマー3841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.620, 110.620, 161.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 2 - 328 / Label seq-ID: 1 - 327

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
詳細monomer is biological unit

-
要素

#1: タンパク質 Leucine carboxyl methyltransferase 1 / Protein phosphatase methyltransferase 1


分子量: 37621.398 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PPM1 / プラスミド: pETM11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q04081, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 15% PEG 8000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.81 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.917→33.059 Å / Num. all: 85781 / Num. obs: 85540 / % possible obs: 99.72 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 1.9→1.967 Å / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0003精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RJD

1rjd


解像度: 1.92→33.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 9.151 / SU ML: 0.138 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 4276 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.209 85540 99.72 %-
all-85780 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.465 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.02 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→33.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7908 0 95 624 8627
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0228169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8751.97611041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5045981
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.10924.027365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.125151523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.751558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.21247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026005
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.24573
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.25595
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2050.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3190.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9361.55120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3727971
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.29233566
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3624.53068
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2622 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1ALOOSE POSITIONAL0.355
2BLOOSE POSITIONAL0.445
3CLOOSE POSITIONAL0.55
1ALOOSE THERMAL1.7310
2BLOOSE THERMAL1.9910
3CLOOSE THERMAL2.6710
LS精密化 シェル解像度: 1.917→1.967 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 304 -
Rwork0.296 5779 -
obs-6083 96.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5844-0.2356-0.00470.69960.06881.0970.015-0.0193-0.0052-0.0548-0.0018-0.0431-0.00020.0821-0.0132-0.1029-0.0162-0.0095-0.1358-0.0046-0.090618.56489.176-1.332
20.60260.27340.08460.9346-0.11821.09730.03440.0075-0.00140.0599-0.00250.0727-0.0253-0.0875-0.0319-0.09940.0194-0.0131-0.12960.0005-0.0925-18.81989.046-17.188
30.65770.27060.26681.2102-0.23882.1108-0.01450.10950.0361-0.0882-0.00130.022-0.1180.12570.01580.0108-0.00880.0014-0.00260.01130.022622.475116.456-33.715
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 2 - 328 / Label seq-ID: 1 - 327

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB
33CC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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