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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ob1 | ||||||
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タイトル | ppm1 with 1,8-ANS | ||||||
![]() | Leucine carboxyl methyltransferase 1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / ppm1 in the presence of 1 / 8-ANS | ||||||
機能・相同性 | ![]() Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / [phosphatase 2A protein]-leucine-carboxy methyltransferase / protein C-terminal leucine carboxyl O-methyltransferase activity / protein-containing complex assembly / methylation / regulation of autophagy 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Groves, M.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A method for the general identification of protein crystals in crystallization experiments using a noncovalent fluorescent dye. 著者: Groves, M.R. / Muller, I.B. / Kreplin, X. / Muller-Dieckmann, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 224.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 179.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 425.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 10 - 328 / Label seq-ID: 1 - 319
NCSアンサンブル:
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詳細 | Monomer is biological unit |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36622.301 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: PPM1 / プラスミド: pETM11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q04081, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.74 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 15% PEG 8000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月5日 / 詳細: Si(111) Mirror |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.81 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→83.045 Å / Num. all: 88089 / Num. obs: 88060 / % possible obs: 99.97 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / % possible all: 95.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1RJD 解像度: 1.9→83.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 3.194 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.207 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→83.04 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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