ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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DENZO | | データ削減 | | SCALEPACK | | データスケーリング | | CNS | | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 2 | データ抽出 | | HKL-2000 | | データ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | HKL-2000 | | データスケーリング | | CNS | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 2E4G 解像度: 2.1→35.9 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.222 | 4874 | 4.9 % | random |
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Rwork | 0.197 | - | - | - |
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all | 0.215 | 99855 | - | - |
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obs | - | 97699 | 97.8 % | - |
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溶媒の処理 | Bsol: 50.772 Å2 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38.397 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -3.276 Å2 | -3.712 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -3.276 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 6.552 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.281 Å | 0.248 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.248 Å | 0.22 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→35.9 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 8458 | 0 | 106 | 572 | 9136 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
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X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.336 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.076 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.054 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.088 | 2.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.0067 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.25 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.78 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.83 | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.27 | 459 | - |
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Rwork | 0.25 | - | - |
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obs | - | 9323 | 93.6 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramX-RAY DIFFRACTION | 2 | ion.paramX-RAY DIFFRACTION | 3 | water_rep.paramX-RAY DIFFRACTION | 4 | fad.par | | | |
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