[日本語] English
万見
- PDB-2oaa: Restriction endonuclease MvaI-cognate DNA substrate complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oaa
タイトルRestriction endonuclease MvaI-cognate DNA substrate complex
要素
  • 5'-D(*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*T)-3'
  • R.MvaI
キーワードHYDROLASE/DNA / MONOMERIC ENDONUCLEASE / DNA SUBSTRATE COMPLEX / RESTRICTION ENZYME / MVAI / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


MvaI/BcnI restriction endonuclease, recognition domain / MvaI/BcnI restriction endonuclease, catalytic domain / MvaI/BcnI restriction endonuclease / MvaI/BcnI restriction endonuclease, recognition domain / MvaI/BcnI restriction endonuclease family / PvuII Endonuclease; Chain A / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / R.MvaI
類似検索 - 構成要素
生物種Kocuria varians (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kaus-Drobek, M. / Czapinska, H. / Sokolowska, M. / Tamulaitis, G. / Szczepanowski, R.H. / Urbanke, K. / Siksnys, V. / Bochtler, M.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Restriction endonuclease MvaI is a monomer that recognizes its target sequence asymmetrically.
著者: Kaus-Drobek, M. / Czapinska, H. / Sokolowska, M. / Tamulaitis, G. / Szczepanowski, R.H. / Urbanke, C. / Siksnys, V. / Bochtler, M.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and Mechanistic Similarities between Restriction Endonucleases BcnI and MvaI and the DNA Repair Protein MutH
著者: Sokolowska, M. / Kaus-Drobek, M. / Czapinska, H. / Tamulaitis, G. / Siksnys, V. / Bochtler, M.
履歴
登録2006年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*T)-3'
D: 5'-D(*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*T)-3'
F: 5'-D(*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*C)-3'
A: R.MvaI
B: R.MvaI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,10013
ポリマ－70,8196
非ポリマー2817
水10,377576
1
C: 5'-D(*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*T)-3'
D: 5'-D(*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*C)-3'
A: R.MvaI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5306
ポリマ－35,4103
非ポリマー1203
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*T)-3'
F: 5'-D(*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*C)-3'
B: R.MvaI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5707
ポリマ－35,4103
非ポリマー1604
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.848, 81.380, 71.308
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*TP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*T)-3'


分子量: 3389.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: T strand
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*TP*AP*C)-3'


分子量: 3318.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: A strand
#3: タンパク質 R.MvaI


分子量: 28702.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kocuria varians (バクテリア) / 遺伝子: mvaIR / プラスミド: pBAD24_R.MvaI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q8RNV5
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.81 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.89, 0.2 M CaCl2, 25 % PEG4000, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1HEPES11
2CaCl211
3PEG400011
4H2O11
5CaCl212
6PEG400012
7H2O12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月7日 / 詳細: BENT MIRROR
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 94979 / Num. obs: 94979 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 13630 / Rsym value: 0.29 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
NCSREF位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OA9

2oa9


解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.147 / SU ML: 0.043 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: TLS refinement used. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Both Refmac and CNS are used for refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 4789 5 %THIN RESOLUTION SHELLS
Rwork0.176 ---
all0.177 94977 --
obs0.177 94977 97.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.782 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.56 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4013 868 7 576 5464
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0215131
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1892.1687101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8535511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.88325.355211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.53315797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2271519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2773
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023597
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.22137
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.23448
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1110.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1090.224
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1720.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7941.52571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11824052
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.72933198
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4034.53049
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.221 355
Rwork0.204 6384
obs-6384
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3393-0.04130.00240.2117-0.11960.3441-0.0179-0.0168-0.0390.011-0.0273-0.057800.03050.04520.0367-0.00250.02820.0348-0.00070.047373.593-39.9216.336
20.4346-0.1146-0.01690.4238-0.11260.1674-0.00920.00240.01280.00690.01750.0005-0.0158-0.0146-0.00830.05090.00410.02720.03650.00120.02651.164-28.6594.183
30.9386-0.10180.16330.1601-0.04820.61760.04830.0091-0.08980.0296-0.043-0.03570.02980.0989-0.00530.03520.00230.01360.0368-0.00820.036883.219-11.5740.568
40.54980.01860.05720.4284-0.23140.62580.00940.0466-0.0035-0.0280.01630.006-0.0299-0.0189-0.02570.05470.00390.01790.0448-0.01030.003163.16-0.21330.611
50.7296-0.199-0.06850.31150.26060.33260.03280.05580.0286-0.02060.0013-0.092-0.0563-0.0081-0.03410.0601-0.00210.02270.04150.00060.027962.545-28.208-1.087
60.5933-0.29980.26440.5781-0.02720.53690.07890.1426-0.0319-0.0573-0.0727-0.119-0.00320.0678-0.00620.05380.00670.02580.0654-0.02160.011274.279-5.0126.752
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AE0 - 653 - 68
2X-RAY DIFFRACTION1AE161 - 190164 - 193
3X-RAY DIFFRACTION1AE232 - 245235 - 248
4X-RAY DIFFRACTION2AE66 - 16069 - 163
5X-RAY DIFFRACTION2AE191 - 231194 - 234
6X-RAY DIFFRACTION3BF-1 - 652 - 68
7X-RAY DIFFRACTION3BF161 - 190164 - 193
8X-RAY DIFFRACTION3BF232 - 245235 - 248
9X-RAY DIFFRACTION4BF66 - 16069 - 163
10X-RAY DIFFRACTION4BF191 - 231194 - 234
11X-RAY DIFFRACTION5CA-5 - 42 - 11
12X-RAY DIFFRACTION5DB-5 - 51 - 11
13X-RAY DIFFRACTION6EC-6 - 41 - 11
14X-RAY DIFFRACTION6FD-5 - 51 - 11

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る