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- PDB-2o98: Structure of the 14-3-3 / H+-ATPase plant complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o98
タイトルStructure of the 14-3-3 / H+-ATPase plant complex
要素
  • 14-3-3-like protein C
  • Plasma membrane H+ ATPase
キーワードPROTEIN BINDING / H / ATPase / 14-3-3 / plasma membrane / electrochemical proton gradient / cell turgor / regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


P-type H+-exporting transporter / proton export across plasma membrane / P-type proton-exporting transporter activity / regulation of intracellular pH / protein localization / signal transduction / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #890 / P-type ATPase, subfamily IIIA / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Helix Hairpins / E1-E2 ATPase / 14-3-3 proteins signature 2. ...Helix Hairpins - #890 / P-type ATPase, subfamily IIIA / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Cation-transporting P-type ATPase, N-terminal / Cation transporter/ATPase, N-terminus / Helix Hairpins / E1-E2 ATPase / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FUSICOCCIN / 14-3-3-like protein C / Plasma membrane ATPase 3 / Plasma membrane H+ ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
Nicotiana plumbaginifolia (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ottmann, C. / Weyand, M. / Wittinghofer, A. / Oecking, C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structure of a 14-3-3 coordinated hexamer of the plant plasma membrane H+ -ATPase by combining X-ray crystallography and electron cryomicroscopy
著者: Ottmann, C. / Marco, S. / Jaspert, N. / Marcon, C. / Schauer, N. / Weyand, M. / Vandermeeren, C. / Duby, G. / Boutry, M. / Wittinghofer, A. / Rigaud, J.L. / Oecking, C.
履歴
登録2006年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42021年11月10日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3-like protein C
B: 14-3-3-like protein C
P: Plasma membrane H+ ATPase
Q: Plasma membrane H+ ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4998
ポリマ－66,9464
非ポリマー1,5544
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10660 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area27590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.370, 114.370, 236.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 14-3-3-like protein C / 14-3-3 isoform C / 14-3-3-like protein B


分子量: 27428.959 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-242 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P93343
#2: タンパク質 Plasma membrane H+ ATPase / H-ATPASE PMA2


分子量: 6043.797 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal region / Mutation: T439D,V440I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nicotiana plumbaginifolia (ナス科)
遺伝子: pma2 / プラスミド: pTYB12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q40409, UniProt: Q08436*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-FSC / FUSICOCCIN / フシコクシン


分子量: 680.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H56O12
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.7→103.14 Å / Num. all: 21892 / Num. obs: 21892 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.53 % / Biso Wilson estimate: 54.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 16.48
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 4.05 / Num. unique all: 2216 / Rsym value: 0.504 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化解像度: 2.7→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 21.918 / SU ML: 0.231 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.851 / ESU R Free: 0.347 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26276 1095 5 %RANDOM
Rwork0.17846 ---
obs0.18247 20797 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.612 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4580 0 106 127 4813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224738
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.681.9996407
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.575572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.97224.632231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.14615864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6891536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.22396
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.23274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3570.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3190.272
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2340.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6861.52918
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22224571
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.06832012
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4714.51834
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 79 -
Rwork0.205 1504 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.58730.79680.41953.4341-0.69582.61350.0569-0.0787-0.3074-0.00020.0318-0.08650.10170.1345-0.0887-0.21360.07670.03-0.3761-0.0173-0.18376.171974.0506115.9065
22.9983-0.85961.01813.1568-0.44162.7517-0.01660.7170.0743-0.556-0.0709-0.12940.01330.33910.08750.0302-0.09770.03280.01740.0466-0.2481-5.000191.416286.2053
34.4069-2.0345-0.80172.2826-0.63710.901-0.1207-0.2174-0.18890.12040.05560.31260.2321-0.19910.0652-0.13520.0337-0.0354-0.26190.0241-0.1766-12.454783.8805115.1604
46.5705-0.43960.29833.91760.84616.3626-0.0289-0.0306-0.1034-0.0838-0.10810.1827-0.1785-0.13860.1369-0.1501-0.0057-0.104-0.31430.0828-0.3278-14.008292.8949104.5243
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 2412 - 241
2X-RAY DIFFRACTION2BB4 - 2404 - 240
3X-RAY DIFFRACTION3PC905 - 9561 - 52
4X-RAY DIFFRACTION4QD907 - 9563 - 52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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