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- PDB-2o93: Crystal structure of NFAT bound to the HIV-1 LTR tandem kappaB en... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o93
タイトルCrystal structure of NFAT bound to the HIV-1 LTR tandem kappaB enhancer element
要素
  • (kappaB enhancer element, DNA 25-mer) x 2
  • actor of activated T-cells, cytoplasmic 2
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / IG domain / Protein-DNA complex / double helix / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / transcription factor AP-1 complex / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / myotube cell development / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / calcineurin-NFAT signaling cascade / cartilage development / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / positive regulation of myoblast fusion / Calcineurin activates NFAT ...: / transcription factor AP-1 complex / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / myotube cell development / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / calcineurin-NFAT signaling cascade / cartilage development / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / positive regulation of myoblast fusion / Calcineurin activates NFAT / phosphatase binding / positive regulation of B cell proliferation / 14-3-3 protein binding / cellular response to calcium ion / FCERI mediated Ca+2 mobilization / B cell receptor signaling pathway / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell migration / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / ribonucleoprotein complex / response to xenobiotic stimulus / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear factor of activated T cells (NFAT) / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain ...Nuclear factor of activated T cells (NFAT) / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Bates, D.L. / Chen, L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of NFAT bound to the HIV-1 LTR tandem kappaB enhancer element
著者: Bates, D.L. / Barthel, K.K. / Wu, Y. / Kalhor, R. / Stroud, J.C. / Giffin, M.J. / Chen, L.
履歴
登録2006年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: kappaB enhancer element, DNA 25-mer
B: kappaB enhancer element, DNA 25-mer
L: actor of activated T-cells, cytoplasmic 2
M: actor of activated T-cells, cytoplasmic 2
O: actor of activated T-cells, cytoplasmic 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,0415
ポリマ－118,0415
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9470 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area50290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.691, 95.299, 159.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 kappaB enhancer element, DNA 25-mer


分子量: 7681.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 kappaB enhancer element, DNA 25-mer


分子量: 7677.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 actor of activated T-cells, cytoplasmic 2 / T cell transcription factor NFAT1 / NFAT pre-existing subunit / NF-ATp


分子量: 34226.887 Da / 分子数: 3 / Fragment: RHR domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NFATC2, NFAT1, NFATP / プラスミド: pQE-30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13469

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50mM Hepes pH 7.0, 15mM Magnesium Acetate, 250mM Ammonium Acetate, 7.5% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2Ammonium Acetate11
3Magnesium Acetate11
4Hepes11
5PEG 400012
6Ammonium Acetate12
7Magnesium Acetate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9795 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2002年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→30 Å / Num. obs: 26944 / % possible obs: 97.9 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Χ2: 2.034 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.05-3.160.53822691.89283.5
3.16-3.290.28725791.88296.1
3.29-3.430.30627052.10499.2
3.43-3.620.31327042.05799.9
3.62-3.840.22427242.191100
3.84-4.140.18127392.209100
4.14-4.550.12827262.218100
4.55-5.210.09827642.03100
5.21-6.550.0928001.918100
6.55-300.0529341.71999.8

-
位相決定

Phasing MRMethod rotation: fast direct / Method translation: &STRIP%trans_method

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P7H

1p7h


解像度: 3.05→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 2548 9.2 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.225 25518 91.8 %-
溶媒の処理Bsol: 35.38 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 77.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.37 Å20 Å20 Å2
2--13.387 Å20 Å2
3---3.983 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6847 1019 0 0 7866
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.5851.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it6.2142
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.4282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.5752.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
3.05-3.070.513420.401283325
3.07-3.090.363360.374324360
3.09-3.110.48420.372335377
3.11-3.140.391410.35349390
3.14-3.160.431320.363381413
3.16-3.180.383370.339389426
3.18-3.210.397380.301376414
3.21-3.230.326570.3394451
3.23-3.260.36590.267413472
3.26-3.290.249490.301427476
3.29-3.310.317450.259417462
3.31-3.340.395350.262445480
3.34-3.370.388390.271462501
3.37-3.40.332470.289445492
3.4-3.430.342390.27447486
3.43-3.470.297530.284467520
3.47-3.50.333400.297457497
3.5-3.540.353440.285484528
3.54-3.580.336580.257452510
3.58-3.620.286540.244469523
3.62-3.660.288500.258479529
3.66-3.70.292540.256474528
3.7-3.740.391640.281454518
3.74-3.790.337580.265487545
3.79-3.840.32590.251464523
3.84-3.890.299490.248461510
3.89-3.950.272580.24471529
3.95-4.010.303470.248468515
4.01-4.070.258540.218490544
4.07-4.140.28480.227473521
4.14-4.210.341520.212502554
4.21-4.280.255470.22475522
4.28-4.370.24510.189486537
4.37-4.460.281620.192499561
4.46-4.550.275540.214491545
4.55-4.660.256500.193474524
4.66-4.770.244480.188520568
4.77-4.90.273520.192477529
4.9-5.050.204500.173506556
5.05-5.210.246690.191480549
5.21-5.390.29560.189492548
5.39-5.610.241620.186502564
5.61-5.860.262630.204498561
5.86-6.170.27560.209499555
6.17-6.550.289540.227491545
6.55-7.050.262560.195516572
7.05-7.750.254580.192513571
7.75-8.840.246560.195528584
8.84-11.050.246560.17528584
11.05-300.215680.199556624
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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