[日本語] English
万見
- PDB-2o8r: Crystal Structure of Polyphosphate Kinase from Porphyromonas Ging... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o8r
タイトルCrystal Structure of Polyphosphate Kinase from Porphyromonas Gingivalis
要素Polyphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / KINASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / NYSGRC / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


polyphosphate kinase complex / ATP-polyphosphate phosphotransferase / polyphosphate biosynthetic process / polyphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polyphosphate kinase N-terminal domain / polyphosphate kinase like / Polyphosphate kinase middle domain / Polyphosphate kinase / Polyphosphate kinase middle domain / Polyphosphate kinase N-terminal domain / Polyphosphate kinase C-terminal domain 2 / Polyphosphate kinase middle domain superfamily / Polyphosphate kinase N-terminal domain superfamily / Polyphosphate kinase, C-terminal domain 1 ...Polyphosphate kinase N-terminal domain / polyphosphate kinase like / Polyphosphate kinase middle domain / Polyphosphate kinase / Polyphosphate kinase middle domain / Polyphosphate kinase N-terminal domain / Polyphosphate kinase C-terminal domain 2 / Polyphosphate kinase middle domain superfamily / Polyphosphate kinase N-terminal domain superfamily / Polyphosphate kinase, C-terminal domain 1 / Polyphosphate kinase middle domain / Polyphosphate kinase N-terminal domain / Polyphosphate kinase C-terminal domain 2 / Polyphosphate kinase C-terminal domain 1 / Endonuclease Chain A / Endonuclease; Chain A / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Dickey, M. / Adams, J.M. / Ozyurt, S. / Wasserman, S.R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Polyphosphate Kinase from Porphyromonas Gingivalis
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Dickey, M. / Adams, J.M. / Ozyurt, S. / Wasserman, S.R. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2006年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Polyphosphate kinase
B: Polyphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,18315
ポリマ－165,9342
非ポリマー1,24913
水1,00956
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7300 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area54980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.330, 99.330, 335.061
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B
15A
25B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PHEPHEARGARGAA18 - 16520 - 167
21PHEPHEARGARGBB18 - 16520 - 167
12TYRTYRASNASNAA175 - 300177 - 302
22TYRTYRASNASNBB175 - 300177 - 302
13PROPROGLUGLUAA320 - 403322 - 405
23PROPROGLUGLUBB320 - 403322 - 405
14LEULEUILEILEAA414 - 640416 - 642
24LEULEUILEILEBB414 - 640416 - 642
15ARGARGTHRTHRAA675 - 690677 - 692
25ARGARGTHRTHRBB675 - 690677 - 692

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
詳細likely homo-dimer, the asymmetric unit contains a homodimer

-
要素

#1: タンパク質 Polyphosphate kinase


分子量: 82967.008 Da / 分子数: 2 / 変異: M1L, A635T, A690T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
株: ATCC BAA-308 / W83 / 遺伝子: ppk / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7MTR1, ATP-polyphosphate phosphotransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.8 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.6M MALIC ACID, PH 7.0, 0.5M AMMONIUM SULFATE, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月20日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 51199 / Num. obs: 51199 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 62.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 12.199 / SU ML: 0.249 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.612 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25457 1578 3.1 %RANDOM
Rwork0.1879 ---
all0.19004 49169 --
obs0.19004 49169 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.398 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.82 Å20.41 Å20 Å2
2--0.82 Å20 Å2
3----1.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10331 0 65 56 10452
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02210607
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.98114370
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.14451257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.00322.385520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.929151894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.63915119
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21592
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.027985
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.35091
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.57129
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.5662
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.369
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1890.513
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.30536440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.771410243
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.35344645
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it16.84164120
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11118medium positional0.460.5
2730medium positional0.410.5
3660medium positional0.380.5
41768medium positional0.540.5
5133medium positional0.320.5
11118medium thermal11.7110
2730medium thermal6.1310
3660medium thermal5.710
41768medium thermal10.4510
5133medium thermal6.2310
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.767 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 111 -
Rwork0.294 3537 -
obs-3537 98.33 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る