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- PDB-2o8f: human MutSalpha (MSH2/MSH6) bound to DNA with a single base T insert -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o8f
タイトルhuman MutSalpha (MSH2/MSH6) bound to DNA with a single base T insert
要素
  • (DNA mismatch repair protein ...) x 2
  • 5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3'
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA mismatch repair / DNA damage response / somatic hypermutation / protein-DNA complex / DNA mispair / cancer / ABC transporter ATPase / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / maintenance of DNA repeat elements / B cell mediated immunity ...somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / maintenance of DNA repeat elements / B cell mediated immunity / positive regulation of helicase activity / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / meiotic mismatch repair / centromeric DNA binding / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / isotype switching / mitotic recombination / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / oxidative phosphorylation / postreplication repair / response to UV-B / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / ATP-dependent DNA damage sensor activity / germ cell development / response to X-ray / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / ATP-dependent activity, acting on DNA / mismatch repair / response to UV / protein localization to chromatin / methylated histone binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / B cell differentiation / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / double-strand break repair / spermatogenesis / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / chromatin binding / chromatin / Golgi apparatus / enzyme binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp ...DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV / MutS domain III / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein Msh6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Warren, J.J. / Pohlhaus, T.J. / Changela, A. / Modrich, P.L. / Beese, L.S.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structure of the Human MutSalpha DNA Lesion Recognition Complex.
著者: Warren, J.J. / Pohlhaus, T.J. / Changela, A. / Iyer, R.R. / Modrich, P.L. / Beese, L.S.
履歴
登録2006年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-D(*GP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*C)-3'
A: DNA mismatch repair protein Msh2
B: DNA mismatch repair protein MSH6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,0946
ポリマ－231,6424
非ポリマー4522
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)259.550, 259.550, 259.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-26-

HOH

詳細the crystallographic asymmetric unit contains one biological assembly, which consists of a protein heterodimer (MSH2/MSH6) bound to double-stranded DNA and two ADP molecules

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要素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*G)-3'


分子量: 5214.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*GP*TP*C)-3'


分子量: 5509.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
DNA mismatch repair protein ... , 2種, 2分子 AB

#3: タンパク質 DNA mismatch repair protein Msh2 / MutS protein homolog 2


分子量: 104861.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH2 / プラスミド: pFasBacDual
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P43246
#4: タンパク質 DNA mismatch repair protein MSH6 / MutS-alpha 160 kDa subunit / G/T mismatch-binding protein / GTBP / GTMBP / p160


分子量: 116056.672 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 341-1360 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH6, GTBP / プラスミド: pFasBacDual
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P52701

-
非ポリマー , 3種, 21分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.8 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 11% PEG 8000, 10 mM magnesium sulfate, 100 mM bis-tris-propane, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2magnesium sulfate11
3bis-tris-propane11
4HOH11
5PEG 800012
6magnesium sulfate12
7bis-tris-propane12
8HOH12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→82.077 Å / Num. all: 47220 / Num. obs: 47220 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
3.25-3.335.90.4921.62028234460.49299.8
3.33-3.4360.4751.62019433410.47599.9
3.43-3.536.20.4471.72027332510.447100
3.53-3.636.50.4191.82061731850.419100
3.63-3.756.50.3822018730910.3899.9
3.75-3.886.60.3342.31988330010.334100
3.88-4.036.70.2792.71931028950.279100
4.03-4.26.70.2363.21847827690.23699.9
4.2-4.386.70.1953.81787626780.19599.9
4.38-4.66.70.1674.41719125590.16799.8
4.6-4.846.70.14351637524380.143100
4.84-5.146.80.1325.41582623230.13299.9
5.14-5.4970.1235.81526221900.12399.8
5.49-5.937.10.116.41447220440.1199.7
5.93-6.57.10.0947.41348018870.09499.7
6.5-7.277.10.0818.31214417130.08199.6
7.27-8.396.90.0699.61065415350.06999.5
8.39-10.286.80.05511.4888013020.05599.1
10.28-14.536.80.05112.5689110110.05197.6
14.53-82.085.70.04711.932065610.04792.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
REFMAC5.2.005位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2O8B

2o8b


解像度: 3.25→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 71.626 / SU ML: 0.529 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: tls refinement by domains, isotropic bs are residual values
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.557 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 2373 5 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.246 47000 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 110.542 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13950 711 28 19 14708
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02215021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1982.03320413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.00951748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.55824.472653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.794152597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.8721588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.22296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0210939
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1560.36537
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.510158
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.5596
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1250.355
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1630.55
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1661.59129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.298214111
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.28537003
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.514.56302
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.332 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 180 -
Rwork0.396 3174 -
obs-3354 99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.1865-1.6650.67633.90180.953112.122-0.19390.68740.1896-0.7905-0.0347-0.01350.05220.01270.2285-0.2209-0.14620.046-0.0797-0.0166-0.6984-52.189229.608710.3735
28.55161.0333-0.81563.2171-0.62382.4086-0.1022-0.2165-0.927-0.02920.0061-0.37310.79090.4550.09610.5370.6243-0.0091-0.00110.0577-0.252-38.7416-9.297142.0426
33.49620.880.35925.1529-1.99445.77460.0012-0.57070.33080.6849-0.0414-0.4594-0.46240.63310.0402-0.5851-0.1321-0.1528-0.33560.0061-0.7472-56.420243.824446.1841
47.754-4.56673.60573.1194-1.10124.10790.27710.5585-1.5121-0.48510.06210.10771.10830.8397-0.33910.85130.22650.0264-0.3378-0.16710.2066-65.5639-14.038226.2619
53.9191-0.25490.74677.4345-0.4758.3858-0.1322-0.4589-0.40720.6686-0.0290.18930.6737-0.11990.1613-0.4378-0.0259-0.0283-0.63260.0621-0.8414-77.272620.79145.2485
62.6411-0.37640.23326.77311.61142.72320.14250.2022-0.03760.1688-0.10260.05950.41610.0254-0.0399-0.5975-0.0963-0.0179-0.53360.0487-0.8688-82.969328.453521.8222
75.0371-0.69240.66668.3536-1.70140.4020.10231.20041.0425-1.4660.3368-0.559-0.5330.6661-0.4391-0.2124-0.37010.1259-0.08080.1124-0.2879-52.856459.613226.1964
88.81983.0829-2.47227.5066-2.92845.80650.28610.87021.8148-0.5535-0.34250.3385-0.9533-0.07510.05630.184-0.29650.1972-0.42360.17770.3012-68.100974.40521.7313
98.93040.6585-1.10956.1895-1.80253.5919-0.52230.8409-0.0353-0.60970.2576-1.15460.85820.42970.26460.44870.30190.28240.6368-0.1341-0.1162-24.514813.424712.5146
100.8412.2652-0.76237.5929-1.29061.08060.19660.18350.32490.0611-0.0177-0.84130.1160.7524-0.17890.10460.09220.02160.7-0.01730.2985-20.116628.939735.762
119.7547-5.38870.50387.01860.66252.6367-0.15620.14110.81690.42480.0337-0.7607-0.13970.43960.12250.1581-0.72960.27830.24060.13830.1878-33.612371.087129.8334
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 124
2X-RAY DIFFRACTION2A620 - 855
3X-RAY DIFFRACTION2A935
4X-RAY DIFFRACTION2A936
5X-RAY DIFFRACTION3B362 - 518
6X-RAY DIFFRACTION4B1075 - 1335
7X-RAY DIFFRACTION5B519 - 717
8X-RAY DIFFRACTION6B728 - 933
9X-RAY DIFFRACTION6B1009 - 1074
10X-RAY DIFFRACTION7E1 - 15
11X-RAY DIFFRACTION7F16 - 32
12X-RAY DIFFRACTION8B935 - 1008
13X-RAY DIFFRACTION9A125 - 297
14X-RAY DIFFRACTION10A298 - 456
15X-RAY DIFFRACTION10A554 - 619
16X-RAY DIFFRACTION11A457 - 553

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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