[日本語] English
万見
- PDB-2o8b: human MutSalpha (MSH2/MSH6) bound to ADP and a G T mispair -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o8b
タイトルhuman MutSalpha (MSH2/MSH6) bound to ADP and a G T mispair
要素
  • (DNA mismatch repair protein ...) x 2
  • 5'-D(*CP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*TP*TP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*AP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*G)-3'
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA mismatch repair / DNA damage response / somatic hypermutation / protein-DNA complex / DNA mispair / cancer / ABC transporter ATPase / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / positive regulation of helicase activity / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity ...somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / positive regulation of helicase activity / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity / maintenance of DNA repeat elements / meiotic mismatch repair / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / centromeric DNA binding / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / mitotic recombination / mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / isotype switching / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / oxidative phosphorylation / response to UV-B / postreplication repair / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / ATP-dependent DNA damage sensor activity / germ cell development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / response to X-ray / ATP-dependent activity, acting on DNA / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / mismatch repair / response to UV / : / intrinsic apoptotic signaling pathway / B cell differentiation / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / male gonad development / double-strand break repair / spermatogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / in utero embryonic development / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA repair / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / chromatin / enzyme binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp ...MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 / MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3 - #10 / MutS, connector domain / DNA repair protein MutS, domain I / DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein MutS/MSH / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV / MutS domain III / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein Msh6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Warren, J.J. / Pohlhaus, T.J. / Changela, A. / Modrich, P.L. / Beese, L.S.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structure of the Human MutSalpha DNA Lesion Recognition Complex.
著者: Warren, J.J. / Pohlhaus, T.J. / Changela, A. / Iyer, R.R. / Modrich, P.L. / Beese, L.S.
履歴
登録2006年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: 5'-D(*GP*AP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*TP*TP*C)-3'
A: DNA mismatch repair protein Msh2
B: DNA mismatch repair protein MSH6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,0198
ポリマ－230,1164
非ポリマー9034
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)258.740, 258.740, 258.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-26-

HOH

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 EF

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*AP*CP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*G)-3'


分子量: 4620.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*TP*GP*CP*GP*GP*TP*TP*C)-3'


分子量: 4576.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
DNA mismatch repair protein ... , 2種, 2分子 AB

#3: タンパク質 DNA mismatch repair protein Msh2 / MutS protein homolog 2


分子量: 104861.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH2 / プラスミド: pFasBacDual
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P43246
#4: タンパク質 DNA mismatch repair protein MSH6 / MutS-alpha 160 kDa subunit / G/T mismatch-binding protein / GTBP / GTMBP / p160


分子量: 116056.672 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 341-1360 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH6, GTBP / プラスミド: pFasBacDual
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: P52701

-
非ポリマー , 3種, 47分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 11% PEG 8000, 10 mM magnesium sulfate, 100 mM bis-tris-propane, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 800011
2magnesium sulfate11
3bis-tris-propane11
4HOH11
5PEG 800012
6magnesium sulfate12
7bis-tris-propane12
8HOH12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.0065, 0.9793, 0.9794, 0.9769
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.00651
20.97931
30.97941
40.97691
反射解像度: 2.75→48.047 Å / Num. all: 77245 / Num. obs: 76720 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.75-2.825.60.5041.53084854730.50497.9
2.82-2.970.5051.53808154400.505100
2.9-2.988.60.4931.54575753020.493100
2.98-3.078.90.4671.64622851910.467100
3.07-3.189.30.4191.84642349910.419100
3.18-3.299.60.3562.14674548570.356100
3.29-3.419.90.2862.74627046590.286100
3.41-3.5510.20.2263.24627545360.226100
3.55-3.7110.10.19244388643530.192100
3.71-3.8910.50.1325.84379741550.132100
3.89-4.19.80.1344.63859439520.13499.6
4.1-4.3510.70.0749.44005637610.074100
4.35-4.6510.70.05912.23784035380.059100
4.65-5.0210.60.05712.13540033280.057100
5.02-5.510.50.06111.33235430670.061100
5.5-6.1510.40.06211.22902727930.062100
6.15-7.110.20.05512.42555024960.055100
7.1-8.7100.03815.32128021380.038100
8.7-12.310.10.02525.11718917050.02599.9
12.3-48.058.60.02326.985169850.02397.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.75→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 36.669 / SU ML: 0.336 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS refinement by domain / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.703 / ESU R Free: 0.354 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 3872 5.1 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.245 76483 99.85 %-
all-76598 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 83.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13983 610 56 43 14692
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02214974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4612.02720324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.47851745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.27324.434663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.27152625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9121591
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.22273
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0210936
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.36714
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.510081
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.5704
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.369
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2270.56
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.351.59070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.597214094
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.72536947
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2084.56230
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 265 -
Rwork0.349 5150 -
obs-5415 98.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.2163-1.8398-0.95294.74062.600310.16-0.0670.92460.1949-0.5949-0.03840.0421-0.0769-0.06510.1054-0.2218-0.02920.0313-0.0575-0.1109-0.4451-51.96529.497512.3862
26.47391.9140.74192.73980.00992.01120.2816-0.0117-0.74940.3251-0.2508-0.38710.64820.2317-0.03080.44090.4588-0.12930.02280.0658-0.0802-38.2425-9.263344.0521
32.03260.6410.97873.23330.49823.061-0.1222-0.12890.1290.39560.2778-0.54080.03080.2188-0.1556-0.46570.0869-0.1281-0.4334-0.1108-0.4997-57.549843.872248.0134
45.4749-2.91822.15472.7208-0.62123.6280.26030.3839-1.1157-0.0957-0.12390.1571.35430.6013-0.13640.5830.1527-0.0856-0.3098-0.19580.1065-64.5996-14.520328.2658
53.66690.51340.26796.5401-0.17365.2738-0.0461-0.4065-0.39980.87210.02860.11780.7394-0.29170.0176-0.1527-0.0496-0.0338-0.4036-0.0387-0.6009-77.615120.442646.5666
62.39460.48970.66115.22491.652.7692-0.0470.31210.0646-0.02710.05180.18770.1142-0.0607-0.0048-0.4946-0.0832-0.0137-0.30160.0139-0.5873-82.684327.727222.8142
74.0922-0.22810.04943.9977-0.43862.9821-0.18820.55860.9343-0.93990.3683-0.9915-1.06230.8053-0.1801-0.1205-0.22430.0523-0.1459-0.0024-0.013-51.706860.120232.6784
86.11841.4456-2.71966.1367-0.3185.12290.10340.98831.8092-0.9367-0.19630.5813-1.2637-0.4930.09290.7261-0.2772-0.33410.08430.5010.6558-67.996173.543420.4396
97.18031.3433-0.94636.8997-3.1835.6938-0.33550.3061-0.2561-0.81660.0756-1.26820.67010.7340.25990.31410.37380.2220.4762-0.09540.0921-24.176113.232714.2948
100.51611.304-0.64097.9988-1.75170.79970.29160.12030.20460.3583-0.203-1.0646-0.24440.7346-0.08860.1640.0172-0.06180.61660.08870.3895-20.274329.289336.8501
1112.3633-3.05921.00526.91220.8294.04560.01010.31431.63630.4386-0.2634-0.5124-0.2720.36960.25330.5153-0.47010.26060.20910.02750.4006-34.675671.526229.1605
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 124
2X-RAY DIFFRACTION2A620 - 855
3X-RAY DIFFRACTION2B1
4X-RAY DIFFRACTION2A936
5X-RAY DIFFRACTION3B362 - 518
6X-RAY DIFFRACTION4B1075 - 1335
7X-RAY DIFFRACTION4B2
8X-RAY DIFFRACTION5B519 - 717
9X-RAY DIFFRACTION6B728 - 933
10X-RAY DIFFRACTION6B1009 - 1074
11X-RAY DIFFRACTION7E1 - 15
12X-RAY DIFFRACTION7F16 - 30
13X-RAY DIFFRACTION8B935 - 1008
14X-RAY DIFFRACTION9A125 - 297
15X-RAY DIFFRACTION10A298 - 456
16X-RAY DIFFRACTION10A554 - 619
17X-RAY DIFFRACTION11A457 - 553

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る