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- PDB-2o7q: Crystal Structure of the A. thaliana DHQ-dehydroshikimate-SDH-shi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o7q
タイトルCrystal Structure of the A. thaliana DHQ-dehydroshikimate-SDH-shikimate-NADP(H)
要素Bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TRANSFERASE / Shikimate / NADPH / dehydroshikimate / bifunctional enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / shikimate metabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / embryo development ending in seed dormancy / chloroplast stroma / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process ...shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / shikimate metabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / embryo development ending in seed dormancy / chloroplast stroma / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / chloroplast / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Shikimate dehydrogenase / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / 3-dehydroquinate dehydratase type I / Type I 3-dehydroquinase / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain ...Shikimate dehydrogenase / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / 3-dehydroquinate dehydratase type I / Type I 3-dehydroquinase / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-DEHYDROSHIKIMATE / Bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Christendat, D. / Singh, S.A.
引用ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2007
タイトル: The DHQ-dehydroshikimate-SDH-shikimate-NADP(H) Complex: Insights into Metabolite Transfer in the Shikimate Pathway
著者: Singh, S.A. / Christendat, D.
履歴
登録2006年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7576
ポリマ－57,1211
非ポリマー6365
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,51512
ポリマ－114,2422
非ポリマー1,27310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area5600 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area37720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.611, 96.611, 115.945
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase / E.C.1.1.1.25, E.C.4.2.1.10 / Dehydroquinase-Shikimate Dehydrogenase / DHQ-SDH protein / DHQase-SORase


分子量: 57120.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: contains Dehydroquinate dehydratase (EC 4.2.1.10) and Shikimate dehydrogenase (EC 1.1.1.25)
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
株: Columbia-0 / 遺伝子: EMB3004 / プラスミド: pET28 with C-terminal His tag / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon+
参照: UniProt: Q9SQT8, shikimate dehydrogenase (NADP+), 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DHK / 3-DEHYDROSHIKIMATE


分子量: 174.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.4M potassium sodium tartrate, 2.4M ammonium sulfate, 0.1M tri-sodium citrate dihydrate (pH5.6), 1mM shikimate, 50 mM dehydroquinate soaked in, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9807 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9807 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→30 Å / Num. obs: 51079 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.062

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-3000データ収集
SOLVE位相決定
CNS精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2138 -random
obs0.2593 51079 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.556 Å20 Å20 Å2
2--2.556 Å20 Å2
3----5.112 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3864 0 38 164 4066
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.911.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.8082
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.1032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.0952.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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