PDB-2o7h: Crystal structure of trimeric coiled coil GCN4 leucine zipper

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o7h

タイトル

Crystal structure of trimeric coiled coil GCN4 leucine zipper

要素

General control protein GCN4

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription regulation / Nuclear protein / DNA-binding / Amino-acid biosynthesis / Activator / Trimeric Coiled coil

機能・相同性

機能・相同性情報

Activation of the AP-1 family of transcription factors / protein localization to nuclear periphery / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / response to amino acid starvation / mediator complex binding / amino acid biosynthetic process / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Jawhari, H. / Honnappa, S. / Steinmetz, M.O.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Molecular basis of coiled-coil oligomerization-state specificity
著者: Ciani, B. / Bjelic, S. / Honnappa, S. / Jawhari, H. / Jaussi, R. / Payapilly, A. / Jowitt, T. / Steinmetz, M.O. / Kammerer, R.A.

履歴

登録	2006年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2013年1月16日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2021年11月10日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2o7h.cif.gz	54.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2o7h.ent.gz	41.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o7h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/2o7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/2o7h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gjpC 1zijS 2zta S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ij2-d 1ij0-d 1ij3-d 1ij1-d 1swi-d 6wa0-1 1rb4-d 3k7z-d 3ljm-d 1w5h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (7) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: General control protein GCN4

B: General control protein GCN4

C: General control protein GCN4

D: General control protein GCN4

E: General control protein GCN4

F: General control protein GCN4

25.1 kDa, 6 ポリマー
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1

A: General control protein GCN4

B: General control protein GCN4

C: General control protein GCN4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.5 kDa, 3 ポリマー
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2

D: General control protein GCN4

E: General control protein GCN4

F: General control protein GCN4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.5 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	76.051, 56.256, 54.863
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 129.05, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-59- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	General control protein GCN4 / Amino acid biosynthesis regulatory protein 分子量: 4177.807 Da / 分子数: 6 / 断片: LEUCINE ZIPPER / 変異: E22R, K27E / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: GCN4 / プラスミド: pET 15b-His-Theoredoxin / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03069
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質・ペプチド

General control protein GCN4 / Amino acid biosynthesis regulatory protein

分子量: 4177.807 Da / 分子数: 6 / 断片: LEUCINE ZIPPER / 変異: E22R, K27E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: GCN4 / プラスミド: pET 15b-His-Theoredoxin / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03069

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 30% 2-Proponal, 0.2M Sodium Citrate, 0.1M Sodium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月12日 / 詳細: Osmic mirrors
放射	モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→50 Å / Num. all: 15146 / Num. obs: 15146 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 1.86→1.91 Å / R_merge(I) obs: 0.162 / Mean I/σ(I) obs: 7.59 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ZIJ

1zij

解像度: 1.86→42.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 5.47 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23097	759	5 %	RANDOM
R_work	0.17855	-	-	-
all	0.18128	-	-	-
obs	0.18128	14384	99.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.84 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.22 Å²	0 Å²	0.71 Å²
2-	-	-0.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→42.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1596	0	0	184	1780

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.102	2.009	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.274	5	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.022	24.419	86
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.36	15	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.213	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	845
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.29	0.2	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.189	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.435	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.16	2	956
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.14	3	1496
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.429	4.5	686
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.69	6	626

LS精密化シェル

解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	43	-
R_work	0.172	1039	-
obs	-	-	97.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2396	0.106	-0.1459	0.9279	1.67	3.6002	-0.0359	0.0079	-0.0118	0.0462	0.0287	-0.0251	0.0414	0.053	0.0072	0.0004	0.0016	-0.0047	-0.0128	0.0057	-0.0107	14.6255	-23.3346	3.5827
2	0.6855	-0.2586	-0.8454	0.66	1.0151	1.9044	-0.0159	-0.0431	-0.0443	-0.0211	0.0133	0.0363	-0.0015	-0.0113	0.0026	-0.0057	0.0077	-0.0034	-0.0011	-0.001	-0.0093	5.7346	-25.5241	4.2104
3	0.429	1.0023	0.6875	2.3942	1.8385	2.1351	0.0262	0.0595	0.0454	0.0074	0.0286	0.0035	-0.02	0.0163	-0.0548	-0.0207	-0.0066	-0.0091	-0.0008	-0.0012	-0.002	8.4893	-18.6156	-1.542
4	3.4968	2.0108	-0.3539	1.6566	-0.4921	0.4708	-0.1607	-0.1731	-0.0109	0.2435	0.117	-0.0316	-0.063	-0.0343	0.0437	0.0442	0.0579	0.0309	-0.0155	0.0125	-0.031	14.3228	-36.7549	13.7752
5	2.133	1.3318	0.6551	2.1928	0.0811	0.2802	-0.0884	-0.0126	-0.0994	0.2177	0.1531	0.0641	-0.0468	0.0292	-0.0647	0.0123	0.033	0.0196	0.0005	0.0046	-0.021	18.7925	-44.2838	10.5061
6	2.4757	0.7153	-0.2206	1.1002	-0.3264	0.0969	-0.1407	-0.0746	-0.0777	0.0238	0.0964	0.0304	-0.0687	0.0161	0.0443	0.0019	0.0166	0.0103	-0.0109	0.0018	0.0064	15.4838	-37.8093	4.4732

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 32	2 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 31	4 - 33
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 33	3 - 35
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	0 - 31	2 - 33
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	1 - 31	3 - 33
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	1 - 31	3 - 33

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関連情報:EMDBヘッダ

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