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- PDB-2o73: Structure of OHCU decarboxylase in complex with allantoin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o73
タイトルStructure of OHCU decarboxylase in complex with allantoin
要素OHCU decarboxylase
キーワードLYASE / Decarboxylation / OHCU / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline / HIU / 5-hydroxyisourate
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / urate catabolic process / allantoin metabolic process / purine nucleobase metabolic process / peroxisome
類似検索 - 分子機能
UraD-like / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase, type 1 / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / Oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase superfamily / OHCU decarboxylase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1-(2,5-DIOXO-2,5-DIHYDRO-1H-IMIDAZOL-4-YL)UREA / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Cendron, L. / Berni, R. / Folli, C. / Ramazzina, I. / Percudani, R. / Zanotti, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The structure of 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase provides insights into the mechanism of uric acid degradation.
著者: Cendron, L. / Berni, R. / Folli, C. / Ramazzina, I. / Percudani, R. / Zanotti, G.
履歴
登録2006年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年4月2日Group: Database references
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OHCU decarboxylase
B: OHCU decarboxylase
C: OHCU decarboxylase
D: OHCU decarboxylase
E: OHCU decarboxylase
F: OHCU decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,54812
ポリマ－118,6126
非ポリマー9376
水9,908550
1
A: OHCU decarboxylase
B: OHCU decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8494
ポリマ－39,5372
非ポリマー3122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15120 Å2
手法PISA
2
C: OHCU decarboxylase
D: OHCU decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8494
ポリマ－39,5372
非ポリマー3122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15340 Å2
手法PISA
3
E: OHCU decarboxylase
F: OHCU decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8494
ポリマ－39,5372
非ポリマー3122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.212, 102.212, 103.868
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 2 - 164 / Label seq-ID: 2 - 164

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
詳細The enzyme in solution is a dimer, there are three dimers in the asymmetric unit (AB, CD, EF)

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要素

#1: タンパク質
OHCU decarboxylase / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase


分子量: 19768.645 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: zgc:158663 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A1L259
#2: 化合物
ChemComp-2AL / 1-(2,5-DIOXO-2,5-DIHYDRO-1H-IMIDAZOL-4-YL)UREA / ALLANTOIN


分子量: 156.100 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H4N4O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.41 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 20% (v/v) EtOH, 100mM TrisHCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→88.39 Å / Num. all: 104588 / Num. obs: 104588 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 11935 / % possible all: 72.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2O70

2o70


解像度: 1.8→83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.084 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0.45 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25151 5205 5 %RANDOM
Rwork0.21703 ---
all0.21876 99340 --
obs0.21876 99340 92.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.034 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7895 0 66 550 8511
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0228102
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1991.97710934
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0165986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.30223.846390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.485151478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8941572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.34317
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.55764
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2060.51017
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.366
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2280.523
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.10225155
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.66838071
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.25623273
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.91432863
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A652medium positional0.290.5
2B652medium positional0.190.5
3C652medium positional0.340.5
4D652medium positional0.20.5
5E652medium positional0.210.5
6F652medium positional0.180.5
1A647loose positional0.75
2B647loose positional0.75
3C647loose positional0.815
4D647loose positional0.675
5E647loose positional0.715
6F647loose positional0.755
1A652medium thermal2.362
2B652medium thermal1.392
3C652medium thermal2.732
4D652medium thermal1.182
5E652medium thermal1.82
6F652medium thermal2.522
1A647loose thermal3.3510
2B647loose thermal2.2410
3C647loose thermal4.0810
4D647loose thermal1.9210
5E647loose thermal2.5110
6F647loose thermal3.6810
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 281 -
Rwork0.338 5361 -
obs--68.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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