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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2o73 | ||||||
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タイトル | Structure of OHCU decarboxylase in complex with allantoin | ||||||
要素 | OHCU decarboxylase | ||||||
キーワード | LYASE / Decarboxylation / OHCU / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline / HIU / 5-hydroxyisourate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase activity / 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase / urate catabolic process / allantoin metabolic process / purine nucleobase metabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Cendron, L. / Berni, R. / Folli, C. / Ramazzina, I. / Percudani, R. / Zanotti, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007 タイトル: The structure of 2-oxo-4-hydroxy-4-carboxy-5-ureidoimidazoline decarboxylase provides insights into the mechanism of uric acid degradation. 著者: Cendron, L. / Berni, R. / Folli, C. / Ramazzina, I. / Percudani, R. / Zanotti, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2o73.cif.gz | 214 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2o73.ent.gz | 172.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2o73.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2o73_validation.pdf.gz | 485.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2o73_full_validation.pdf.gz | 500.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2o73_validation.xml.gz | 43.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2o73_validation.cif.gz | 60.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/2o73 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o7/2o73 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 2 - 164 / Label seq-ID: 2 - 164
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詳細 | The enzyme in solution is a dimer, there are three dimers in the asymmetric unit (AB, CD, EF) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19768.645 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: zgc:158663 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A1L259 #2: 化合物 | ChemComp-2AL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.41 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 20% (v/v) EtOH, 100mM TrisHCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→88.39 Å / Num. all: 104588 / Num. obs: 104588 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 11935 / % possible all: 72.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 2O70 解像度: 1.8→83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 3.084 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0.45 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.034 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→83 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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