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- PDB-2o6x: Crystal Structure of ProCathepsin L1 from Fasciola hepatica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o6x
タイトルCrystal Structure of ProCathepsin L1 from Fasciola hepatica
要素Secreted cathepsin L 1
キーワードHYDROLASE / thiol protease / cysteine protease / zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / endopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cathepsin L-like proteinase / Secreted cathepsin L 1
類似検索 - 構成要素
生物種Fasciola hepatica (かんてつ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Brinen, L.S. / Dalton, J.P. / Geiger, S. / Marion, R. / Stack, C.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structural and functional relationships in the virulence-associated cathepsin L proteases of the parasitic liver fluke, Fasciola hepatica.
著者: Stack, C.M. / Caffrey, C.R. / Donnelly, S.M. / Seshaadri, A. / Lowther, J. / Tort, J.F. / Collins, P.R. / Robinson, M.W. / Xu, W. / McKerrow, J.H. / Craik, C.S. / Geiger, S.R. / Marion, R. / ...著者: Stack, C.M. / Caffrey, C.R. / Donnelly, S.M. / Seshaadri, A. / Lowther, J. / Tort, J.F. / Collins, P.R. / Robinson, M.W. / Xu, W. / McKerrow, J.H. / Craik, C.S. / Geiger, S.R. / Marion, R. / Brinen, L.S. / Dalton, J.P.
履歴
登録2006年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Secreted cathepsin L 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1091
ポリマ－35,1091
非ポリマー00
水6,990388
1
A: Secreted cathepsin L 1

A: Secreted cathepsin L 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2182
ポリマ－70,2182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area1570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.271, 105.961, 49.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-526-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Secreted cathepsin L 1 / E.C.3.4.22.15 / procathepsin L1


分子量: 35109.121 Da / 分子数: 1 / 変異: C25G / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: inactive zymogen form / 由来: (組換発現) Fasciola hepatica (かんてつ) / 株: Irish isolate / 遺伝子: CL1 / プラスミド: pPIC9K / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): GS115 / 参照: UniProt: Q7JNQ9, UniProt: Q24940*PLUS, cathepsin L
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.12 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M NaSCN, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11588 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月12日 / 詳細: Si 111 Monochromator
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11588 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→57.26 Å / Num. obs: 59595 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 12.35 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.549 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: POLYSERINE MODEL DERIVED FROM PDB ID 1CS8

1cs8


解像度: 1.4→52.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.965 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.165 2985 5.05 %RANDOM
Rwork0.128 ---
obs0.129 56141 99.7 %-
all-55989 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3---0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→52.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2433 0 0 388 2821
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0212515
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7921.9253406
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3135020
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2735310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.10524.062128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.27815419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5351516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.021961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02541
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2549
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2010.22318
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21745
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.21422
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1850.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2720.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3090.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.320.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.2260.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4591.51937
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8211.5641
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.922422
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3931204
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.884.5981
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.17435814
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.3453391
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.98634605
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 199 -
Rwork0.227 3874 -
obs--94.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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