PDB-2o6u: Crystal structure of the PA5185 protein from Pseudomonas Aerugino...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o6u

タイトル

Crystal structure of the PA5185 protein from Pseudomonas Aeruginosa strain PAO1- new crystal form.

要素

THIOESTERASE

キーワード

HYDROLASE / putative thioesterase / hot-dog fold

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty acyl-CoA hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.01 Å

データ登録者

Chruszcz, M. / Koclega, K.D. / Evdokimova, E. / Cymborowski, M. / Kudritska, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W.

引用

ジャーナル: Cryst.Growth Des. / 年: 2008
タイトル: Function-biased choice of additives for optimization of protein crystallization - the case of the putative thioesterase PA5185 from Pseudomonas aeruginosa PAO1.
著者: Chruszcz, M. / Zimmerman, M.D. / Wang, S. / Koclega, K.D. / Zheng, H. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W.

履歴

登録	2006年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2o6u.cif.gz	66.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2o6u.ent.gz	49.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o6u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2o6u_validation.pdf.gz	435.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2o6u_full_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示
XML形式データ	2o6u_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	2o6u_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/2o6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/2o6u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2av9SC 2o5uC 2o6bC 2o6tC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2av9-1 2o6b-1 2o5u-2 2av9-2 2av9-3 2o6t-2 2xem-d 4ikv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: THIOESTERASE

B: THIOESTERASE

33.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: THIOESTERASE

B: THIOESTERASE

A: THIOESTERASE

B: THIOESTERASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.099, 93.099, 85.734
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 6 - 144 / Label seq-ID: 8 - 146

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	THIOESTERASE 分子量: 16675.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA5185 / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HU04
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月10日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. all: 8614 / Num. obs: 8614 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.086 / R_sym value: 0.072 / Net I/σ(I): 23.4
反射シェル	解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 846 / R_sym value: 0.428 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2AV9

2av9

解像度: 3.01→37.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 35.414 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.376 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. REFMAC 5.2.0019 AND COOT WERE USED FOR REFINEMENT.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23843	408	4.7 %	RANDOM
R_work	0.19471	-	-	-
all	0.19677	8203	-	-
obs	0.19677	8203	97.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.228 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	-0.12 Å²	0 Å²
2-	-	-0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.01→37.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2135	0	0	11	2146

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2187
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.842	1.935	2976
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.061	5	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.055	23.396	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.616	15	315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.988	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.145	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1723
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	942
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.324	0.2	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.165	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.969	1.5	1417
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.496	2	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.046	3	885
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.142	4.5	773
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
556	tight positional	0.07	0.05
498	medium positional	0.39	0.5
556	tight thermal	0.11	0.5
498	medium thermal	0.75	2

LS精密化シェル

解像度: 3.01→3.092 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	31	-
R_work	0.238	614	-
obs	-	-	98.77 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6082	0.2752	0.4545	2.0029	0.245	4.1053	0.0175	-0.284	0.347	0.3059	-0.3126	0.4989	-0.2973	-0.6621	0.2952	0.0699	-0.0081	0.0418	0.2314	-0.1634	0.1738	-39.401	46.679	-6.362
2	2.1759	0.1237	-0.6008	3.8155	-1.2701	4.2073	-0.2155	0.0048	0.4045	0.1372	0.1504	0.3074	-0.3063	-0.2992	0.0651	0.1299	0.0493	-0.0467	-0.0458	0.0064	0.133	-53.666	13.455	14.055

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 144	8 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	6 - 144	8 - 146

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)