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- PDB-2o6k: Crystal structure of UPF0346 from Staphylococcus aureus. Northeas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o6k
タイトルCrystal structure of UPF0346 from Staphylococcus aureus. Northeast Structural Genomics target ZR218.
要素UPF0346 protein MW1311
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / ZR218 / NESG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein of unknown function UPF0346 / YozE SAM-like / YozE SAM-like domain / YozE SAM-like superfamily / YozE SAM-like fold / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
UPF0346 protein MW1311 / UPF0346 protein in crr 3'region
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Benach, J. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Fang, Y. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Baran, M.C. / Acton, T.B. ...Benach, J. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Fang, Y. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of UPF0346 from Staphylococcus aureus. Northeast Structural Genomics target ZR218.
著者: Benach, J. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Fang, Y. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2006年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0346 protein MW1311
B: UPF0346 protein MW1311


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1832
ポリマ－20,1832
非ポリマー00
水1,47782
1
A: UPF0346 protein MW1311


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0921
ポリマ－10,0921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UPF0346 protein MW1311


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0921
ポリマ－10,0921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.223, 52.157, 115.268
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The AU contains the biological unit consisting of subunits A & B.

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要素

#1: タンパク質 UPF0346 protein MW1311


分子量: 10091.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: MW2 / 遺伝子: MW1311 / プラスミド: pet21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q7BEF3, UniProt: Q7A0W3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 300mM NH4F, 50mM MES pH 6.5, 18% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97916, 0.97949, 0.96863
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月22日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979161
20.979491
30.968631
Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2D res high (Å)Num. obs% possible obs
6117.41192480.1041.792.11991299.6
5.9213.81180860.1072.012.12012799.6
5.8312.1883310.1292.472.31529199.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.525099.410.0591.0496.2
3.594.5299.810.0631.1166.4
3.143.5910010.0741.0716.4
2.853.1499.910.0991.1736.3
2.652.8599.610.1251.1626.3
2.492.6510010.1671.1046
2.372.4999.410.2141.2135.9
2.262.3799.510.3967.2645
2.182.269910.3081.7685.7
2.12.1899.910.4151.9875.7
4.525099.520.061.136.3
3.594.5299.920.0641.0376.4
3.143.5910020.0791.1916.4
2.853.1499.920.111.2896.2
2.652.8599.720.1481.2576.1
2.492.6510020.1961.4885.8
2.372.4999.420.2662.1565.7
2.262.3799.420.4978.0414.9
2.182.2698.820.4172.5025.5
2.12.1899.820.5933.1275.5
4.955099.430.071.2456.3
3.934.9599.930.0821.5826.4
3.443.9399.930.0981.5176.4
3.123.4499.930.1191.4996.1
2.93.1299.830.171.7275.9
2.732.910030.2141.7885.8
2.592.7399.530.2922.0475.5
2.482.5999.930.3822.5935.4
2.382.4899.130.5022.8215.3
2.32.3899.330.66310.0274.7
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 19912 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 1.786 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.185.70.41519561.987199.9
2.18-2.265.70.30819981.768199
2.26-2.3750.39619827.264199.5
2.37-2.495.90.21419961.213199.4
2.49-2.6560.16720031.1041100
2.65-2.856.30.12519661.162199.6
2.85-3.146.30.09920061.173199.9
3.14-3.596.40.07420001.0711100
3.59-4.526.40.06319951.116199.8
4.52-506.20.05920101.049199.4

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位相決定

Phasing dmFOM : 0.67 / FOM acentric: 0.69 / FOM centric: 0.58 / 反射: 10146 / Reflection acentric: 8399 / Reflection centric: 1747
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6-19.4910.850.90.77508312196
3.7-60.870.90.7614771131346
3-3.70.820.850.6918351502333
2.6-30.690.710.5717751501274
2.2-2.60.580.60.4128202442378
2.1-2.20.430.460.2217311511220

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE2.08位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→20 Å / FOM work R set: 0.878 / σ(F): 295 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 1771 8.9 %
Rwork0.208 --
obs-18638 93.9 %
溶媒の処理Bsol: 41.674 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 23.196 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.108 Å20 Å20 Å2
2---1.887 Å20 Å2
3---1.778 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1258 0 0 82 1340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4951.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.3172
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.3782
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.6432.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 35

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.1-2.120.313540.24426480
2.12-2.140.285570.219433490
2.14-2.160.26480.217460508
2.16-2.190.27410.226466507
2.19-2.210.253540.196497551
2.21-2.240.284650.211452517
2.24-2.260.252570.202432489
2.26-2.290.211350.198350385
2.29-2.320.288480.317477525
2.32-2.350.328270.209373400
2.35-2.380.307500.228489539
2.38-2.410.234520.214493545
2.41-2.450.323470.243473520
2.45-2.490.219630.229473536
2.49-2.530.178440.214481525
2.53-2.570.316460.229495541
2.57-2.620.232580.222493551
2.62-2.670.172500.193498548
2.67-2.720.222400.216498538
2.72-2.780.256430.241505548
2.78-2.850.194630.222490553
2.85-2.920.227580.213523581
2.92-30.116350.211506541
3-3.090.231450.226504549
3.09-3.190.246490.211516565
3.19-3.30.278480.234514562
3.3-3.430.194410.198510551
3.43-3.590.159610.185515576
3.59-3.770.16660.181500566
3.77-4.010.187590.181490549
4.01-4.310.201590.172496555
4.31-4.740.171590.174506565
4.74-5.420.2490.186512561
5.42-6.780.211460.231512558
6.78-200.197540.189509563
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.par
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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