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- PDB-2o6g: Crystal structure of IRF-3 bound to the interferon-b enhancer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o6g
タイトルCrystal structure of IRF-3 bound to the interferon-b enhancer
要素
  • (interferon-b enhancer) x 2
  • Interferon regulatory factor 3
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


IRF3 mediated activation of type 1 IFN / MDA-5 signaling pathway / macrophage apoptotic process / programmed necrotic cell death / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cGAS/STING signaling pathway ...IRF3 mediated activation of type 1 IFN / MDA-5 signaling pathway / macrophage apoptotic process / programmed necrotic cell death / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / IRF3-mediated induction of type I IFN / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / cGAS/STING signaling pathway / mRNA transcription / signal transduction involved in regulation of gene expression / TRAF6 mediated IRF7 activation / toll-like receptor 4 signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of interferon-alpha production / positive regulation of type I interferon production / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / immune system process / antiviral innate immune response / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of interferon-beta production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / Evasion by RSV of host interferon responses / promoter-specific chromatin binding / ISG15 antiviral mechanism / cellular response to virus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / Interferon alpha/beta signaling / Interferon gamma signaling / sequence-specific double-stranded DNA binding / TRAF3-dependent IRF activation pathway / regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / regulation of apoptotic process / defense response to virus / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / innate immune response / apoptotic process / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / SMAD-like domain superfamily ...Interferon regulatory factor-3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon-regulatory factor 3 / Interferon regulatory factor, conserved site / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain signature. / Interferon regulatory factor transcription factor / interferon regulatory factor / Interferon regulatory factor DNA-binding domain / IRF tryptophan pentad repeat DNA-binding domain profile. / SMAD-like domain superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Interferon regulatory factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Panne, D.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2007
タイトル: An Atomic Model of the Interferon-beta Enhanceosome.
著者: Panne, D. / Maniatis, T. / Harrison, S.C.
履歴
登録2006年12月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: interferon-b enhancer
C: interferon-b enhancer
E: Interferon regulatory factor 3
F: Interferon regulatory factor 3
G: Interferon regulatory factor 3
H: Interferon regulatory factor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7226
ポリマ－91,7226
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.020, 105.320, 353.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: DNA鎖 interferon-b enhancer


分子量: 17844.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 interferon-b enhancer


分子量: 17278.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質
Interferon regulatory factor 3 / IRF-3


分子量: 14149.879 Da / 分子数: 4 / Fragment: DNA binding domain, residues 3-112 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IRF3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14653

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.47 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris, 20% (w/v) PEG 6000, 500 mM NH4OAc, 100 mM NaCl, 5 mM MgCl2, 5% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Tris11
2PEG 600011
3NH4OAc11
4NaCl11
5MgCl211
6glycerol11
7HOH11
8Tris12
9PEG 600012
10NH4OAc12
11NaCl12
12MgCl212
13HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月3日
詳細: bent conical Si-mirror (Rh coating); bent cylindrical Ge(111) monochromator
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 27180 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Χ2: 1.21 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.1-3.215.40.31726931.0687.9
3.21-3.345.30.31626831.12287.6
3.34-3.495.40.2726891.26587.1
3.49-3.685.40.21326881.29587.1
3.68-3.915.40.15927021.37787
3.91-4.215.50.11527141.27887.2
4.21-4.635.40.09327221.22587.7
4.63-5.35.50.07327451.21287.8
5.3-6.675.50.05727811.10587.7
6.67-505.30.03327631.16583.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→30 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 1608 5.1 %
Rwork0.251 --
obs-27205 86.9 %
溶媒の処理Bsol: 47.082 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 132.235 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.102 Å20 Å20 Å2
2--5.16 Å20 Å2
3---4.941 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3620 2331 0 0 5951
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.238
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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