PDB-2o6c: Structure of selenomethionyl rTp34 from Treponema pallidum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o6c

タイトル

Structure of selenomethionyl rTp34 from Treponema pallidum

要素

34 kDa membrane antigen

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PROTEIN BINDING / Ig-fold / syphilis / metal-ion binding / dimer

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Machius, M. / Brautigam, C.A. / Deka, R.K. / Tomchick, D.R. / Lumpkins, S.B. / Norgard, M.V.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the Tp34 (TP0971) lipoprotein of treponema pallidum: implications of its metal-bound state and affinity for human lactoferrin.
著者: Deka, R.K. / Brautigam, C.A. / Tomson, F.L. / Lumpkins, S.B. / Tomchick, D.R. / Machius, M. / Norgard, M.V.

履歴

登録	2006年12月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2o6c.cif.gz	83.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2o6c.ent.gz	62.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o6c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2o6c_validation.pdf.gz	462.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2o6c_full_validation.pdf.gz	465.9 KB	表示
XML形式データ	2o6c_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	2o6c_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/2o6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o6/2o6c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o6dC 2o6eC 2o6fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2o6e-d 4d05-2 4wa0-d 3lzl-d 2o6d-d 1na8-d 6xb1-d 3sne-d 3lzo-d 5rf2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 34 kDa membrane antigen

B: 34 kDa membrane antigen

ヘテロ分子

41.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.410, 66.020, 150.992
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	34 kDa membrane antigen / Pathogen-specific membrane antigen 分子量: 20724.820 Da / 分子数: 2 / 変異: V16G, F17A, S18M, A19G, C20S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Treponema pallidum (梅毒トレポネーマ) 遺伝子: tpd / プラスミド: pProExHTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P19478
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.51 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 2.4 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97943 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月22日
放射	モノクロメーター: Double-crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97943 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→23.53 Å / Num. all: 38808 / Num. obs: 38808 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.3 % / B_iso Wilson estimate: 23.9 Å² / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 39.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3284 / R_sym value: 0.782 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→23.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 4.089 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	3863	10 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.187	38740	99.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.414 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.233 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→23.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2485	0	22	221	2728

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	2632
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.011	1.934	3583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.091	5	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.928	24.82	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.5	15	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.402	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.139	0.2	342
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	2445
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.319	0.2	1717
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.167	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.134	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.302	1.5	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.788	2	2555
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.791	3	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.416	4.5	1028

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.743 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	275	-
R_work	0.305	2344	-
obs	-	2619	93.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4497	0.3241	0.7853	1.2875	0.8214	1.591	-0.0099	-0.0339	0.0082	-0.142	0.0436	0.0097	-0.0209	0.0189	-0.0337	-0.0941	0.0047	-0.0077	-0.0057	-0.0419	-0.0273	10.8892	41.3041	61.4519
2	0.7633	0.8534	0.8336	1.8678	1.7691	1.6773	0.219	-0.1041	-0.1284	0.2225	-0.0041	-0.1067	0.3619	-0.0805	-0.2149	0.0825	-0.0219	-0.1119	-0.0881	0.0028	-0.0582	6.439	14.8969	52.3489

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	28 - 185	32 - 189
2	2	B	B	29 - 185	33 - 189

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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