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万見
- PDB-2o4i: Structure of TREX1 in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o4i
タイトルStructure of TREX1 in complex with DNA
要素
  • 5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*T)-3'
  • Three prime repair exonuclease 1
キーワードHYDROLASE/DNA / TREX1 / exonuclease / DnaQ / DNA complex / WW motif / protein-protein interaction / polyproline binding motif / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / atrial cardiac muscle tissue development / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / T cell antigen processing and presentation ...immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / atrial cardiac muscle tissue development / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding / retrotransposition / oligosaccharyltransferase complex / regulation of lysosome organization / regulation of fatty acid metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / DNA modification / WW domain binding / heart process / MutLalpha complex binding / regulation of protein complex stability / cellular response to hydroxyurea / lymphoid progenitor cell differentiation / regulation of type I interferon production / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / macrophage activation involved in immune response / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of cellular respiration / inflammatory response to antigenic stimulus / DNA catabolic process / regulation of immunoglobulin production / apoptotic cell clearance / regulation of T cell activation / regulation of glycolytic process / DNA duplex unwinding / DNA binding, bending / 3'-5'-DNA exonuclease activity / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / DNA metabolic process / : / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / blood vessel development / nuclear replication fork / cellular response to interferon-beta / heart morphogenesis / response to UV / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / negative regulation of innate immune response / 3'-5' exonuclease activity / DNA damage checkpoint signaling / generation of precursor metabolites and energy / kidney development / determination of adult lifespan / protein-DNA complex / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / cellular response to reactive oxygen species / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / defense response to virus / adaptive immune response / DNA replication / protein stabilization / inflammatory response / immune response / innate immune response / DNA damage response / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Three-prime repair exonuclease 1/2 / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Three-prime repair exonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Brucet, M. / Macias, M.J. / Fita, I. / Celada, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structure of the dimeric exonuclease TREX1 in complex with DNA displays a proline-rich binding site for WW Domains.
著者: Brucet, M. / Querol-Audi, J. / Serra, M. / Ramirez-Espain, X. / Bertlik, K. / Ruiz, L. / Lloberas, J. / Macias, M.J. / Fita, I. / Celada, A.
履歴
登録2006年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*T)-3'
D: 5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*T)-3'
A: Three prime repair exonuclease 1
B: Three prime repair exonuclease 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2944
ポリマ－69,2944
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.758, 80.758, 171.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYGLYGLY3AC9 - 23411 - 236
21GLYGLYGLYGLY3BD9 - 23411 - 236
12DCDCDTDT1CA1001 - 100422 - 25
22DCDCDTDT1DB1001 - 100422 - 25

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*TP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*CP*TP*CP*CP*TP*CP*CP*CP*CP*T)-3'


分子量: 7540.849 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Three prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1


分子量: 27105.941 Da / 分子数: 2 / Fragment: TREX1 exonuclease / Mutation: H195A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trex1 / プラスミド: pETM-10 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q91XB0, exodeoxyribonuclease III

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 2KMME, 0.1M Imidazole, 0.3M lithium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 2KMME11
2Imidazole11
3lithium sulfate11
4H2O11
5PEG 2KMME12
6lithium sulfate12
7H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→25 Å / Num. all: 6708 / Num. obs: 6708 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.156 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル解像度: 3.5→3.58 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 83.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O4G

2o4g


解像度: 3.5→24.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 101.221 / SU ML: 0.671 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.779 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28335 321 4.6 %RANDOM
Rwork0.24333 ---
all0.24516 6402 --
obs0.24516 6402 87.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 96.203 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.41 Å20 Å20 Å2
2---3.41 Å20 Å2
3---6.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→24.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3363 154 0 0 3517
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0223611
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0072.0414948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76735976
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5095432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.81423.475141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.42615564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3371527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.023857
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02652
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1630.2795
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1520.22429
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1620.21749
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.21828
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0960.252
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1220.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1520.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0770.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0351.52837
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.011.5856
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.04423542
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.08531638
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.134.51406
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1270tight positional0.010.05
2C114tight positional0.120.05
1A1579loose positional0.435
1A1270tight thermal0.010.5
2C114tight thermal0.010.5
1A1579loose thermal0.0710
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.589 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 16 -
Rwork0.296 321 -
obs--63.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5884-0.8910.46546.5923-1.10084.73980.14460.22820.6323-0.284-0.2999-0.2276-0.2401-0.15680.1553-0.7797-0.07350.123-0.11370.234-0.314915.648726.84221.5918
27.11920.72730.41765.9671-0.91374.32650.02480.2255-0.632-0.27720.1290.03150.570.2285-0.1538-0.70190.0970.0173-0.19390.1783-0.489714.13340.290625.2059
320.299122.4164-28.126225.1112-32.790647.37050.2014-1.41590.58284.18682.07444.2002-6.0252-2.2784-2.27580.01020.09550.25460.32430.35980.28868.321637.766427.7552
456.538235.4401-20.522895.5164-27.551438.1379-0.98461.3823-3.1185-3.30061.0252-1.87954.3788-1.4526-0.0406-0.26070.1177-0.07010.23970.1025-0.15269.6867-10.25416.2714
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC9 - 23411 - 236
2X-RAY DIFFRACTION2BD9 - 23411 - 236
3X-RAY DIFFRACTION3CA1001 - 100422 - 25
4X-RAY DIFFRACTION4DB1001 - 100422 - 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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