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万見
- PDB-2o4c: Crystal Structure of D-Erythronate-4-phosphate Dehydrogenase Comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o4c
タイトルCrystal Structure of D-Erythronate-4-phosphate Dehydrogenase Complexed with NAD
要素Erythronate-4-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Erythronate-4-phsphate / dehydrogenase / NAD / Tartrate / phosphate ion
機能・相同性
機能・相同性情報


4-phosphoerythronate dehydrogenase / 4-phosphoerythronate dehydrogenase activity / 'de novo' pyridoxal 5'-phosphate biosynthetic process / pyridoxine biosynthetic process / NAD binding / protein dimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Erythronate-4-phosphate dehydrogenase, dimerisation domain / Erythronate-4-phosphate dehydrogenase / Erythronate-4-phosphate dehydrogenase, dimerisation domain / PdxB, dimerisation domain superfamily / Domain of unknown function (DUF3410) / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain ...Erythronate-4-phosphate dehydrogenase, dimerisation domain / Erythronate-4-phosphate dehydrogenase / Erythronate-4-phosphate dehydrogenase, dimerisation domain / PdxB, dimerisation domain superfamily / Domain of unknown function (DUF3410) / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / PHOSPHATE ION / L(+)-TARTARIC ACID / Erythronate-4-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ha, J.Y. / Lee, J.H. / Kim, K.H. / Kim, D.J. / Lee, H.H. / Kim, H.K. / Yoon, H.J. / Suh, S.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of d-Erythronate-4-phosphate Dehydrogenase Complexed with NAD
著者: Ha, J.Y. / Lee, J.H. / Kim, K.H. / Kim, D.J. / Lee, H.H. / Kim, H.K. / Yoon, H.J. / Suh, S.W.
履歴
登録2006年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Erythronate-4-phosphate dehydrogenase
B: Erythronate-4-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,7637
ポリマ－82,0992
非ポリマー1,6645
水3,009167
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5480 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area31160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.914, 101.630, 142.994
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Erythronate-4-phosphate dehydrogenase


分子量: 41049.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA1375, pdxb / プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q9I3W9, 4-phosphoerythronate dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 172分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.25 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.7M ammonium dihydrogen phosphate, 0.4M ammonium tartrate, 0.1M sodium citrate (pH 5.6), 10mM cupric chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A10.97930, 0.97946, 0.95000
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A21
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 2101CCD2004年6月25日mirrors
ADSC QUANTUM 2102CCD2004年6月25日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111) double crystal monochromatorMADMx-ray1
2Si(111) double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.979461
30.951
411
Reflection

D res high: 2.35 Å / D res low: 30 Å

IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2Num. obs% possible obs
114.33449630.0530.845183599.8
214.43453470.0581.055176399.8
3143400920.0560.915168399.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
5.063099.710.0321.119
4.025.0699.910.0360.958
3.514.0210010.0430.997
3.193.5199.910.0540.876
2.963.1999.910.0790.785
2.792.9699.910.1130.738
2.652.7999.910.1640.721
2.532.6599.610.2280.704
2.432.5399.710.310.695
2.352.4399.310.3790.696
5.063099.720.042.099
4.025.0699.920.041.332
3.514.0210020.0461.163
3.193.5199.920.0560.964
2.963.1999.920.0820.875
2.792.9699.920.1160.816
2.652.7999.920.1640.764
2.532.6599.620.2240.727
2.432.5399.820.3050.717
2.352.4399.320.3750.714
5.063099.730.0341.354
4.025.0699.930.0381.092
3.514.0210030.0461.073
3.193.5199.930.0580.942
2.963.1999.830.0840.822
2.792.9699.930.1220.779
2.652.7999.730.1720.742
2.532.6599.830.2380.712
2.432.5399.330.3250.708
2.352.4399.230.3970.693
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 63477 / % possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 0.79 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.442 / Num. unique all: 6245 / Χ2: 0.746 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MADD res high: 2.42 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.47 / 反射: 45888
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.97931.83-4.95
13 wavelength20.97950.98-5.64
13 wavelength30.951.33-3.39
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se38.980.0380.2470.2312.977
2Se40.3590.2870.2070.1392.701
3Se600.5820.3350.1653.296
4Se600.8490.1650.1282.904
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
8.75-500.782296
5.51-8.750.833949
4.3-5.510.794990
3.65-4.30.685823
3.22-3.650.536529
2.91-3.220.377091
2.68-2.910.237418
2.5-2.680.137792
Phasing dmFOM : 0.49 / FOM acentric: 0.49 / FOM centric: 0.58 / 反射: 59175 / Reflection acentric: 54342 / Reflection centric: 4833
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
6.3-35.6440.940.960.8928712233638
3.9-6.30.930.930.87847274431029
3.1-3.90.80.810.74104019472929
2.8-3.10.540.540.48102559513742
2.4-2.80.240.240.251719116209982
2.2-2.40.080.080.0999859472513

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.03位相決定
RESOLVE2.03位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→19.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 6.335 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 5563 10 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.229 55468 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.484 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5772 0 109 167 6048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225996
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1731.9928181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2295758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.97522.09268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.7215914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4371578
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2934
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024610
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.22742
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.24032
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.170.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1120.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5891.53863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9926000
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.28332418
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0734.52181
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 374 -
Rwork0.291 3627 -
obs-4001 99.98 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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