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万見
- PDB-2o3v: Crystal Structure of the Homo sapiens Cytoplasmic Ribosomal Decod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o3v
タイトルCrystal Structure of the Homo sapiens Cytoplasmic Ribosomal Decoding Site complexed with paromamine derivative NB33
要素RNA (5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')
キーワードRNA / aminoglycoside / antibiotics / ribosome / decoding site / Homo sapiens / Eukaryote / cytoplasmic / Translation inhibition / Stop codon readthrough
機能・相同性Chem-N33 / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Kondo, J. / Hainrichson, M. / Nudelman, I. / Shallom-Shezifi, D. / Baasov, T. / Westhof, E.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2007
タイトル: Differential Selectivity of Natural and Synthetic Aminoglycosides towards the Eukaryotic and Prokaryotic Decoding A Sites.
著者: Kondo, J. / Hainrichson, M. / Nudelman, I. / Shallom-Shezifi, D. / Barbieri, C.M. / Pilch, D.S. / Westhof, E. / Baasov, T.
履歴
登録2006年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2253
ポリマ－14,7112
非ポリマー5151
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.620, 41.220, 56.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.320, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*GP*CP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*CP*CP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*C)-3')


分子量: 7355.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#2: 化合物 ChemComp-N33 / (2S,3R,4R,5S,6R)-3-AMINO-4-({[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-AMINO-2-{[(1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-DIAMINO-2,3-DIHYDROXYCYCLOHEXYL]OXY}-5-HYDROXY-6-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL]OXY}METHOXY)-6-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2,5-DIOL


分子量: 514.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H38N4O12
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.37 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: Sodium Cacodylate, Potassium chloride, 2-methyl-2,4-pentanediol, hexammine cobalt chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Sodium Cacodylate11
2Potassium chloride11
32-methyl-2,4-pentanediol11
4hexammine cobalt chloride11
5Potassium chloride12
62-methyl-2,4-pentanediol12
7hexammine cobalt chloride12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9737 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月22日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9737 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→27.73 Å / Num. obs: 3225 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.46 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 11 / Scaling rejects: 85
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
2.8-2.93.590.3622.711443180.9100
2.9-3.023.550.2094.111013100.95100
3.02-3.153.60.137611863280.86100
3.15-3.323.570.1216.411353180.89100
3.32-3.533.580.0988.111913310.92100
3.53-3.83.520.0810.611173161.04100
3.8-4.183.480.0681311643340.8599.7
4.18-4.783.410.05915.811243260.9499.7
4.78-6.013.360.0520.110903201.14100
6.01-27.732.970.03726.410003241.193.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.4SSIdata processing
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→27.73 Å / FOM work R set: 0.66 / σ(F): 3
立体化学のターゲット値: G. Parkinson, J. Vojtechovsky, L. Clowney, A.T. Brunger, H.M. Berman, New Parameters for the Refinement of Nucleic Acid Containing Structures, Acta Cryst. D, 52, 57-64 (1996).
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 286 8.8 %
Rwork0.232 --
obs-2995 92.1 %
溶媒の処理Bsol: 98.047 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 81.814 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.345 Å20 Å23.312 Å2
2--3.709 Å20 Å2
3----12.054 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→27.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 918 35 41 994
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.0312
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.4
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.8-2.920.586430.605349392
2.92-3.070.284390.448329368
3.07-3.260.462380.298364402
3.26-3.50.392380.279366404
3.5-3.840.322420.249353395
3.84-4.350.281390.264354393
4.35-5.340.356340.258367401
5.34-100.442430.318376419
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION2nb22_xplor.paramnb22_xplor.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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