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- PDB-2o3j: Structure of Caenorhabditis Elegans UDP-Glucose Dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o3j
タイトルStructure of Caenorhabditis Elegans UDP-Glucose Dehydrogenase
要素UDP-glucose 6-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / UDP-GLUCOSE DEHYDROGENASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of the active cofactor, UDP-glucuronate / vulval development / egg-laying behavior / UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDP-glucose 6-dehydrogenase activity / : / UDP-glucuronate biosynthetic process / glycosaminoglycan biosynthetic process / embryo development ending in birth or egg hatching / morphogenesis of an epithelium ...Formation of the active cofactor, UDP-glucuronate / vulval development / egg-laying behavior / UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDP-glucose 6-dehydrogenase activity / : / UDP-glucuronate biosynthetic process / glycosaminoglycan biosynthetic process / embryo development ending in birth or egg hatching / morphogenesis of an epithelium / NAD binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-glucose 6-dehydrogenase, eukaryotic type / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, N-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, dimerisation / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, central domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, UDP binding domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, NAD binding domain / UDP binding domain ...UDP-glucose 6-dehydrogenase, eukaryotic type / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, N-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, dimerisation / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, central domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, UDP binding domain / UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family, NAD binding domain / UDP binding domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / 6-phosphogluconate dehydrogenase-like, C-terminal domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UDP-glucose 6-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Zhang, Y. / Zhan, C. / Patskovsky, Y. / Ramagopal, U. / Shi, W. / Toro, R. / Wengerter, B.C. / Milst, S. / Vidal, M. / Burley, S.K. ...Zhang, Y. / Zhan, C. / Patskovsky, Y. / Ramagopal, U. / Shi, W. / Toro, R. / Wengerter, B.C. / Milst, S. / Vidal, M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Caenorhabditis Elegans Udp-Glucose Dehydrogenase
著者: Zhang, Y. / Zhan, C. / Patskovsky, Y. / Ramagopal, U. / Shi, W. / Toro, R. / Wengerter, B.C. / Milstein, S. / Vidal, M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2006年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glucose 6-dehydrogenase
B: UDP-glucose 6-dehydrogenase
C: UDP-glucose 6-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,26512
ポリマ－158,4363
非ポリマー8299
水15,205844
1
A: UDP-glucose 6-dehydrogenase
B: UDP-glucose 6-dehydrogenase
C: UDP-glucose 6-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: UDP-glucose 6-dehydrogenase
B: UDP-glucose 6-dehydrogenase
C: UDP-glucose 6-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,53024
ポリマ－316,8726
非ポリマー1,65818
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area28920 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area101130 Å2
手法PISA
2
A: UDP-glucose 6-dehydrogenase
C: UDP-glucose 6-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1778
ポリマ－105,6242
非ポリマー5536
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
B: UDP-glucose 6-dehydrogenase
ヘテロ分子

B: UDP-glucose 6-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1778
ポリマ－105,6242
非ポリマー5536
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)159.716, 144.092, 92.072
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.24, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 6

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1ASPASPAA3 - 4713 - 471
2PHEPHEBB6 - 4716 - 471
3PHEPHECC6 - 4716 - 471

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要素

#1: タンパク質 UDP-glucose 6-dehydrogenase / UDP-Glc dehydrogenase / UDP-GlcDH / UDPGDH / Squashed vulva protein 4


分子量: 52812.008 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q19905, UDP-glucose 6-dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 844 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.14 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 200 MM MgCl2, 100 MM BIS-TRIS, PH 5.50, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 133254 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 34.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 2.7
反射 シェル解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.73 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique all: 25057 / Rsym value: 0.71 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1DLI

1dli


解像度: 1.88→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.252 / SU ML: 0.126 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26315 4145 3 %RANDOM
Rwork0.20858 ---
obs0.2102 133254 98.17 %-
all-133254 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.475 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.26 Å20 Å2-1.11 Å2
2--1.47 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10719 0 54 844 11617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02211154
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1141.95415148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.53451444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.86624.375480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.826151922
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6681563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21733
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1740.35381
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.57665
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.51321
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1560.3107
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1890.540
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.87427162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.026311332
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.4234460
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.90353785
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3462 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.35
2Bloose positional0.315
3Cloose positional0.335
1Aloose thermal7.3610
2Bloose thermal6.8710
3Cloose thermal9.2610
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.932 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 268 -
Rwork0.316 8345 -
obs--84.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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