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- PDB-2o2j: Mycobacterium tuberculosis tryptophan synthase beta chain dimer (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o2j
タイトルMycobacterium tuberculosis tryptophan synthase beta chain dimer (apoform)
要素Tryptophan synthase beta chain
キーワードLYASE / Amino-acid biosynthesis / Tryptophan biosynthesis / Structural Genomics / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project / XMTB
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tryptophan synthase, beta chain, conserved site / Tryptophan synthase, beta chain / Tryptophan synthase beta chain/beta chain-like / Tryptophan synthase beta chain pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tryptophan synthase beta chain / Tryptophan synthase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Burenkov, G.P. / Kachalova, G.S. / Bartunik, H.D. / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project (XMTB)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure Tryptophan SYNTHASE beta chain dimer from MYCOBACTERIUM Tuberculosis
著者: Kachalova, G.S. / Burenkov, G.P. / I Strizhov, N. / I Svergun, D. / Bartunik, H.D.
履歴
登録2006年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan synthase beta chain
B: Tryptophan synthase beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3882
ポリマ－89,3882
非ポリマー00
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.823, 114.966, 159.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Tryptophan synthase beta chain


分子量: 44694.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: trpB / プラスミド: p6d, pET24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)
参照: UniProt: P66984, UniProt: P9WFX9*PLUS, tryptophan synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes, 2.0 M Ammonium Formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月26日 / 詳細: Au-coated planar; toroidal mirrors
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→30 Å / Num. all: 23336 / Num. obs: 22608 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.56→2.63 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1622 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2O2E

2o2e


解像度: 2.56→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 12.016 / SU ML: 0.266 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.638 / ESU R Free: 0.367 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30376 1224 5.1 %RANDOM
Rwork0.20958 ---
obs0.21441 22608 96.9 %-
all-23335 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.799 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4738 0 0 20 4758
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0390.0224812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.1121.9536511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.0415627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.15723.116215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.83615775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0471546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1930.2737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023676
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.30.22362
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3450.23240
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2170.2233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3250.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3050.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8381.53258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.91324924
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.43331839
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3144.51587
LS精密化 シェル解像度: 2.56→2.626 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 101 -
Rwork0.304 1514 -
obs--93.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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