[日本語] English
万見
- PDB-2o2h: Crystal structure of haloalkane dehalogenase Rv2579 from Mycobact... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o2h
タイトルCrystal structure of haloalkane dehalogenase Rv2579 from Mycobacterium tuberculosis complexed with 1,2-dichloroethane
要素Haloalkane dehalogenase 3
キーワードHYDROLASE / haloalkane dehalogenase / Mycobacterium tuberculosis / Rv2579 / alpha/beta-hydrolase protein / 1 / 2-dichloroethane / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


halogenated hydrocarbon catabolic process / haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / peptidoglycan-based cell wall / hydrolase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 1,2-DICHLOROETHANE / Haloalkane dehalogenase 3 / Haloalkane dehalogenase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Mazumdar, P.A. / Hulecki, J. / Cherney, M.M. / Garen, C.R. / James, M.N.G. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of haloalkane dehalogenase Rv2579 from Mycobacterium tuberculosis complexed with 1,2-dichloroethane
著者: Mazumdar, P.A. / Hulecki, J. / Cherney, M.M. / Garen, C.R. / James, M.N.G.
履歴
登録2006年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9584
ポリマ－33,7641
非ポリマー1933
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.120, 64.460, 134.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-511-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Haloalkane dehalogenase 3


分子量: 33764.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: dhaA / プラスミド: pDEST-15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q50642, UniProt: P9WMR9*PLUS, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-DCE / 1,2-DICHLOROETHANE / ETHYLENE DICHLORIDE / 1,2-ジクロロエタン


分子量: 98.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4Cl2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.2M magnesium acetate, 0.1M Tris, 5% ethylene glycol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979462
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979462 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 35880 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Χ2: 1.215 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.554 / Mean I/σ(I) obs: 3.28 / Num. unique all: 3548 / Χ2: 1.197 / % possible all: 99.9

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å31.06 Å
Translation3.5 Å31.06 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1MJ5

1mj5


解像度: 1.6→30.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.359 / SU ML: 0.048 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.173 1794 5 %RANDOM
Rwork0.143 ---
obs0.145 35833 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.701 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2327 0 9 233 2569
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222411
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021665
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9421.9473276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09334013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3695293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.23622.906117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.70315371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2891522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2150.21783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.21176
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21235
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3030.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3590.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2130.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4121.51588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.41.5592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8122362
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.75631056
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0234.5914
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 125 -
Rwork0.177 2473 -
obs-2598 99.58 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る