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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2o11 | ||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis Chorismate synthase | ||||||
![]() | Chorismate synthase | ||||||
![]() | LYASE / Shikimate pathway / M. tuberculosis / Chorismate synthase | ||||||
機能・相同性 | ![]() chorismate synthase / chorismate synthase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NAD binding / FMN binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bruning, M. / Bartunik, H.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Complexes of Chorismate synthase from M. tuberculosis 著者: Bruning, M. / Bourenkov, G.P. / Strizhov, N.I. / Bartunik, H.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 101.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 456.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42673.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: aroF / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P63611, UniProt: P9WPY1*PLUS, chorismate synthase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-TRS / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.52 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 4.8 M NH4-Acetate, 0.1 M Na-Acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月26日 / 詳細: Au-coated planar; toroidal mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 101009 / Num. obs: 100281 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 20.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.67 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 3955 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.924 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.71 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
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