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万見
- PDB-2o0y: Crystal structure of putative transcriptional regulator RHA1_ro06... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o0y
タイトルCrystal structure of putative transcriptional regulator RHA1_ro06953 (IclR-family) from Rhodococcus sp.
要素Transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR / Iclr-Family / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix isocitrate lyase regulation / IclR helix-turn-helix domain / Transcription regulator IclR, N-terminal / Transcription regulator IclR, C-terminal / : / Bacterial transcriptional regulator IclR C-terminal / IclR-type HTH domain profile. / IclR effector binding domain profile. / GAF domain / GAF-like domain superfamily ...helix_turn_helix isocitrate lyase regulation / IclR helix-turn-helix domain / Transcription regulator IclR, N-terminal / Transcription regulator IclR, C-terminal / : / Bacterial transcriptional regulator IclR C-terminal / IclR-type HTH domain profile. / IclR effector binding domain profile. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Chruszcz, M. / Wang, S. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Putative Transcriptional Regul 2 Rha1_Ro06953(Iclr-Family) from Rhodococcus Sp.
著者: Chruszcz, M. / Wang, S. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Minor, W.
履歴
登録2006年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
B: Transcriptional regulator
C: Transcriptional regulator
D: Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7774
ポリマ－111,7774
非ポリマー00
水8,647480
1
A: Transcriptional regulator
B: Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8892
ポリマ－55,8892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area21950 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional regulator
D: Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8892
ポリマ－55,8892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area23180 Å2
手法PISA
3
A: Transcriptional regulator
B: Transcriptional regulator

C: Transcriptional regulator
D: Transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7774
ポリマ－111,7774
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area11460 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area41950 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10320 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area43090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.247, 69.027, 79.214
Angle α, β, γ (deg.)74.88, 71.47, 68.87
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator


分子量: 27944.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 遺伝子: RHA00472 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RP / 参照: UniProt: Q0S167
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG3350 25%, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97904 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 75273 / Num. obs: 73258 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 36
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 6874 / Rsym value: 0.228 / % possible all: 91.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
直接法位相決定
MLPHARE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
Oモデル構築
Cootモデル構築
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→36.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 6.304 / SU ML: 0.107 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23384 3697 5.1 %RANDOM
Rwork0.18224 ---
obs0.18482 69510 100 %-
all-69510 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.931 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20.44 Å20.11 Å2
2---1.01 Å2-0.07 Å2
3---0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→36.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7357 0 0 480 7837
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0227576
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6171.98310352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.13351010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.74421.767283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.08151184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3211582
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21233
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.23583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.25338
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2477
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3351.55110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54128004
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.92632762
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.044.52341
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 226 -
Rwork0.19 4725 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.29480.75390.90315.98471.76611.89690.206-0.8214-0.6340.9581-0.32640.4370.7278-0.2480.12040.023-0.07830.0703-0.0460.1014-0.032423.36463.441579.9827
22.4336-0.6043-0.05961.91680.26691.94080.0234-0.03670.29850.11610.0418-0.2298-0.0607-0.0657-0.0652-0.1650.0035-0.0261-0.1183-0.0011-0.074850.455522.633979.475
34.8146-0.0928-0.49083.5146-0.42121.69280.0749-0.43680.34160.0964-0.080.2648-0.09750.01880.0051-0.1644-0.0003-0.016-0.0802-0.0655-0.086220.26824.471678.9551
41.7219-0.3495-0.26642.91630.3752.55480.12680.11570.2267-0.2371-0.1107-0.2338-0.3627-0.0142-0.01620.0043-0.00580.0152-0.0553-0.0063-0.116234.341512.031743.6072
54.60633.1728-2.17826.7392-3.75345.62870.3170.17780.8420.4380.77711.6282-0.5611-0.7506-1.0941-0.05710.07740.1261-0.03180.21090.298954.713241.525156.5702
61.7521-0.07110.2093.28790.17982.98490.1091-0.04590.0882-0.4084-0.1914-0.43060.07190.29840.0823-0.01250.03010.05840.01950.0616-0.050276.742850.175533.3964
72.9760.9817-1.2925.7857-1.37453.7451-0.3370.3146-0.6026-0.33670.2349-0.23320.5758-0.24920.10210.1047-0.0045-0.0224-0.0434-0.04020.012468.227127.287451.4566
81.82680.08490.08515.84990.84370.8781-0.03010.0846-0.1114-0.12010.001-0.32410.0764-0.0020.0291-0.07860.0006-0.0185-0.1266-0.018-0.086482.586555.203473.9418
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA18 - 7818 - 78
2X-RAY DIFFRACTION2AA97 - 25997 - 259
3X-RAY DIFFRACTION3BB18 - 7818 - 78
4X-RAY DIFFRACTION4BB97 - 26097 - 260
5X-RAY DIFFRACTION5CC18 - 7818 - 78
6X-RAY DIFFRACTION6CC97 - 26097 - 260
7X-RAY DIFFRACTION7DD18 - 7818 - 78
8X-RAY DIFFRACTION8DD97 - 26097 - 260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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