PDB-2o0x: Mycobacterium tuberculosis epsp synthase in complex with intermediate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2o0x

タイトル

Mycobacterium tuberculosis epsp synthase in complex with intermediate

要素

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / SHIKIMATE PATHWAY / EPSP SYNTHASE / M.TUBERCULOSIS / Structural Genomics / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project / XMTB

機能・相同性

機能・相同性情報

3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / Chorismate via Shikimate Pathway / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Kachalova, G.S. / Bartunik, H.D. / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project (XMTB)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Complexes of 3-PHOSPHOSHIKIMATE 1-CARBOXYVINYLTRANSFERASE
著者: Kachalova, G.S. / Burenkov, G.P. / Strizhov, N.I. / Brunning, M.G. / Bartunik, H.D.

履歴

登録	2006年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2o0x.cif.gz	114.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2o0x.ent.gz	85 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2o0x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/2o0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/2o0x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o0dSC 2o0eC 2o0zC 2o15C 2bjb 2o0b S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sg1-4 3swq-d 6q0a-d 3kqj-d 3sg1-3 4j2w-2 3iss-9 3sg1-1 4eii-d 3gyg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: rv3227

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (10) #124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase

ヘテロ分子

47.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.729, 73.104, 128.579
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate synthase / EPSP synthase / EPSPS 分子量: 46473.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: aroA / プラスミド: p7b, pET24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) 参照: UniProt: P22487, UniProt: P9WPY5*PLUS, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-SKP / 5-(1-CARBOXY-1-PHOSPHONOOXY-ETHOXYL)-4-HYDROXY-3-PHOSPHONOOXY-CYCLOHEX-1-ENECARBOXYLIC ACID / 5-(1-CARBOXY-1-PHOSPHONOOXY-ETHOXYL)-SHIKIMATE-3-PHOSPHATE / (3R)-3β-(ホスホノオキシ)-4β-ヒドロキシ-5α-[(S)-1-カルボキシ-1-(ホスホノオキシ)エトキシ](以下略) 分子量: 422.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆O₁₄P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 662 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.2M Ammonium sulfate ; 30%PEG 6000; 5mM S3P, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月25日 / 詳細: Au-coated planar; toroidal mirrors
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 28183 / Num. obs: 27055 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 24.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1104 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
SHELX	モデル構築
SHELXL-97	精密化
MAR345	データ収集
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
SHELX	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2O0D

2o0d

解像度: 1.96→10 Å / Num. parameters: 15858 / Num. restraintsaints: 14301 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.119	-	-
all	0.1481	26807	-
obs	-	25493	95.1 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.9 Å²

Refine analyze

Num. disordered residues: 63 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 3698.8

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3284	0	36	680	4000

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	s_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	s_angle_d	0.024
X-RAY DIFFRACTION	s_similar_dist	0.003
X-RAY DIFFRACTION	s_from_restr_planes	0.0253
X-RAY DIFFRACTION	s_zero_chiral_vol	0.032
X-RAY DIFFRACTION	s_non_zero_chiral_vol	0.04
X-RAY DIFFRACTION	s_anti_bump_dis_restr	0.008
X-RAY DIFFRACTION	s_rigid_bond_adp_cmpnt	0
X-RAY DIFFRACTION	s_similar_adp_cmpnt	0.083
X-RAY DIFFRACTION	s_approx_iso_adps	0

LS精密化シェル

解像度: 1.96→1.98 Å /

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.192	-	-
obs	-	729	82 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)