PDB-2nzj: The crystal structure of REM1 in complex with GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nzj

タイトル

The crystal structure of REM1 in complex with GDP

要素

GTP-binding protein REM 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / REM1 / GDP/GTP binding / GTP hydrolysis / Rad and Gem like GTP binding protein 1 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / calcium channel regulator activity / calmodulin binding / GTPase activity / GTP binding / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Turnbull, A.P. / Papagrigoriou, E. / Ugochukwu, E. / Elkins, J.M. / Soundararajan, M. / Yang, X. / Gorrec, F. / Umeano, C. / Salah, E. / Burgess, N. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of REM1 in complex with GDP
著者: Turnbull, A.P. / Papagrigoriou, E. / Ugochukwu, E. / Elkins, J.M. / Soundararajan, M. / Yang, X. / Gorrec, F. / Umeano, C. / Salah, E. / Burgess, N. / Johansson, C. / Berridge, G. / Gileadi, ...

履歴

登録	2006年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nzj.cif.gz	136.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nzj.ent.gz	105.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nzj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nzj_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nzj_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	2nzj_validation.xml.gz	25.1 KB	表示
CIF形式データ	2nzj_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/2nzj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/2nzj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2dpxS 2g3yS 2gjsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rwo-1 1r2q-d 1j85-d 2bme-4 5xr6-2 2gf9-d 5h84-d 6fa3-4 6p0j-d 5w8m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: GTP-binding protein REM 1

B: GTP-binding protein REM 1

C: GTP-binding protein REM 1

D: GTP-binding protein REM 1

ヘテロ分子

79.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GTP-binding protein REM 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GTP-binding protein REM 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: GTP-binding protein REM 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: GTP-binding protein REM 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

A: GTP-binding protein REM 1

ヘテロ分子

C: GTP-binding protein REM 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
40 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.640, 102.284, 165.565
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	TYR	TYR	ALA	ALA	A	A	81 - 101	5 - 25
2	1	1	TYR	TYR	ALA	ALA	B	B	81 - 101	5 - 25
3	1	1	TYR	TYR	ALA	ALA	C	C	81 - 101	5 - 25
4	1	1	TYR	TYR	ALA	ALA	D	D	81 - 101	5 - 25
5	2	1	TYR	TYR	TRP	TRP	A	A	117 - 136	41 - 60
6	2	1	TYR	TYR	TRP	TRP	B	B	117 - 136	41 - 60
7	2	1	TYR	TYR	TRP	TRP	C	C	117 - 136	41 - 60
8	2	1	TYR	TYR	TRP	TRP	D	D	117 - 136	41 - 60
9	3	1	GLY	GLY	GLU	GLU	A	A	154 - 170	78 - 94
10	3	1	GLY	GLY	GLU	GLU	B	B	154 - 170	78 - 94
11	3	1	GLY	GLY	GLU	GLU	C	C	154 - 170	78 - 94
12	3	1	GLY	GLY	GLU	GLU	D	D	154 - 170	78 - 94
13	4	1	PRO	PRO	LEU	LEU	A	A	189 - 199	113 - 123
14	4	1	PRO	PRO	LEU	LEU	B	B	189 - 199	113 - 123
15	4	1	PRO	PRO	LEU	LEU	C	C	189 - 199	113 - 123
16	4	1	PRO	PRO	LEU	LEU	D	D	189 - 199	113 - 123
17	5	1	LYS	LYS	ARG	ARG	A	A	220 - 244	144 - 168
18	5	1	LYS	LYS	ARG	ARG	B	B	220 - 244	144 - 168
19	5	1	LYS	LYS	ARG	ARG	C	C	220 - 244	144 - 168
20	5	1	LYS	LYS	ARG	ARG	D	D	220 - 244	144 - 168
1	1	2	THR	THR	VAL	VAL	C	C	182 - 188	106 - 112
2	1	2	THR	THR	VAL	VAL	D	D	182 - 188	106 - 112

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	GTP-binding protein REM 1 / Rad and Gem-like GTP-binding protein 1 / GTPase-regulating endothelial cell sprouting 分子量: 19494.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REM1, GES, REM / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3/Rosetta / 参照: UniProt: O75628
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.08 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7 詳細: 34 % (w/v) PEG3350, 0.26M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.999
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月23日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 25510 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 %
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entries 2G3Y, 2GJS, 2DPX

2g3y

2gjs

2dpx

解像度: 2.5→29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 21.523 / SU ML: 0.243 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.564 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27988	1284	5 %	RANDOM
R_work	0.2246	-	-	-
all	0.22728	24187	-	-
obs	0.22728	24187	97.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.796 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4651	0	118	16	4785

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	4827
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3087
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.359	1.987	6572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.925	3	7489
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.662	5	616
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.775	22.796	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.922	15	743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.082	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	795
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	864
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	3126
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	2336
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	2588
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.121	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.156	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.237	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.147	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.499	1.5	3156
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.094	1.5	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.88	2	4913
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.213	3	1928
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.887	4.5	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	554	tight positional	0.04	0.05
1	2	B	554	tight positional	0.04	0.05
1	3	C	554	tight positional	0.04	0.05
1	4	D	554	tight positional	0.04	0.05
2	1	C	42	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	631	medium positional	0.24	0.5
1	2	B	631	medium positional	0.33	0.5
1	3	C	631	medium positional	0.25	0.5
1	4	D	631	medium positional	0.28	0.5
2	1	C	30	medium positional	0.61	0.5
1	1	A	554	tight thermal	0.07	0.5
1	2	B	554	tight thermal	0.08	0.5
1	3	C	554	tight thermal	0.08	0.5
1	4	D	554	tight thermal	0.07	0.5
2	1	C	42	tight thermal	0.07	0.5
1	1	A	631	medium thermal	0.38	2
1	2	B	631	medium thermal	0.41	2
1	3	C	631	medium thermal	0.41	2
1	4	D	631	medium thermal	0.38	2
2	1	C	30	medium thermal	0.26	2

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.58 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	99	-
R_work	0.305	1653	-
obs	-	-	92.02 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7754	3.0356	-1.476	3.3211	-1.6448	1.775	-0.0443	-0.3524	0.0471	0.2036	0.0265	0.1761	0.0678	0.0209	0.0178	0.1769	-0.0062	-0.039	0.1386	-0.0161	0.1929	-20.1213	8.5536	-19.7061
2	2.2222	2.0888	-1.7439	2.4599	-0.9598	2.2981	-0.1169	-0.1458	-0.1781	-0.3044	0.0614	0.0933	0.3039	-0.003	0.0554	0.3825	-0.001	-0.0263	0.2012	-0.0141	0.3623	-20.1698	8.1241	-24.7781
3	3.4588	0.7661	-1.1514	3.1918	-0.9848	4.3591	-0.1116	0.2132	0.181	-0.4498	0.1531	0.2218	0.2238	-0.0714	-0.0414	0.0694	-0.0224	-0.004	-0.0424	-0.0036	0.0908	-16.2002	17.199	-30.0004
4	3.7792	-4.1289	-0.4254	5.7782	1.4596	0.8289	0.2157	0.6322	-0.2884	-0.7467	-0.289	-0.2099	0.0165	0.1736	0.0733	0.2882	-0.0163	0.0487	0.216	0.0008	0.216	-1.3818	7.5387	-67.1037
5	3.6171	-1.3509	-2.1528	2.1298	0.4489	1.5704	-0.1924	0.1203	-0.5552	0.1231	-0.0322	-0.1023	0.2304	0.0022	0.2247	0.4063	-0.0145	0.0299	0.2395	-0.0238	0.3924	-2.1876	8.1494	-59.7147
6	3.7546	-1.0868	-1.3302	3.5573	0.0921	3.6518	-0.0197	-0.405	0.0862	0.2485	0.0914	-0.2041	0.1725	0.2141	-0.0717	0.0929	-0.0182	0.024	-0.0555	-0.0382	0.0892	-5.8694	17.1766	-54.4655
7	1.4026	0.3464	0.7766	4.9497	-0.9212	0.845	-0.0792	-0.2707	-0.1968	0.6383	0.2183	-0.1282	-0.0603	-0.1695	-0.1391	0.2388	0.031	-0.0029	0.2343	-0.0487	0.2093	-7.2705	35.8734	-60.16
8	0.1957	-0.8272	-0.3818	5.6515	0.2786	1.5731	-0.0522	0.0968	-0.276	0.1121	0.0391	-0.3434	0.1823	0.2056	0.0131	0.391	0.0298	-0.0497	0.2751	0.0085	0.3303	-7.0816	36.017	-65.5464
9	3.8344	1.6996	-0.4913	7.5708	0.8024	2.7945	-0.1158	0.2446	0.0946	-0.5997	0.0697	0.2609	0.05	0.0817	0.0461	0.1258	0.0319	-0.0183	-0.012	0.0599	0.0432	-10.8628	45.3423	-70.613
10	6.0176	-3.5267	1.4627	7.3054	-0.4565	4.3383	0.5568	0.1222	-0.233	-1.0308	-0.1449	0.1356	0.3779	-0.0915	-0.4119	0.3604	-0.063	-0.1139	0.1882	0.0145	0.1801	-13.7117	36.2788	-20.8268
11	0.5537	-0.7056	-0.8693	8.1265	-0.6399	2.7155	-0.0695	0.0564	-0.2993	-0.4363	-0.0925	0.2665	0.2587	-0.2184	0.1619	0.4299	-0.0396	-0.0224	0.2966	-0.0165	0.3117	-13.9869	35.5745	-17.1984
12	4.0189	-2.7086	-0.724	10.4685	-1.7964	3.5848	-0.1408	-0.2296	0.2003	0.7089	0.2771	-0.4495	0.0059	-0.2642	-0.1362	0.1506	-0.0323	-0.0615	0.0037	-0.0471	0.0281	-11.4911	44.6339	-10.9189

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 110	2 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	111 - 172	35 - 96
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	173 - 248	97 - 172
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	0 - 111	2 - 35
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	112 - 171	36 - 95
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	172 - 248	96 - 172
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	0 - 111	2 - 35
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	112 - 171	36 - 95
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	172 - 247	96 - 171
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	0 - 111	2 - 35
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	D	112 - 170	36 - 94
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	171 - 246	95 - 170

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)