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- PDB-2nz0: Crystal structure of potassium channel Kv4.3 in complex with its ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nz0
タイトルCrystal structure of potassium channel Kv4.3 in complex with its regulatory subunit KChIP1
要素
  • Kv channel-interacting protein 1
  • Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Kv4.3 / KChIP1
機能・相同性
機能・相同性情報


ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / A-type (transient outward) potassium channel activity / Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / potassium ion export across plasma membrane / membrane repolarization / Voltage gated Potassium channels / regulation of potassium ion transmembrane transport / postsynaptic specialization membrane ...ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / A-type (transient outward) potassium channel activity / Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / membrane repolarization during ventricular cardiac muscle cell action potential / membrane repolarization during cardiac muscle cell action potential / potassium ion export across plasma membrane / membrane repolarization / Voltage gated Potassium channels / regulation of potassium ion transmembrane transport / postsynaptic specialization membrane / regulation of heart rate by cardiac conduction / voltage-gated potassium channel activity / action potential / potassium channel activity / potassium channel regulator activity / GABA-ergic synapse / voltage-gated potassium channel complex / potassium ion transport / protein homooligomerization / cytoplasmic side of plasma membrane / sarcolemma / postsynaptic membrane / transmembrane transporter binding / dendritic spine / neuronal cell body / dendrite / calcium ion binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, voltage dependent, Kv4.3 / Potassium channel, voltage dependent, Kv4 / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Potassium channel, voltage dependent, Kv4, C-terminal / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3399) / Recoverin family / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain ...Potassium channel, voltage dependent, Kv4.3 / Potassium channel, voltage dependent, Kv4 / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Potassium channel, voltage dependent, Kv4, C-terminal / Shal-type voltage-gated potassium channels, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3399) / Recoverin family / Potassium channel, voltage dependent, Kv / Potassium channel tetramerisation-type BTB domain / BTB/POZ domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / EF-hand domain pair / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / Voltage-dependent channel domain superfamily / EF-hand / Recoverin; domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Ion transport domain / Ion transport protein / EF-hand domain pair / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
A-type potassium channel modulatory protein KCNIP1 / A-type voltage-gated potassium channel KCND3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wang, H. / Yan, Y. / Shen, Y. / Chen, L. / Wang, K.
引用ジャーナル: Nat.Neurosci. / 年: 2007
タイトル: Structural basis for modulation of Kv4 K(+) channels by auxiliary KChIP subunits.
著者: Wang, H. / Yan, Y. / Liu, Q. / Huang, Y. / Shen, Y. / Chen, L. / Chen, Y. / Yang, Q. / Hao, Q. / Wang, K. / Chai, J.
履歴
登録2006年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct.title / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kv channel-interacting protein 1
B: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
C: Kv channel-interacting protein 1
D: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,74810
ポリマ－75,4574
非ポリマー2916
水00
1
A: Kv channel-interacting protein 1
B: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
C: Kv channel-interacting protein 1
D: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
ヘテロ分子

A: Kv channel-interacting protein 1
B: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
C: Kv channel-interacting protein 1
D: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,49720
ポリマ－150,9148
非ポリマー58212
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
Buried area24390 Å2
ΔGint-368 kcal/mol
Surface area57550 Å2
手法PISA
2
A: Kv channel-interacting protein 1
B: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
C: Kv channel-interacting protein 1
D: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
ヘテロ分子

A: Kv channel-interacting protein 1
B: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
C: Kv channel-interacting protein 1
D: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
ヘテロ分子

A: Kv channel-interacting protein 1
B: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
C: Kv channel-interacting protein 1
D: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
ヘテロ分子

A: Kv channel-interacting protein 1
B: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
C: Kv channel-interacting protein 1
D: Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,99340
ポリマ－301,82916
非ポリマー1,16524
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)112.186, 112.213, 141.051
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細The biological assembly is a heteroctamer generated from the heterodimer of Kv4.3 and KChIP1 (A and B molecules) in the asymmetric unit by the operations: -X, -Y, Z as well as the heterodimer of Kv4.3 and KChIP1 (C and D molecules) by the operations: -X+1/2, Y+1/2, -Z+1/2 and X+1/2, -Y+1/2, -Z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Kv channel-interacting protein 1 / KChIP1 / A-type potassium channel modulatory protein 1 / Potassium channel-interacting protein 1 / ...KChIP1 / A-type potassium channel modulatory protein 1 / Potassium channel-interacting protein 1 / Vesicle APC-binding protein


分子量: 21147.908 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal deletion domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KChIP1 / プラスミド: pET30A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NZI2
#2: タンパク質 Potassium voltage-gated channel subfamily D member 3 / Voltage-gated potassium channel subunit Kv4.3


分子量: 16580.711 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (residues 6-145) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: K-12 / 遺伝子: Kv4.3 / プラスミド: pET30A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UK17
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.68 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 2.0 M NaH2PO4/K2HPO4, 0.2 M Li2SO4 and 0.1 M CAPS, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 1
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月9日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→99 Å / Num. all: 15065 / Num. obs: 14680 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.489 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 67.057 / SU ML: 0.538 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.628 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31015 1114 7.6 %RANDOM
Rwork0.26082 ---
obs0.26458 13587 97.92 %-
all-13547 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 124.965 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.39 Å20 Å20 Å2
2--2.39 Å20 Å2
3----5.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5078 0 6 0 5084
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225204
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8791.9487030
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7995606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.01824.097288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.78615896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4161536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1740.22365
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.23623
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1120.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3570.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.330.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4431.53129
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.79124936
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.82232353
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3974.52094
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.371 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 176 -
Rwork0.347 1911 -
obs--98.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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