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- PDB-2nye: Crystal structure of the Bateman2 domain of yeast Snf4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nye
タイトルCrystal structure of the Bateman2 domain of yeast Snf4
要素Nuclear protein SNF4
キーワードPROTEIN BINDING / bateman2 domain / amp kinase / snf4
機能・相同性
機能・相同性情報


AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / regulation of cellular response to glucose starvation / regulation of invasive growth in response to glucose limitation / Carnitine shuttle / Macroautophagy / peroxisome organization / nucleotide-activated protein kinase complex / filamentous growth / protein kinase regulator activity ...AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / regulation of cellular response to glucose starvation / regulation of invasive growth in response to glucose limitation / Carnitine shuttle / Macroautophagy / peroxisome organization / nucleotide-activated protein kinase complex / filamentous growth / protein kinase regulator activity / nuclear envelope lumen / AMP binding / positive regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine kinase activator activity / autophagy / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rudolph, M.J. / Amodeo, G.A. / Iram, S. / Hong, S. / Pirino, G. / Carlson, M. / Tong, L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Structure of the Bateman2 domain of yeast Snf4: dimeric association and relevance for AMP binding.
著者: Rudolph, M.J. / Amodeo, G.A. / Iram, S. / Hong, S.P. / Pirino, G. / Carlson, M. / Tong, L.
履歴
登録2006年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear protein SNF4
B: Nuclear protein SNF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8182
ポリマ－32,8182
非ポリマー00
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area13950 Å2
手法PISA
2
A: Nuclear protein SNF4
B: Nuclear protein SNF4
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)787,64048
ポリマ－787,64048
非ポリマー00
水86548
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation8_656-z+1,x,-y+11
crystal symmetry operation7_665-z+1,-x+1,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation11_566y,-z+1,-x+11
crystal symmetry operation10_656-y+1,z,-x+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
crystal symmetry operation19_666-x+1,-z+1,-y+11
crystal symmetry operation18_655-x+1,z,y1
crystal symmetry operation20_565x,-z+1,y1
crystal symmetry operation17_556x,z,-y+11
crystal symmetry operation14_666-y+1,-x+1,-z+11
crystal symmetry operation16_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation15_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation13_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation24_666-z+1,-y+1,-x+11
crystal symmetry operation23_655-z+1,y,x1
crystal symmetry operation22_565z,-y+1,x1
crystal symmetry operation21_556z,y,-x+11
Buried area130970 Å2
ΔGint-847 kcal/mol
Surface area283570 Å2
手法PISA
3
A: Nuclear protein SNF4
B: Nuclear protein SNF4

A: Nuclear protein SNF4
B: Nuclear protein SNF4

A: Nuclear protein SNF4
B: Nuclear protein SNF4

A: Nuclear protein SNF4
B: Nuclear protein SNF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,2738
ポリマ－131,2738
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_655-x+1,z,y1
crystal symmetry operation28_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation43_655-x+1,-z+1/2,-y+1/21
Buried area18240 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area50850 Å2
手法PISA
4
A: Nuclear protein SNF4
B: Nuclear protein SNF4

A: Nuclear protein SNF4
B: Nuclear protein SNF4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6374
ポリマ－65,6374
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation18_655-x+1,z,y1
Buried area7870 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area26670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)235.618, 235.618, 235.618
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432

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要素

#1: タンパク質 Nuclear protein SNF4 / Regulatory protein CAT3


分子量: 16409.158 Da / 分子数: 2 / 断片: Bateman 2 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SNF4, CAT3 / プラスミド: pet26b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21 de3 / 参照: UniProt: P12904
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.37 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: 30% (w/v) PEG4000, 200 mM (NH4)Formate, and 3% Benzamidine, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 19934
反射 シェル最高解像度: 2.5 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NYC

2nyc


解像度: 2.5→29.45 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.267 -
Rwork0.238 -
obs0.239 19087
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2058 0 0 93 2151

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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