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- PDB-2nxx: Crystal Structure of the Ligand-Binding Domains of the T.castaneu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nxx
タイトルCrystal Structure of the Ligand-Binding Domains of the T.castaneum (Coleoptera) Heterodimer EcrUSP Bound to Ponasterone A
要素
  • Ecdysone Receptor (EcR, NRH1)
  • Ultraspiracle (USP, NR2B4)
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / Hormone Receptor / apo and holo Ligand Binding Pocket / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ecdysone binding / ecdysone receptor signaling pathway / nuclear steroid receptor activity / nuclear receptor activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Retinoid X receptor/HNF4 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Retinoid X receptor/HNF4 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE / Ultraspiracle nuclear receptor / 20-hydroxy-ecdysone receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Iwema, T. / Billas, I. / Moras, D.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Structural and functional characterization of a novel type of ligand-independent RXR-USP receptor.
著者: Iwema, T. / Billas, I.M. / Beck, Y. / Bonneton, F. / Nierengarten, H. / Chaumot, A. / Richards, G. / Laudet, V. / Moras, D.
履歴
登録2006年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 999 SEQUENCE THE SEQUENCE OF BOTH ENTITIES WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT SEQUENCE DATABASE AT THE ... SEQUENCE THE SEQUENCE OF BOTH ENTITIES WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT SEQUENCE DATABASE AT THE TIME OF PROCESSING.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ultraspiracle (USP, NR2B4)
E: Ecdysone Receptor (EcR, NRH1)
B: Ultraspiracle (USP, NR2B4)
F: Ecdysone Receptor (EcR, NRH1)
C: Ultraspiracle (USP, NR2B4)
G: Ecdysone Receptor (EcR, NRH1)
D: Ultraspiracle (USP, NR2B4)
H: Ecdysone Receptor (EcR, NRH1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,68312
ポリマ－221,8258
非ポリマー1,8594
水4,810267
1
A: Ultraspiracle (USP, NR2B4)
E: Ecdysone Receptor (EcR, NRH1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9213
ポリマ－55,4562
非ポリマー4651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ultraspiracle (USP, NR2B4)
F: Ecdysone Receptor (EcR, NRH1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9213
ポリマ－55,4562
非ポリマー4651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ultraspiracle (USP, NR2B4)
G: Ecdysone Receptor (EcR, NRH1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9213
ポリマ－55,4562
非ポリマー4651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ultraspiracle (USP, NR2B4)
H: Ecdysone Receptor (EcR, NRH1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,9213
ポリマ－55,4562
非ポリマー4651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.540, 89.628, 160.247
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ultraspiracle (USP, NR2B4)


分子量: 26576.934 Da / 分子数: 4 / 断片: Ligand Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
株: San Bernardino / 遺伝子: Ultraspiracle (USP) / プラスミド: pACYC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: A1JUG2
#2: タンパク質
Ecdysone Receptor (EcR, NRH1)


分子量: 28879.270 Da / 分子数: 4 / 断片: Ligand Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tribolium castaneum (コクヌストモドキ)
株: San Bernardino / 遺伝子: Ecdysone Receptor (EcR) / プラスミド: pHGWA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: A1JUG3
#3: 化合物
ChemComp-P1A / 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE / PONASTERONE A / 25-DEOXYECDYSTERONE / 25-DEOXY-20-HYDROXYECDYSONE, / ポナステロンA


分子量: 464.635 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H44O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 267 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 6% PEG 4000, 50 mM Pipes (pH=6.5), 50 mM NaCl, 10 mM Hepes (pH=7.5), 2 mM TCEP against a reservoir containing 12% PEG 4000, 100 mM Pipes (pH=6.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月17日
放射モノクロメーター: Sagitally focusing Ge(220) and a multilayer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 57329 / Num. obs: 56221 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 60.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 5654 / Rsym value: 0.238 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PonA-bound HvEcR/HsRXRa (no H12), BtEcR/BtUSP (no H12)

解像度: 2.75→50 Å / FOM work R set: 0.765 / 交差検証法: Free R / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 2841 5 %Random
Rwork0.249 ---
all0.249 56221 --
obs0.249 56221 98.1 %-
溶媒の処理Bsol: 47.594 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 66.876 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.847 Å20 Å2-1.635 Å2
2---3.615 Å20 Å2
3----4.233 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14842 0 132 267 15241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.568
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.75-2.770.425590.39410201079
2.77-2.790.449590.3810071066
2.79-2.810.375440.35510111055
2.81-2.830.357540.34110441098
2.83-2.850.38450.3210281073
2.85-2.870.507530.33111021155
2.87-2.890.297510.32210151066
2.89-2.910.384450.31810141059
2.91-2.940.407480.34110291077
2.94-2.960.347620.31910931155
2.96-2.990.382500.32810361086
2.99-3.010.341580.32610141072
3.01-3.040.322450.30210831128
3.04-3.070.323550.33110411096
3.07-3.10.393510.32211001151
3.1-3.130.354560.32910481104
3.13-3.160.39610.31510461107
3.16-3.190.328620.3110931155
3.19-3.220.302480.28910601108
3.22-3.260.321530.29410971150
3.26-3.30.35670.30910551122
3.3-3.340.355660.30310651131
3.34-3.380.389660.28810641130
3.38-3.420.322730.28910491122
3.42-3.460.35600.27310621122
3.46-3.510.293570.29110921149
3.51-3.560.374540.27510741128
3.56-3.620.255580.27610711129
3.62-3.670.346600.30110721132
3.67-3.730.306660.29210911157
3.73-3.80.309570.24910401097
3.8-3.870.294630.25111021165
3.87-3.940.273500.24410711121
3.94-4.020.31600.2510651125
4.02-4.110.196460.2311211167
4.11-4.20.247610.23210531114
4.2-4.310.261620.22710951157
4.31-4.420.251610.21610691130
4.42-4.550.235680.20611051173
4.55-4.70.2480.19410861134
4.7-4.870.192500.19610941144
4.87-5.060.235600.20410591119
5.06-5.290.268680.21410991167
5.29-5.570.266580.24310991157
5.57-5.920.288610.26111041165
5.92-6.380.35580.26510731131
6.38-7.020.298490.2411121161
7.02-8.030.214580.17710831141
8.03-10.10.153650.13410891154
10.1-500.211520.20510851137
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ponA.par
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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