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- PDB-2nxu: Atomic structure of translation initiation factor aIF2 beta-subun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nxu
タイトルAtomic structure of translation initiation factor aIF2 beta-subunit from Archaebacteria sulfolobus solfataricus: high resolution NMR in solution
要素Translation initiation factor 2 beta subunit
キーワードTRANSLATION / translation initiation factor / archaea / AIF2beta
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation factor activity
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3150 / Translation initiation factor 2, beta subunit / Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Translation initiation factor IF2/IF5 / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Translation initiation factor 2 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法溶液NMR / the structures were obtained by torsion angle dynamic calculation, energy minimization.
データ登録者Vasile, F. / Pechkova, E. / Stolboushkina, E. / Garber, M. / Nicolini, C.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Solution structure of the beta-subunit of the translation initiation factor aIF2 from archaebacteria Sulfolobus solfataricus.
著者: Vasile, F. / Pechkova, E. / Nicolini, C.
履歴
登録2006年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor 2 beta subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8291
ポリマ－16,8291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Translation initiation factor 2 beta subunit / eIF-2-beta / aIF2-beta


分子量: 16828.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: eif2b / プラスミド: pET-28b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q97W59

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1212D NOESY
NMR実験の詳細Text: The TOCSY spectra were performed with a mixing time of 80 ms. NOESY spectra were acquired with mixing time of 200 and 300 ms. For all spectra watergate was used as scheme for solvent ...Text: The TOCSY spectra were performed with a mixing time of 80 ms. NOESY spectra were acquired with mixing time of 200 and 300 ms. For all spectra watergate was used as scheme for solvent suppression. For the first six residues no signals were observed.

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試料調製

詳細内容: concentration 10 mg/ml, 20 mM NaCl, 10% D2O in H2O / 溶媒系: 10% D2O in H2O
試料状態イオン強度: 0.2 M / pH: 8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
XEASY1.3.13P. Guntert and K. Wuthrich et alデータ解析
DYANA1.5P. Guntert and K. Wuthrich et al構造決定
GROMACS3.3.1David van der Spoel et al.精密化
精密化手法: the structures were obtained by torsion angle dynamic calculation, energy minimization.
ソフトェア番号: 1
詳細: The structure were obtained using 635 non redundant NOE-derived distance restraints and were minimised with 1000 steps of conjugated gradient and 1000 of steepest discent. For the first six ...詳細: The structure were obtained using 635 non redundant NOE-derived distance restraints and were minimised with 1000 steps of conjugated gradient and 1000 of steepest discent. For the first six residues no signals were observed.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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