PDB-2nxm: Structure of HIV-1 protease D25N complexed with the rt-rh analogu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nxm

タイトル

Structure of HIV-1 protease D25N complexed with the rt-rh analogue peptide GLY-ALA-GLN-THR-PHE*TYR-VAL-ASP-GLY-ALA

要素

Analogue of RT-RH pol protease substrate peptide
PROTEASE RETROPEPSIN

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE SUBSTRATE / peptide design / molecular dynamics / hiv protease / substrate recognition / calorimetry / HYDROLASE-HYDROLASE SUBSTRATE COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Prabu-Jeyabalan, M. / Nalivaika, E. / Schiffer, C.A.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Computational design and experimental study of tighter binding peptides to an inactivated mutant of HIV-1 protease
著者: Altman, M.D. / Nalivaika, E.A. / Prabu-Jeyabalan, M. / Schiffer, C.A. / Tidor, B.

履歴

登録	2006年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nxm.cif.gz	54.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nxm.ent.gz	40.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nxm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/2nxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/2nxm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2nxdC 2nxlC 1t3rS 1kjg C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ff0-d 2nxl-d 1daz-d 3bgb-d 3zpt-d 1wbm-d 1mtb-d 1ec3-d 2fgu-d 2nxd-d 4obh-2 6opu-d 4cps-d 6pjf-d 4hvp-d 4qj7-2 3ekq-d 1fej-d 6ogq-1 6pji-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PROTEASE RETROPEPSIN

B: PROTEASE RETROPEPSIN

P: Analogue of RT-RH pol protease substrate peptide

22.7 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.074, 58.535, 61.711
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PROTEASE RETROPEPSIN / E.C.3.4.23.16 / HIV-1 PROTEASE 分子量: 10814.805 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, D25N, L63P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / 株: SF2 / 遺伝子: pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tap106 参照: UniProt: O38732, UniProt: P03369*PLUS, HIV-1 retropepsin
#2: タンパク質・ペプチド	Analogue of RT-RH pol protease substrate peptide 分子量: 1028.073 Da / 分子数: 1 / Fragment: decapeptide fragment / 変異: EP3Q / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence was custom-designed and then purchased commercially
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.54 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM sodium phosphate pH 6.2; 63mM sodium citrate; 25-35% Ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月31日 / 詳細: Yale
放射	モノクロメーター: Yale / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→42.49 Å / Num. all: 8523 / Num. obs: 8523 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.065 / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 10.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.2	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1T3R - Crystal Structure of HIV-1 protease bound with TMC114

1t3r

解像度: 2.25→42.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 11.86 / SU ML: 0.186 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.444 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24386	405	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18702	-	-	-
all	0.18977	8037	-	-
obs	0.18977	8037	91.66 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.773 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→42.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1542	0	0	71	1613

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.264	1.974	2142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.224	5	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.553	24.828	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.778	15	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.234	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	640
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.171	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.202	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.946	1.5	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.378	2	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.147	3	597
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.141	4.5	502
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	20	-
R_work	0.289	389	-
obs	-	-	61.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3038	-1.9254	1.8571	1.1316	-0.9596	2.6312	-0.3359	-0.2861	0.1127	0.0557	0.2569	-0.0177	-0.2066	-0.0652	0.079	0.0637	0.0397	-0.0224	-0.0228	-0.0081	-0.0512	4.838	8.9278	28.8866
2	10.9108	-3.3543	-3.3722	3.3386	-2.2507	5.726	-0.2076	-0.7	-0.5347	0.2937	-0.0066	0.1775	-0.0766	-0.5067	0.2142	0.0418	0.0503	0.0008	-0.0423	-0.0172	-0.0289	4.1418	-3.9031	28.36
3	7.8682	0.6728	-1.2446	0.1106	-0.4927	3.0111	0.0435	0.0674	0.6545	-0.1818	0.1148	-0.3979	-0.2426	0.2595	-0.1583	0.046	-0.011	-0.0297	-0.0901	-0.0215	0.0261	5.8912	12.7228	16.6592
4	4.8481	0.9583	-0.9295	1.0788	-0.2177	0.1795	-0.0089	0.2321	0.0709	0.0191	-0.1058	-0.03	-0.0133	0.0812	0.1147	0.0245	-0.0106	0.0101	-0.0006	-0.0055	-0.0189	-0.1364	3.1243	16.9839
5	4.7477	-0.0011	-1.1723	1.5018	-0.2177	3.3214	-0.192	0.1299	-0.1992	0.0408	0.2168	0.258	-0.0022	0.0869	-0.0248	-0.0017	-0.0152	-0.0196	-0.0365	-0.0049	-0.0127	10.3139	-0.3507	19.81
6	11.028	-0.7613	-0.3041	3.1524	0.0922	0.01	0.0558	0.5638	-0.1663	-0.4802	-0.1005	-0.2966	0.0475	0.2052	0.0447	0.0505	0.0045	0.0128	-0.0265	-0.0047	-0.0665	-0.458	-1.598	3.9605
7	5.8681	-1.9294	-0.7576	2.5528	1.5893	1.0341	0.1035	0.0626	0.2399	0.0452	0.0274	-0.2763	-0.1169	-0.1812	-0.1309	0.0231	0.004	0.0028	-0.0182	0.0167	-0.0286	10.272	-10.3847	11.372
8	0.3087	-1.0568	-1.7428	3.6175	5.9657	9.8382	0.4554	0.2121	0.1859	-0.188	-0.2374	0.0192	0.18	-0.5123	-0.2179	-0.0662	0.0062	-0.0073	0.0031	-0.0228	0.1022	-13.6226	6.5415	10.1803
9	12.3534	-1.6704	1.0023	1.2527	1.375	2.3033	-0.2883	-0.5165	-0.3693	0.3135	-0.0131	0.2562	-0.0344	-0.1012	0.3015	0.0232	-0.0348	0.0337	-0.0214	0.0592	0.0321	-12.1749	5.1515	24.3527
10	3.301	-0.3309	0.3633	0.0332	-0.0364	0.04	0.0212	0.1788	0.0532	0.1378	-0.2025	0.0294	0.0452	-0.2219	0.1813	0.0601	0.0007	0.0272	-0.0507	0.0231	0.0041	-10.4904	7.5421	17.907
11	4.9752	4.394	0.1937	9.6694	2.1314	7.3115	0.1617	0.2138	-0.2174	0.5526	0.2288	-0.1192	0.5274	0.38	-0.3905	-0.0608	0.0416	-0.033	-0.0232	-0.0757	0.0256	23.6702	-7.7976	21.2449
12	13.2377	-7.0288	-4.2368	21.3076	9.6298	8.0468	-0.4454	0.1662	-0.0415	0.2914	0.3544	0.562	-0.2479	0.4004	0.091	-0.0305	-0.0252	-0.0263	-0.0402	0.0606	-0.0539	22.0795	6.0322	24.8866
13	0.4373	0.1186	0.5109	4.7606	3.1573	2.752	-0.0688	-0.0587	-0.0352	0.0978	0.3042	-0.3041	0.1032	0.4443	-0.2354	-0.0024	0.0172	-0.0275	-0.02	0.0004	0.0231	20.8932	-0.2639	25.0813
14	4.0152	-1.6866	-3.3702	1.6865	-0.4717	6.4712	-0.0172	0.0556	0.0015	0.0208	0.0009	0.2011	0.455	0.148	0.0163	0.0071	-0.0262	0.0014	-0.0099	-0.017	-0.0071	-4.3625	-4.1147	14.5064
15	6.6046	-2.2282	-2.508	2.0896	3.6185	6.6975	0.1387	0.6211	0.0612	-0.1032	-0.3285	-0.1013	-0.3752	-0.3916	0.1898	0.0308	0.024	0.0216	0.0421	-0.0032	-0.0813	15.0713	0.0694	12.3735
16	1.1476	-0.3321	0.7035	0.0961	-0.2036	0.4313	-0.0354	-0.1449	0.1786	-0.052	0.0326	-0.0827	-0.0178	-0.1637	0.0029	0.0318	0.0003	-0.0008	-0.0026	0.0192	0.0048	-3.8243	9.9338	19.6344
17	1.3526	-0.4443	2.108	6.2201	1.4584	4.0467	-0.2703	-0.2648	-0.2845	0.0616	0.2304	-0.0928	-0.1996	0.1299	0.0399	-0.008	0.0383	-0.0194	0.0061	-0.003	0.0007	13.6561	-0.0785	27.2798

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 5	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	94 - 99	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	1 - 5	1 - 5
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	94 - 99	94 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	6 - 10	6 - 10
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	6 - 10	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	23 - 32	23 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	23 - 32	23 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	44 - 55	44 - 55
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	44 - 55	44 - 55
11	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	58 - 62	58 - 62
12	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	63 - 68	63 - 68
13	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	69 - 76	69 - 76
14	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	58 - 62	58 - 62
15	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	63 - 68	63 - 68
16	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	69 - 76	69 - 76
17	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	77 - 85	77 - 85
18	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	77 - 85	77 - 85
19	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	86 - 93	86 - 93
20	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	86 - 93	86 - 93

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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