PDB-2nxj: T.thermophilus ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nxj

タイトル

T.thermophilus ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) in space group P 21 21 2

要素

Ribosomal protein L11 methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / S-Adenosyl-L-Methionine dependent methyltransferase / postranslational modification

機能・相同性

機能・相同性情報

histone methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Demirci, H. / Gregory, S.T. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: Recognition of ribosomal protein L11 by the protein trimethyltransferase PrmA.
著者: Demirci, H. / Gregory, S.T. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G.

履歴

登録	2006年11月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nxj.cif.gz	111.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nxj.ent.gz	87.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nxj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nxj_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nxj_full_validation.pdf.gz	450.4 KB	表示
XML形式データ	2nxj_validation.xml.gz	22.8 KB	表示
CIF形式データ	2nxj_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/2nxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/2nxj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nxcC 2nxeC 2nxnC 1nxcS 1ufk S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dga-1 2zbq-d 3d7a-d 3sit-d 1m9y-3 6kka-1 2zbr-d 2i2s-d 1ree-d 3edo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribosomal protein L11 methyltransferase

B: Ribosomal protein L11 methyltransferase

55.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribosomal protein L11 methyltransferase

登録者が定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribosomal protein L11 methyltransferase

登録者が定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.195, 153.622, 33.255
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Ribosomal protein L11 methyltransferase / L11 Mtase 分子量: 27661.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: prmA / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) 参照: UniProt: Q84BQ9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Ribosomal protein L11 methyltransferase / L11 Mtase

分子量: 27661.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: prmA / プラスミド: pET30b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3)
参照: UniProt: Q84BQ9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.07 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.7 M Ammonium sulfate, 85 mM HEPES-Na, pH 7.5, 1.7% w/v PEG400, 15% v/v glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9797
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 29480 / Num. obs: 28554 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 2530 / % possible all: 85.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	QUANTUM	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
COMO		位相決定
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1NXC

1nxc

解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 17.687 / SU ML: 0.221 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27624	1446	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20783	-	-	-
obs	0.21139	27095	96.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.55 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3799	0	0	290	4089

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3906
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.731	1.985	5326
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.031	5	485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.778	22.47	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.344	15	595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.212	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3030
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	2500
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	220
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.217	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.237	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.836	1.5	2488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.45	2	3869
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.963	3	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.121	4.5	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.357 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	87	-
R_work	0.267	1742	-
obs	-	1742	84.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.4127	-2.2253	-3.3472	6.5462	-0.7613	4.8178	0.0625	1.0386	0.7573	-0.3805	-0.1749	0.7936	-0.4303	-0.2941	0.1124	-0.2744	0.0964	-0.1336	-0.0867	0.0061	0.2306	61.1513	51.7736	-3.7215
2	0.2746	-0.4535	-0.0839	1.8804	-0.052	1.4503	-0.0416	0.017	0.0486	0.0592	0.0418	0.0323	0.1441	0.1002	-0.0002	0.0031	0.0274	-0.005	-0.0631	-0.0075	-0.0563	28.4984	22.8683	0.183
3	12.0676	1.6746	0.8577	6.6901	-2.1298	5.1158	-0.5562	-0.8405	-2.1263	0.1313	0.411	1.178	0.0458	-0.1346	0.1452	-0.4202	0.1017	0.1699	-0.2185	0.0839	0.7686	62.9832	36.6744	5.1931
4	0.6719	0.5887	-0.6631	2.9804	-1.4415	2.1814	0.1406	0.0124	0.0818	0.2132	0.0497	0.2486	-0.2605	0.1223	-0.1903	0.0449	-0.0469	0.0483	-0.0781	0.0054	-0.0815	25.6591	59.8326	-1.4553

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 54	1 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	57 - 254	57 - 254
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1 - 54	1 - 54
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	62 - 254	62 - 254

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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