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- PDB-2nxd: Structure of HIV-1 protease D25N complexed with rt-rh analogue pe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nxd
タイトルStructure of HIV-1 protease D25N complexed with rt-rh analogue peptide GLY-ALA-ASP-ILE-PHE*TYR-LEU-ASP-GLY-ALA
要素
  • Analogue of RT-RH pol protease substrate peptide
  • PROTEASE RETROPEPSIN
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE SUBSTRATE / peptide design / molecular dynamics / hiv protease / substrate recognition / calorimetry / HYDROLASE-HYDROLASE SUBSTRATE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / lipid binding / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protease / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Prabu-Jeyabalan, M. / Nalivaika, E. / Schiffer, C.A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Computational design and experimental study of tighter binding peptides to an inactivated mutant of HIV-1 protease
著者: Altman, M.D. / Nalivaika, E.A. / Prabu-Jeyabalan, M. / Schiffer, C.A. / Tidor, B.
履歴
登録2006年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.32021年10月20日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEASE RETROPEPSIN
B: PROTEASE RETROPEPSIN
P: Analogue of RT-RH pol protease substrate peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6713
ポリマ－22,6713
非ポリマー00
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.171, 57.692, 61.482
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEASE RETROPEPSIN / E.C.3.4.23.16 / HIV-1 PROTEASE


分子量: 10814.805 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K, D25N, L63P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / 株: SF2 / 遺伝子: pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tap106
参照: UniProt: O38732, UniProt: P03369*PLUS, HIV-1 retropepsin
#2: タンパク質・ペプチド Analogue of RT-RH pol protease substrate peptide


分子量: 1041.113 Da / 分子数: 1 / Fragment: decapeptide fragment / 変異: EP3D/TP2I//VP2'L / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence was custom-designed and then purchased commercially
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 126 mM sodium phosphate pH 6.2; 63mM sodium citrate; 25-35%Ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月29日 / 詳細: Yale Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→42.07 Å / Num. all: 11909 / Num. obs: 11909 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 21.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC5.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T3R - Crystal structure of HIV-1 protease complexed with the inhibitor TMC114

1t3r


解像度: 2→42.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 9.509 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.235 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25737 586 4.9 %RANDOM
Rwork0.19505 ---
all0.1979 11295 --
obs0.1979 11295 92.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.962 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20 Å20 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---1.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1540 0 0 74 1614
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221570
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2181.982144
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67833566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1255209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.51324.70651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.75615250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.62157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021746
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02281
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.21499
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.2736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.21025
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.270
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.150.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1980.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7861.51331
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1631.5441
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.98621665
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5143604
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1774.5479
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 45 -
Rwork0.218 885 -
obs--99.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.20372.31354.07634.65070.82986.8287-0.11870.32760.1011-0.53170.10030.2297-0.1570.10020.0183-0.1628-0.0115-0.0666-0.18490.0268-0.192120.37648.44162.444
244.1391-4.896515.6547.38164.9720.78870.74740.2282-1.40190.04840.11880.58480.97550.1256-0.8662-0.081-0.0436-0.0448-0.2097-0.0562-0.099920.9847-4.57753.3199
356.2342-9.635137.025219.34745.10831.7885-0.05672.08080.4945-0.46440.1248-1.1792-0.38781.5853-0.0681-0.0569-0.04340.0686-0.0690.08810.081440.865-1.32517.9803
428.42089.42086.253319.9433-2.05432.38850.6498-1.22170.77120.9192-0.58381.3915-0.255-0.0834-0.066-0.1447-0.0060.0337-0.2122-0.1061-0.088219.347912.554514.9824
530.9481-2.8465-28.031320.545-16.101642.59270.0768-1.53033.8464-0.97350.01981.39680.9491-0.0873-0.0966-0.21970.0848-0.0881-0.0756-0.04490.25860.42876.082113.5166
68.4309-3.0216-0.52416.0093-0.65370.1763-0.0441-0.00710.03960.1394-0.05860.21930.143-0.09520.1027-0.16450.00290.0114-0.14260.0476-0.191427.59480.912912.5236
77.7515-1.951.347713.401610.56789.44810.05520.22520.38380.40890.344-1.1310.41691.169-0.3992-0.0715-0.0201-0.0699-0.03250.10480.061642.0116-1.607220.855
811.10624.435-4.01073.2188-1.08363.9910.1369-0.05980.4224-0.01350.03180.4174-0.02540.1649-0.1687-0.1256-0.0016-0.0482-0.1857-0.0027-0.023112.99671.539612.9247
915.71612.9709-5.10249.6778-2.22662.35360.2867-0.30470.50150.51880.24821.2315-0.5748-0.5094-0.5350.011-0.00540.0449-0.14450.0373-0.017126.6146-1.632625.9955
106.30191.50647.04936.7722.177219.3236-0.5716-0.5552-0.5828-0.51640.96871.1827-0.93850.0828-0.3971-0.30180.01140.02890.05650.15010.1362-1.2367-5.677217.9148
1120.61996.9262.633212.6358-2.08046.64310.4078-0.41010.16620.3518-0.13810.6453-0.37080.1896-0.2697-0.1369-0.00680.0048-0.21360.0044-0.143614.2333-10.278420.0287
128.57737.4037-9.193211.5458-18.379131.01170.2371-0.68-0.19370.159-0.5132-0.83210.38220.54610.2761-0.277-0.005-0.1223-0.10820.074-0.085339.23824.009120.8717
1334.233510.817724.822717.38740.262924.14860.3721-0.0829-1.4593-0.20830.3822-0.7502-0.1631-0.5234-0.7543-0.27090.02660.0567-0.3022-0.0227-0.170837.26714.59316.6883
146.33351.53990.58884.38420.89826.1449-0.1211-0.00110.0332-0.0712-0.1517-0.5225-0.13390.21950.2728-0.26830.015-0.0043-0.2459-0.0187-0.199336.62317.277512.2046
155.1243.4903-1.110820.4167-13.32258.99390.5662-0.1214-0.7762-0.04081.26141.24050.0286-0.1814-1.8276-0.24870.0169-0.0599-0.18710.02050.1971.8644-7.681313.3688
167.95297.926-13.888159.1349-11.86124.3292-0.5377-1.25140.5718-1.33990.59542.3606-0.07580.1453-0.0576-0.2003-0.0711-0.1894-0.00390.25830.32693.34855.84197.3387
175.90217.1147-2.40398.6747-2.3514.0241-0.3440.44960.655-0.32330.51121.0327-0.0202-0.5522-0.1672-0.2298-0.0295-0.1058-0.12880.06570.17714.0961-0.62376.8422
181.4053-2.1076-0.12698.9238-1.406214.2082-0.0497-0.2445-0.4760.19870.07720.52640.7354-0.2569-0.0275-0.1063-0.01660.014-0.20860.0443-0.134629.7921-3.992616.122
192.51134.9993-5.776311.5351-10.779913.61240.4673-0.53130.51071.0199-0.18451.1484-0.91330.8205-0.2828-0.1493-0.02890.0603-0.11460.010.003210.7753-0.107618.9498
203.651-0.42141.4276.6345-0.54937.9308-0.0988-0.08850.1914-0.0004-0.1332-0.09590.1035-0.05130.232-0.173-0.0074-0.0061-0.23-0.0102-0.134529.06249.229110.9881
213.0019-0.20121.26451.6583-3.35859.4875-0.13980.2814-0.3783-0.40070.48260.5660.0059-0.1523-0.3428-0.201-0.0454-0.0863-0.1729-0.0058-0.033911.6440.10144.6037
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 51 - 5
2X-RAY DIFFRACTION1AA94 - 9994 - 99
3X-RAY DIFFRACTION1BB1 - 51 - 5
4X-RAY DIFFRACTION1BB94 - 9994 - 99
5X-RAY DIFFRACTION2AA6 - 106 - 10
6X-RAY DIFFRACTION3AA13 - 1813 - 18
7X-RAY DIFFRACTION4BB6 - 106 - 10
8X-RAY DIFFRACTION5BB13 - 1813 - 18
9X-RAY DIFFRACTION6AA21 - 3321 - 33
10X-RAY DIFFRACTION7AA35 - 4235 - 42
11X-RAY DIFFRACTION8BB21 - 3321 - 33
12X-RAY DIFFRACTION9AA44 - 5644 - 56
13X-RAY DIFFRACTION10BB35 - 4235 - 42
14X-RAY DIFFRACTION11BB44 - 5644 - 56
15X-RAY DIFFRACTION12AA57 - 6257 - 62
16X-RAY DIFFRACTION13AA63 - 6863 - 68
17X-RAY DIFFRACTION14AA69 - 7669 - 76
18X-RAY DIFFRACTION15BB57 - 6257 - 62
19X-RAY DIFFRACTION16BB63 - 6863 - 68
20X-RAY DIFFRACTION17BB69 - 7669 - 76
21X-RAY DIFFRACTION18AA77 - 8577 - 85
22X-RAY DIFFRACTION19BB77 - 8577 - 85
23X-RAY DIFFRACTION20AA86 - 9386 - 93
24X-RAY DIFFRACTION21BB86 - 9386 - 93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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