PDB-2nwx: Crystal structure of GltPh in complex with L-aspartate and sodium ions

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nwx

タイトル

Crystal structure of GltPh in complex with L-aspartate and sodium ions

要素

425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / amino acid transporter / transmembrane transporter / aspartate transporter / binding site / sodium binding / substrate binding

機能・相同性

機能・相同性情報

L-aspartate transmembrane transport / amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.29 Å

データ登録者

Gouaux, E. / Boudker, O. / Ryan, R. / Yernool, D. / Shimamoto, K.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Coupling substrate and ion binding to extracellular gate of a sodium-dependent aspartate transporter.
著者: Boudker, O. / Ryan, R.M. / Yernool, D. / Shimamoto, K. / Gouaux, E.

履歴

登録	2006年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nwx.cif.gz	223.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nwx.ent.gz	178.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nwx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nwx_validation.pdf.gz	706.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nwx_full_validation.pdf.gz	766.6 KB	表示
XML形式データ	2nwx_validation.xml.gz	44.7 KB	表示
CIF形式データ	2nwx_validation.cif.gz	60.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/2nwx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/2nwx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nwlC 2nwwC 1xfhS 1xhf S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1xfh-d 2nww-d 21991 6v8g-d 6wyl-d 6bav-d 4izm-d 2nwl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (9) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (9)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

B: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

C: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

ヘテロ分子

135 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.473, 115.473, 324.227
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	A
3	2	A
1	3	A
2	3	B
3	3	C
1	4	A
2	4	B
3	4	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	GLU	GLU	A	A	12 - 416	12 - 416
2	1	VAL	VAL	GLU	GLU	B	B	12 - 416	12 - 416
3	1	VAL	VAL	GLU	GLU	C	C	12 - 416	12 - 416
1	2	ASP	ASP	ASP	ASP	A	F	425
2	2	ASP	ASP	ASP	ASP	A	G	426
3	2	ASP	ASP	ASP	ASP	A	H	427
1	3	PLM	PLM	PLM	PLM	A	I	428
2	3	PLM	PLM	PLM	PLM	B	L	425
3	3	PLM	PLM	PLM	PLM	C	O	425
1	4	NA	NA	HOH	HOH	A	D - P	423 - 429
2	4	NA	NA	HOH	HOH	B	J - Q	423 - 426
3	4	NA	NA	HOH	HOH	C	M - R	423 - 426

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	425aa long hypothetical proton glutamate symport protein 分子量: 44641.945 Da / 分子数: 3 / 変異: D37H, K40H, K125H, K132H, K223H, K264H, E368H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: O59010
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄
#4: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.59 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.978 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.29→100 Å / Num. all: 25514 / Num. obs: 25514 / 冗長度: 5.2 % / R_sym value: 9.4 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 3.29→3.72 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 17.7 / R_sym value: 34.8 / % possible all: 30.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1xfh

1xfh

解像度: 3.29→100 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU B: 30.957 / SU ML: 0.514 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.645 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.286	1261	4.9 %	RANDOM
R_work	0.263	-	-	-
obs	0.265	25514	69.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 134.632 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.85 Å²	1.43 Å²	0 Å²
2-	-	2.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.29→100 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8509	0	84	3	8596

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	8734
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.687	1.983	11923
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.168	5	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.783	23.766	231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.508	15	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.277	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6261
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.25	0.3	5502
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.332	0.5	6309
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.5	580
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.322	0.5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.273	0.3	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.043	2	5929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.855	3	9418
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.707	2	2850
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.142	3	2505

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2812	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	2	B	2812	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	3	C	2812	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	1	A	2812	TIGHT THERMAL	5.83	5
1	2	B	2812	TIGHT THERMAL	3.33	5
1	3	C	2812	TIGHT THERMAL	3.25	5
2	2	A	9	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	2	A	9	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	2	B	9	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	2	A	9	TIGHT THERMAL	7.41	5
2	2	A	9	TIGHT THERMAL	5.12	5
2	2	B	9	TIGHT THERMAL	2.34	5
3	3	B	17	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
3	3	C	17	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
3	3	C	17	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
3	3	B	17	TIGHT THERMAL	1.35	5
3	3	C	17	TIGHT THERMAL	1.02	5
3	3	C	17	TIGHT THERMAL	0.79	5
4	2	B	3	TIGHT POSITIONAL	0.09	0.05
4	3	C	3	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
4	1	A	3	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
4	2	B	3	TIGHT THERMAL	9.82	5
4	3	C	3	TIGHT THERMAL	12.11	5
4	1	A	3	TIGHT THERMAL	8.58	5

LS精密化シェル

解像度: 3.293→3.379 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	20	-
R_work	0.413	309	-
obs	-	329	12.05 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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