PDB-2nww: Crystal structure of GltPh in complex with TBOA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nww

タイトル

Crystal structure of GltPh in complex with TBOA

要素

425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / amino acid transporter / transmembrane transporter / aspartate transporter / binding site / inhibitor binding binding

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Gouaux, E. / Boudker, O. / Ryan, R. / Yernool, D. / Shimamoto, K.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Coupling substrate and ion binding to extracellular gate of a sodium-dependent aspartate transporter.
著者: Boudker, O. / Ryan, R.M. / Yernool, D. / Shimamoto, K. / Gouaux, E.

履歴

登録	2006年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nww.cif.gz	227.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nww.ent.gz	182.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nww.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nww_validation.pdf.gz	476.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nww_full_validation.pdf.gz	506.7 KB	表示
XML形式データ	2nww_validation.xml.gz	43.6 KB	表示
CIF形式データ	2nww_validation.cif.gz	58.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/2nww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/2nww	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nwlC 2nwxC 1xfhS 1xhf S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1xfh-d 6bav-d 4izm-d 2nwx-d 6v8g-d 7ahk-1 2nwl-d 6bau-d 6x01-d 21991 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (6)

登録構造単位

A: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

B: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

C: 425aa long hypothetical proton glutamate symport protein

ヘテロ分子

135 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.245, 115.245, 322.372
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	TYR	TYR	GLU	GLU	A	A	10 - 416	10 - 416
2	2	1	TYR	TYR	GLU	GLU	B	B	10 - 416	10 - 416
3	3	1	TYR	TYR	GLU	GLU	C	C	10 - 416	10 - 416
1	1	2	TB1	TB1	TB1	TB1	A	D	423
2	2	2	TB1	TB1	TB1	TB1	B	E	423
3	3	2	TB1	TB1	TB1	TB1	C	F	423

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	A B C
2	D E F

#1: タンパク質	425aa long hypothetical proton glutamate symport protein / Sodium dependent aspartate transporter 分子量: 44641.945 Da / 分子数: 3 / 変異: D37H, K40H, K125H, K132H, K223H, K264H, K368H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: O59010
#2: 化合物	ChemComp-TB1 / (3S)-3-(BENZYLOXY)-L-ASPARTIC ACID / D,L-THREO-BENZYLOXYASPARTATE / TBOA 分子量: 239.225 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₃NO₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.35 %
結晶化	温度: 277 K / pH: 7 詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→100 Å / Num. all: 29939 / Num. obs: 29939 / % possible obs: 82.3 % / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 3.4→3.55 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 33.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1xfh

1xfh

解像度: 3.2→100 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 59.069 / SU ML: 0.389 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.26	1516	5.1 %
R_work	0.241	-	-
obs	0.242	29938	74.8 %

溶媒の処理

溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 201.04 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.67 Å²	2.34 Å²	0 Å²
2-	-	4.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→100 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8718	0	51	3	8772

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	8937
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.204	1.985	12228
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.131	5	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.201	23.827	243
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.606	15	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.05	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	6504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.185	0.3	5030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.5	6430
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.5	407
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.348	0.3	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.279	2	6158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.95	3	9612
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.936	2	3102
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.029	3	2616
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	2907	tight positional	0.18	0.05
1	2	B	2907	tight positional	0.15	0.05
1	3	C	2907	tight positional	0.14	0.05
2	1	A	17	tight positional	0.18	0.05
2	2	B	17	tight positional	0.13	0.05
2	3	C	17	tight positional	0.17	0.05
1	1	A	2907	tight thermal	12.76	20
1	2	B	2907	tight thermal	8.48	20
1	3	C	2907	tight thermal	10.29	20
2	1	A	17	tight thermal	25.77	20
2	2	B	17	tight thermal	32.24	20
2	3	C	17	tight thermal	8.27	20

LS精密化シェル

解像度: 3.19→3.27 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.516	20	-
R_work	0.435	433	-
obs	-	-	15.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1364	1.1712	0.9611	4.4733	1.475	4.9587	-0.1227	0.155	0.01	0.1795	0.2742	0.0008	0.6498	-0.1224	-0.1516	-0.9633	0.2007	-0.0235	-0.2259	-0.0783	-0.9262	11.8714	3.2179	13.4322
2	4.2113	-0.9816	1.7949	5.8121	-3.5216	6.6256	-0.2886	0.7305	0.4357	-0.8607	0.4066	0.4727	-0.9712	-0.653	-0.118	0.1026	0.573	-0.0587	-0.4271	-0.0765	-0.5261	4.1163	44.4417	0.1728
3	5.5569	-0.919	-2.8691	3.8126	-1.2417	3.7952	0.3756	0.5204	0.6256	-1.2229	-0.3645	-0.8789	-1.1572	1.1805	-0.0111	-0.5011	-0.3186	-0.441	0.2235	-0.3945	-0.3313	45.0087	29.6145	2.0558
4	284.6114	357.3271	1.4185	504.7024	183.5243	588.986	1.9476	-4.05	-0.0902	-6.5222	14.4872	-9.3786	2.8116	12.3114	-16.4348	0.0243	-0.0534	-0.0164	-0.0332	-0.0014	-0.0708	11.9642	3.3369	7.6267
5	506.5066	-226.5928	414.0085	229.7725	-265.8969	389.1019	-0.5519	-4.1811	-8.8295	5.0542	-3.6849	-4.9139	8.6462	-6.4016	4.2369	-0.0231	0.0452	-0.0487	-0.0444	-0.0229	-0.0304	5.1518	41.5444	-4.4887
6	563.8541	129.3763	244.7628	484.9131	-219.6649	273.3737	-0.2623	1.5396	3.7614	-9.4937	5.5314	12.959	-10.3053	3.2133	-5.269	-0.09	-0.0649	0.0025	0.0045	-0.0211	-0.028	43.2431	27.7523	-2.8558

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 416
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	424
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	10 - 416
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	424
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	10 - 416
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	424
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	423
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	423
9	X-RAY DIFFRACTION	6	C	423

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関連情報:EMDBヘッダ

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