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万見
- PDB-2nwm: Solution structure of the first SH3 domain of human Vinexin and i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nwm
タイトルSolution structure of the first SH3 domain of human Vinexin and its interaction with the peptides from Vinculin
要素Vinexin
キーワードCELL ADHESION / Vinexin SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cytoskeleton organization / cell-substrate junction / vinculin binding / cell-substrate adhesion / Smooth Muscle Contraction / positive regulation of stress fiber assembly / structural constituent of cytoskeleton / MAPK cascade / cytoskeleton / cell adhesion ...positive regulation of cytoskeleton organization / cell-substrate junction / vinculin binding / cell-substrate adhesion / Smooth Muscle Contraction / positive regulation of stress fiber assembly / structural constituent of cytoskeleton / MAPK cascade / cytoskeleton / cell adhesion / positive regulation of MAPK cascade / focal adhesion / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vinexin, SH3 domain 3 / Vinexin, SH3 domain 2 / Vinexin, SH3 domain 1 / SoHo domain / Sorbin homologous domain / SoHo domain profile. / Sorbin homologous domain / : / Variant SH3 domain / SH3 Domains ...Vinexin, SH3 domain 3 / Vinexin, SH3 domain 2 / Vinexin, SH3 domain 1 / SoHo domain / Sorbin homologous domain / SoHo domain profile. / Sorbin homologous domain / : / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
データ登録者Zhang, J. / Yao, B. / Wu, J. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2007
タイトル: Solution structure of the first SH3 domain of human vinexin and its interaction with vinculin peptides
著者: Zhang, J. / Li, X. / Yao, B. / Shen, W. / Sun, H. / Xu, C. / Wu, J. / Shi, Y.
履歴
登録2006年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vinexin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6891
ポリマ－7,6891
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Vinexin / Sorbin and SH3 domain-containing protein 3 / SH3-containing adapter molecule 1 / SCAM-1


分子量: 7688.761 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Vinexin / プラスミド: PET22b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O60504

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-1.2mM 15N, 13C-labeled human Vinexin SH3 domain; 50mM phosphate buffer(pH 6.2); 50mM NaCl; 1mM DTT; 1mM EDTA; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21-1.2mM 15N, 13C-labeled human Vinexin SH3 domain; 50mM phosphate buffer(pH 6.2); 50mM NaCl; 1mM DTT; 1mM EDTA; 99.96% D2O99.96% D2O
試料状態pH: 6.2 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.2Delaglio, F.解析
Sparky3Goddard, T.D., Kneller, D.G.データ解析
CNS1.1構造決定
MOLMOL2K.2Koradiデータ解析
CNS1.1精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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