PDB-2nwl: Crystal structure of GltPh in complex with L-Asp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nwl

タイトル

Crystal structure of GltPh in complex with L-Asp

要素

glutamate symport protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / alpha helical / membrane protein / helical hairpin / unwound region

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.96 Å

データ登録者

Gouaux, E. / Boudker, O. / Ryan, R. / Yernool, D. / Shimamoto, K.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Coupling substrate and ion binding to extracellular gate of a sodium-dependent aspartate transporter.
著者: Boudker, O. / Ryan, R.M. / Yernool, D. / Shimamoto, K. / Gouaux, E.

履歴

登録	2006年11月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nwl.cif.gz	223.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nwl.ent.gz	179.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nwl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/2nwl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/2nwl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nwwC 2nwxC 1xfhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6v8g-d 6bmi-d 6x01-d 6bat-d 6bau-d 6r7r-d 4ky0-d 4izm-d 7ahk-1 2nww-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (8) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (8)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: glutamate symport protein

B: glutamate symport protein

C: glutamate symport protein

ヘテロ分子

135 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.296, 115.296, 323.781
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A B C
1	2	A B C
1	3	A B C
1	4	A B C

NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Refine code: 1

Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	GLU	GLU	A	A	10 - 416	10 - 416
2	1	TYR	TYR	GLU	GLU	B	B	10 - 416	10 - 416
3	1	TYR	TYR	GLU	GLU	C	C	10 - 416	10 - 416
1	2	ASP	ASP	ASP	ASP	C	F	501
2	2	ASP	ASP	ASP	ASP	C	G	601
3	2	ASP	ASP	ASP	ASP	C	H	701
1	3	PLM	PLM	PLM	PLM	A	D	801
2	3	PLM	PLM	PLM	PLM	B	E	901
3	3	PLM	PLM	PLM	PLM	C	I	1001
1	4	HOH	HOH	HOH	HOH	A	J	1101
2	4	HOH	HOH	HOH	HOH	B	K	1201
3	4	HOH	HOH	HOH	HOH	C	L	1301

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

詳細

Protein is a trimer as seen in the asymmetric unit

#1: タンパク質	glutamate symport protein / GLTPH 分子量: 44626.973 Da / 分子数: 3 / 変異: D37H, K40H, K125H, K132H, K223H, K264H, E368H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: O59010
#2: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.48 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.96→100 Å / Num. obs: 15137 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 5.2 % / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 3.4→3.5 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.36 / % possible all: 47.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1xfh

1xfh

解像度: 2.96→100 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 51.372 / SU ML: 0.396 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.459 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	1728	4.9 %	RANDOM
R_work	0.236	-	-	-
obs	0.238	15137	69.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 101.432 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.86 Å²	1.93 Å²	0 Å²
2-	-	3.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.96→100 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8575	0	78	3	8656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	8815
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.849	1.985	12037
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.565	5	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.627	23.718	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.652	15	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.757	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6321
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.276	0.3	5967
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.349	0.5	6425
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.229	0.5	635
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.122	0.3	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.092	2	6054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.834	3	9484
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.151	2	3062
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.553	3	2553

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2837	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
1	B	2837	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	C	2837	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	A	2837	TIGHT THERMAL	2.04	5
1	B	2837	TIGHT THERMAL	1.64	5
1	C	2837	TIGHT THERMAL	1.45	5
2	A	9	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	B	9	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
2	C	9	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	A	9	TIGHT THERMAL	2.38	5
2	B	9	TIGHT THERMAL	3.11	5
2	C	9	TIGHT THERMAL	1.09	5
3	A	17	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
3	B	17	TIGHT POSITIONAL	0.09	0.05
3	C	17	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
3	A	17	TIGHT THERMAL	0.63	5
3	B	17	TIGHT THERMAL	2.16	5
3	C	17	TIGHT THERMAL	2.25	5
4	A	1	TIGHT POSITIONAL		0.05
4	B	1	TIGHT POSITIONAL		0.05
4	C	1	TIGHT POSITIONAL		0.05
4	A	1	TIGHT THERMAL	6.44	5
4	B	1	TIGHT THERMAL	8.87	5
4	C	1	TIGHT THERMAL	2.42	5

LS精密化シェル

解像度: 2.956→3.033 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.423	12	-
R_work	0.366	316	-
obs	-	328	8.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7188	0.5841	0.4282	1.9807	0.4099	2.402	-0.205	0.1083	0.1379	0.1391	0.277	-0.0109	0.2128	0.1715	-0.072	0.1557	0.0871	0.0294	0.2247	0.0333	-0.0686	12.0546	4.1907	13.663
2	1.152	-0.5405	-0.1146	1.5177	-0.683	2.1658	0.065	0.2211	0.3344	-0.3055	0.0841	0.2338	-0.6749	-0.1496	-0.1491	0.6438	0.0841	-0.0376	0.2946	0.1283	0.3231	4.2883	45.44	0.1171
3	1.2958	-0.2072	-0.5479	1.4656	0.2799	1.5917	-0.0246	0.0144	0.1746	-0.113	0.1595	-0.4448	-0.485	0.6094	-0.1348	0.2395	-0.2939	-0.0753	0.702	-0.0835	0.3728	45.696	30.1186	2.1073
4	85.797	-4.6945	-1.9922	25.7471	5.9771	47.3141	-0.5551	-0.6975	0.1597	0.5878	0.7178	-0.6563	0.5266	2.4069	-0.1627	-0.0134	-0.0038	0.0147	-0.0052	-0.0056	-0.0078	25.5072	4.1104	9.4729
5	14.7316	-6.2487	-34.4924	131.4311	60.4074	97.0321	-0.7922	-3.2011	-1.3274	-1.5039	-2.1319	4.4994	1.7854	2.2815	2.9241	-0.0096	-0.022	-0.0139	-0.0581	-0.0043	-0.021	-0.1383	32.0699	0.8638
6	130.9493	79.4837	-65.2675	111.0212	-78.3331	120.8683	1.1513	3.402	0.9457	-1.8057	-0.1297	-0.6193	-1.906	2.0445	-1.0216	0.0052	-0.0044	0.0035	0.0025	-0.0077	0.0036	36.8593	39.1181	-4.4406

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	10 - 416	10 - 416
2	1	A	H	1101
3	1	C	D	501
4	2	B	B	10 - 416	10 - 416
5	2	B	I	1201
6	2	C	D	601
7	3	C	C	10 - 416	10 - 416
8	3	C	J	1301
9	3	C	D	701
10	4	A	E	801
11	5	B	F	901
12	6	C	G	1001

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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