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- PDB-2nwg: Structure of CXCL12:heparin disaccharide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nwg
タイトルStructure of CXCL12:heparin disaccharide complex
要素Stromal cell-derived factor 1
キーワードCYTOKINE / SIGNALING PROTEIN / protein-glycosaminoglycan complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / response to ultrasound / telencephalon cell migration / regulation of actin polymerization or depolymerization / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / chemokine receptor binding / positive regulation of vasculature development / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of axon extension involved in axon guidance ...chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / response to ultrasound / telencephalon cell migration / regulation of actin polymerization or depolymerization / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / chemokine receptor binding / positive regulation of vasculature development / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / positive regulation of dopamine secretion / Signaling by ROBO receptors / induction of positive chemotaxis / integrin activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / cellular response to chemokine / positive regulation of monocyte chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / blood circulation / positive regulation of calcium ion import / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / animal organ regeneration / positive regulation of T cell migration / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / positive regulation of cell adhesion / cell chemotaxis / adult locomotory behavior / axon guidance / growth factor activity / neuron migration / response to virus / response to peptide hormone / defense response / intracellular calcium ion homeostasis / chemotaxis / integrin binding / G alpha (i) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / Estrogen-dependent gene expression / response to hypoxia / cell adhesion / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEPARIN DISACCHARIDE I-S, / Stromal cell-derived factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Murphy, J.W. / Cho, Y. / Lolis, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural and Functional Basis of CXCL12 (Stromal Cell-derived Factor-1{alpha}) Binding to Heparin
著者: Murphy, J.W. / Cho, Y. / Sachpatzidis, A. / Fan, C. / Hodsdon, M.E. / Lolis, E.
履歴
登録2006年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stromal cell-derived factor 1
B: Stromal cell-derived factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1444
ポリマ－15,9892
非ポリマー1,1552
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area8890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.492, 56.965, 71.747
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細asymmetric consists of a biological dimer

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要素

#1: タンパク質 Stromal cell-derived factor 1 / CXCL12 / SDF-1 / Pre-B cell growth-stimulating factor / PBSF / hIRH


分子量: 7994.504 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 22-88 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL12, SDF1 / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P48061
#2: 多糖 4-deoxy-2-O-sulfo-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)- ...4-deoxy-2-O-sulfo-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose / HEPARIN DISACCHARIDE I-S /


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 577.470 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with ring modification on monosaccharide components
参照: HEPARIN DISACCHARIDE I-S,
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a21eEA-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNSO36SO3]{[(4+1)][b-D-4-deoxy-GlcpA2SO3]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: soaking / pH: 8.5
詳細: Grown in 2M Ammonium Sulfate, 0.1M TrisHCl pH 8.50. Soaked in 20 mM PEG-8000, 1M TrisHCl pH 8.5, 16 mM disaccharide. , Soaking, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→25.582 Å / Num. obs: 9627 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Χ2: 1.272 / Net I/σ(I): 31.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.07-2.186.50.3672904513850.367100
2.18-2.316.60.2592.8848412870.259100
2.31-2.476.60.1733.9808312290.173100
2.47-2.676.60.1215.8755411400.121100
2.67-2.936.60.0867.9707410660.086100
2.93-3.276.60.0659.364299710.065100
3.27-3.786.60.05510.757448700.055100
3.78-4.636.60.04812.148187350.048100
4.63-6.556.30.04213.137515910.042100
6.55-26.475.80.03415.620353530.03498.3

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å35.87 Å
Translation2 Å35.87 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→23.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.268 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 459 4.8 %RANDOM
Rwork0.24 ---
obs0.241 9589 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.461 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→23.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1087 0 70 50 1207
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0221184
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5192.051615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3175130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.44923.46252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.70615214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.321510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2110.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02836
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2570.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.2775
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2220.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2610.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2510.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.371.5667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.25521084
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6543517
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3734.5531
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.123 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 33 -
Rwork0.292 668 -
obs-701 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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